More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4278 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  99.04 
 
 
418 aa  823    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  82.97 
 
 
421 aa  667    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  83.69 
 
 
421 aa  669    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  86.12 
 
 
418 aa  693    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  97.13 
 
 
418 aa  783    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  99.04 
 
 
418 aa  823    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  100 
 
 
418 aa  828    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  74.58 
 
 
418 aa  592  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  72.66 
 
 
417 aa  565  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  71.77 
 
 
423 aa  559  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  72.9 
 
 
417 aa  556  1e-157  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  62.59 
 
 
423 aa  497  1e-139  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  63.31 
 
 
427 aa  484  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  63.31 
 
 
423 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  63.31 
 
 
427 aa  484  1e-135  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  65.71 
 
 
423 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  65.71 
 
 
423 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  65.56 
 
 
423 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  64.61 
 
 
423 aa  475  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  65.56 
 
 
423 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  65.56 
 
 
423 aa  477  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.96 
 
 
424 aa  472  1e-132  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  62.41 
 
 
425 aa  474  1e-132  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  62.41 
 
 
412 aa  472  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2317  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  64.11 
 
 
425 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433018  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60 
 
 
428 aa  467  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.76 
 
 
428 aa  465  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  63.32 
 
 
424 aa  462  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.1 
 
 
425 aa  462  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.52 
 
 
425 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  65.38 
 
 
423 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.52 
 
 
425 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.52 
 
 
425 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.52 
 
 
425 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.2 
 
 
423 aa  460  9.999999999999999e-129  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.52 
 
 
425 aa  461  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  61.19 
 
 
425 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  61.43 
 
 
425 aa  457  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  61.19 
 
 
425 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  61.43 
 
 
425 aa  457  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.05 
 
 
427 aa  455  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  61.19 
 
 
425 aa  456  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  61.19 
 
 
425 aa  456  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  61.43 
 
 
425 aa  456  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  61.19 
 
 
425 aa  456  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  60.95 
 
 
425 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  63.12 
 
 
427 aa  454  1.0000000000000001e-126  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  61.2 
 
 
424 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2478  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  62.29 
 
 
424 aa  436  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2608  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  62.71 
 
 
413 aa  434  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0589092  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3255  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  62.71 
 
 
413 aa  434  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632438  normal  0.0967059 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  54.46 
 
 
463 aa  427  1e-118  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  53.33 
 
 
443 aa  423  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  62.35 
 
 
452 aa  418  1e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  52.49 
 
 
435 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  52.12 
 
 
433 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4921  inner-membrane translocator  52.49 
 
 
433 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0573712  decreased coverage  0.000000000000182248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4917  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraE  54.39 
 
 
437 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.875772  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  51.51 
 
 
433 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4657  inner-membrane translocator  52.26 
 
 
433 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123215  decreased coverage  0.00142103 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0599  inner-membrane translocator  52.49 
 
 
437 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0729  inner-membrane translocator  61.99 
 
 
424 aa  371  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.75 
 
 
459 aa  366  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  52.52 
 
 
459 aa  363  2e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3201  inner-membrane translocator  52.72 
 
 
428 aa  362  1e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  62.66 
 
 
464 aa  361  1e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2493  inner-membrane translocator  53.21 
 
 
429 aa  360  3e-98  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.622946  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1113  inner-membrane translocator  50.45 
 
 
460 aa  357  9.999999999999999e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64880  putative permease of ABC branched-chain amino acid transporter  51.31 
 
 
425 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5636  branched chain amino acid ABC transporter permease  51.31 
 
 
425 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26110  ABC-transporter permease protein  54.57 
 
 
424 aa  350  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0693471  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3324  inner-membrane translocator  59.63 
 
 
484 aa  350  2e-95  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0986477  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5436  inner-membrane translocator  62.11 
 
 
475 aa  349  5e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  60.87 
 
 
474 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5324  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  57.23 
 
 
446 aa  344  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.538003  normal  0.504195 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  51.89 
 
 
456 aa  343  5e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  48.86 
 
 
463 aa  338  8e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2210  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component  56.86 
 
 
456 aa  338  9.999999999999999e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.689313  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1621  inner-membrane translocator  60.9 
 
 
445 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0814712  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  58.97 
 
 
463 aa  336  5e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  59.49 
 
 
463 aa  335  7e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4331  inner-membrane translocator  55.4 
 
 
443 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.157197  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1778  inner-membrane translocator  59.29 
 
 
444 aa  332  8e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2396  inner-membrane translocator  56.14 
 
 
461 aa  329  5.0000000000000004e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00825655 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2612  inner-membrane translocator  55.81 
 
 
461 aa  329  6e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.16306  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  54.6 
 
 
415 aa  325  1e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  51.59 
 
 
407 aa  325  1e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  56.01 
 
 
407 aa  324  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0488  inner-membrane translocator  48.6 
 
 
424 aa  321  9.999999999999999e-87  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.273052  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3682  inner-membrane translocator  58.97 
 
 
443 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3901  inner-membrane translocator  54.71 
 
 
505 aa  306  6e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.595093 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  55.36 
 
 
407 aa  291  2e-77  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  46.24 
 
 
358 aa  255  9e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2865  inner-membrane translocator  44.74 
 
 
384 aa  255  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.267921  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  42.32 
 
 
389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  42.32 
 
 
389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  42.32 
 
 
389 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  45.95 
 
 
358 aa  254  3e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  45.95 
 
 
358 aa  253  5.000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.51 
 
 
389 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>