More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4290 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_50840  ATP-dependent DNA helicase DinG  84.03 
 
 
714 aa  1260  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00144938 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4120  ATP-dependent helicase, DinG family  86.55 
 
 
714 aa  1302  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1585  ATP-dependent DNA helicase DinG  47.32 
 
 
725 aa  662  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3856  ATP-dependent DNA helicase DinG  86.55 
 
 
714 aa  1303  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.160495  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19450  ATP-dependent DNA helicase DinG  84.85 
 
 
714 aa  1227  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4290  ATP-dependent DNA helicase DinG  100 
 
 
714 aa  1466  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1427  ATP-dependent DNA helicase DinG  84.85 
 
 
714 aa  1270  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.152164  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1161  ATP-dependent DNA helicase DinG  99.02 
 
 
714 aa  1454  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.665209  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1146  ATP-dependent DNA helicase DinG  98.04 
 
 
714 aa  1442  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.980909  normal  0.730569 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1225  ATP-dependent DNA helicase DinG  89.22 
 
 
714 aa  1333  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1125  ATP-dependent DNA helicase DinG  99.02 
 
 
714 aa  1454  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.437588  hitchhiker  8.38668e-05 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2118  ATP-dependent DNA helicase DinG  47.9 
 
 
707 aa  673  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.149773  hitchhiker  7.14427e-07 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4334  ATP-dependent DNA helicase DinG  83.75 
 
 
714 aa  1257  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.044641  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2381  ATP-dependent DNA helicase DinG  49.45 
 
 
720 aa  709  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980399 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1624  ATP-dependent DNA helicase DinG  49.86 
 
 
721 aa  685  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0995  ATP-dependent DNA helicase DinG  43.07 
 
 
708 aa  513  1e-144  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196461  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1513  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.42 
 
 
690 aa  484  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433839  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2725  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.76 
 
 
690 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0300555  hitchhiker  0.000425027 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1629  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.76 
 
 
690 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117477  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2538  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.27 
 
 
690 aa  480  1e-134  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.536241  unclonable  3.22681e-05 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1652  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.76 
 
 
690 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.303868 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1618  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.76 
 
 
690 aa  479  1e-134  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.326155  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0350  ATP-dependent DNA helicase DinG  39.51 
 
 
711 aa  478  1e-133  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00468076  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2656  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.7 
 
 
690 aa  477  1e-133  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.765136  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2470  ATP-dependent DNA helicase DinG  38 
 
 
690 aa  476  1e-133  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00127477 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.27 
 
 
690 aa  478  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.920562  hitchhiker  0.00302525 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2272  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.37 
 
 
712 aa  478  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1819  ATP-dependent DNA helicase DinG  38 
 
 
690 aa  476  1e-133  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.73 
 
 
692 aa  474  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  4.11022e-05 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1129  ATP-dependent DNA helicase DinG  39.91 
 
 
694 aa  475  1e-132  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0640459  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2178  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.15 
 
 
686 aa  463  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.647766 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  38 
 
 
690 aa  463  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.12 
 
 
692 aa  462  1e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  6.20367e-05 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003963  ATP-dependent helicase DinG/Rad3  37.81 
 
 
691 aa  460  1e-128  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2429  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.33 
 
 
691 aa  456  1e-127  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01557  ATP-dependent DNA helicase DinG  38.59 
 
 
691 aa  459  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.77 
 
 
703 aa  447  1e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.07544e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1249  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.94 
 
 
691 aa  448  1e-124  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000153763 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2630  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.57 
 
 
691 aa  446  1e-124  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0013  ATP-dependent DNA helicase DinG  37 
 
 
741 aa  414  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4158  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.11 
 
 
758 aa  412  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0021  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.82 
 
 
692 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0014  ATP-dependent DNA helicase DinG  37.28 
 
 
729 aa  412  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2033  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.21 
 
 
716 aa  406  1e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2732  ATP-dependent DNA helicase DinG  36.61 
 
 
738 aa  386  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.196414  normal  0.101558 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3854  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.61 
 
 
700 aa  380  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0503  helicase c2  37.22 
 
 
750 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.516825  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02825  ATP-dependent DNA helicase DinG  35.43 
 
 
710 aa  367  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2398  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.15 
 
 
715 aa  329  9e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.927767  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2910  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.38 
 
 
699 aa  328  2e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1289  ATP-dependent DNA helicase DinG  34.2 
 
 
725 aa  322  1e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.649523  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1552  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.1 
 
 
699 aa  319  1e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0866  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.97 
 
 
716 aa  318  3e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0948  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.24 
 
 
762 aa  317  4e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0853  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.97 
 
 
716 aa  317  5e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2844  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.97 
 
 
716 aa  317  5e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0506897 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00766  ATP-dependent DNA helicase  32.97 
 
 
716 aa  317  6e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00783  hypothetical protein  32.97 
 
 
716 aa  317  6e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2843  helicase c2  32.97 
 
 
716 aa  317  6e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0823  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.97 
 
 
716 aa  317  6e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0857  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.83 
 
 
714 aa  316  1e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0884  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.83 
 
 
714 aa  316  1e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1321  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.52 
 
 
726 aa  315  2e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2553  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.11 
 
 
716 aa  315  2e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0969  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.47 
 
 
714 aa  314  3e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.725445  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0948  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.69 
 
 
714 aa  314  3e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.607089  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2777  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.52 
 
 
726 aa  315  3e-84  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2856  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.52 
 
 
726 aa  315  3e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.642331  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0916  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.69 
 
 
714 aa  314  3e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2495  ATP-dependent DNA helicase DinG  33.48 
 
 
701 aa  312  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.324564  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1461  ATP-dependent DNA helicase DinG  32.86 
 
 
732 aa  303  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.498771 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3670  helicase c2  31.62 
 
 
664 aa  279  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.978483  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  31.8 
 
 
660 aa  268  2e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  31.53 
 
 
843 aa  260  8e-68  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  32.5 
 
 
659 aa  258  4e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  26.92 
 
 
832 aa  250  5e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  30.77 
 
 
838 aa  248  4e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  29.62 
 
 
843 aa  241  3e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  9.77416e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  29.71 
 
 
952 aa  239  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  28.19 
 
 
957 aa  238  3e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  30.43 
 
 
876 aa  237  5e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  31.87 
 
 
729 aa  233  9e-60  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1965  hypothetical protein  29.89 
 
 
636 aa  231  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2022  hypothetical protein  29.89 
 
 
636 aa  231  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.6889  normal  0.891564 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1961  hypothetical protein  29.89 
 
 
636 aa  231  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.915388  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1310  hypothetical protein  29.89 
 
 
636 aa  230  8e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.027986  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1495  hypothetical protein  29.89 
 
 
636 aa  229  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1380  hypothetical protein  29.94 
 
 
636 aa  229  1e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.434814  normal  0.350106 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2034  hypothetical protein  29.94 
 
 
636 aa  228  2e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1825  helicase c2  29.94 
 
 
636 aa  228  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.979985  normal  0.491186 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01778  conserved protein with nucleoside triphosphate hydrolase domain  29.94 
 
 
636 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.548012  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1896  hypothetical protein  29.94 
 
 
636 aa  228  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  29.68 
 
 
639 aa  229  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01766  hypothetical protein  29.94 
 
 
636 aa  228  2e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.479225  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2535  hypothetical protein  29.94 
 
 
636 aa  228  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50615  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  28.64 
 
 
651 aa  228  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  29.25 
 
 
646 aa  228  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  29.85 
 
 
646 aa  226  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  26.68 
 
 
822 aa  225  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1403  helicase c2  28.53 
 
 
757 aa  225  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127709  hitchhiker  3.48035e-07 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>