222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4430 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  97.61 
 
 		 418 aa  839    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  93.3 
 
 		 417 aa  807    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  72.81 
 
 		 422 aa  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  78.16 
 
 		 418 aa  659    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  76.36 
 
 		 422 aa  671    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  76.79 
 
 		 418 aa  658    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  97.85 
 
 		 418 aa  840    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  76.61 
 
 		 419 aa  650    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  79.7 
 
 		 395 aa  674    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  100 
 
 		 418 aa  858    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  78.66 
 
 		 412 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  78.41 
 
 		 412 aa  630  1e-179  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  78.15 
 
 		 412 aa  629  1e-179  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  77.89 
 
 		 412 aa  626  1e-178  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  72.13 
 
 		 421 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  67.93 
 
 		 416 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  69.78 
 
 		 415 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  65.39 
 
 		 424 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  70.2 
 
 		 416 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  67.87 
 
 		 410 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  66.17 
 
 		 423 aa  548  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  64.9 
 
 		 422 aa  549  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  66.41 
 
 		 424 aa  547  1e-154  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  66.08 
 
 		 426 aa  539  9.999999999999999e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  65.57 
 
 		 428 aa  535  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  66.41 
 
 		 429 aa  515  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  60.61 
 
 		 422 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  56.37 
 
 		 405 aa  481  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  56.13 
 
 		 420 aa  472  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  55.29 
 
 		 417 aa  464  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  55.77 
 
 		 417 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  57.14 
 
 		 413 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  52.61 
 
 		 417 aa  423  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  52.11 
 
 		 417 aa  419  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  49.63 
 
 		 416 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  49.14 
 
 		 416 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  46.9 
 
 		 423 aa  381  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  47.04 
 
 		 431 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  48.87 
 
 		 430 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  47.87 
 
 		 430 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  47.37 
 
 		 430 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  46.9 
 
 		 416 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  46.4 
 
 		 416 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  46.15 
 
 		 416 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  47.01 
 
 		 429 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  46.77 
 
 		 429 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  46.52 
 
 		 429 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  44.79 
 
 		 429 aa  342  9e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  44.68 
 
 		 421 aa  340  4e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  45.16 
 
 		 416 aa  338  7e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  45.11 
 
 		 415 aa  335  9e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  44.44 
 
 		 427 aa  332  8e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  43.18 
 
 		 427 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.52 
 
 		 421 aa  325  7e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  42.29 
 
 		 421 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  40.76 
 
 		 428 aa  321  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  44.64 
 
 		 418 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  43.06 
 
 		 422 aa  313  2.9999999999999996e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  42.52 
 
 		 431 aa  308  8e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  41.31 
 
 		 431 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  41.85 
 
 		 410 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  43.04 
 
 		 418 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  42.18 
 
 		 410 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  42.44 
 
 		 412 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  42.18 
 
 		 417 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  42.18 
 
 		 410 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  41.03 
 
 		 433 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  41.03 
 
 		 433 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  40.98 
 
 		 433 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  40.79 
 
 		 429 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  43.41 
 
 		 409 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  41.63 
 
 		 416 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  42.69 
 
 		 409 aa  289  6e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  39.16 
 
 		 433 aa  289  6e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  40.59 
 
 		 418 aa  289  8e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  39.18 
 
 		 420 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  40.99 
 
 		 417 aa  285  9e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  38.94 
 
 		 420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  41.23 
 
 		 439 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  40.1 
 
 		 416 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  40.74 
 
 		 417 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  40.25 
 
 		 417 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  41.09 
 
 		 421 aa  280  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  37.62 
 
 		 411 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  39.58 
 
 		 460 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  39.08 
 
 		 463 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  38.65 
 
 		 416 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  41.05 
 
 		 440 aa  272  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  39.45 
 
 		 437 aa  271  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  36.97 
 
 		 443 aa  270  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  40 
 
 		 440 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  36.34 
 
 		 427 aa  265  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  39.19 
 
 		 447 aa  265  1e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  40.44 
 
 		 427 aa  264  3e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  36.82 
 
 		 426 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  38.07 
 
 		 417 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  37.02 
 
 		 439 aa  262  8.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  36.51 
 
 		 457 aa  262  8.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.41 
 
 		 430 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  36.79 
 
 		 440 aa  261  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>