More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4260 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  93 
 
 
357 aa  691    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  91.32 
 
 
357 aa  676    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  100 
 
 
360 aa  737    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  81.36 
 
 
361 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  63.66 
 
 
350 aa  450  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  59.53 
 
 
357 aa  386  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  48.87 
 
 
358 aa  334  2e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  46.82 
 
 
353 aa  329  6e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  49.27 
 
 
358 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  45.7 
 
 
371 aa  309  4e-83  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  41.12 
 
 
353 aa  273  3e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  41.74 
 
 
370 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  41.74 
 
 
370 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  41.57 
 
 
370 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  41.74 
 
 
370 aa  270  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  38.04 
 
 
371 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  38.04 
 
 
371 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  41.28 
 
 
370 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  37.75 
 
 
371 aa  268  8.999999999999999e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  37.75 
 
 
371 aa  268  1e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  37.75 
 
 
371 aa  268  1e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  37.75 
 
 
371 aa  268  1e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  37.75 
 
 
371 aa  268  1e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  37.75 
 
 
371 aa  268  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  38.33 
 
 
366 aa  267  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  39.35 
 
 
353 aa  266  5e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  39.47 
 
 
359 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  39.65 
 
 
371 aa  265  8.999999999999999e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  32.18 
 
 
351 aa  206  5e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1224  diguanylate cyclase  30.95 
 
 
359 aa  193  3e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  36.78 
 
 
386 aa  186  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  35.09 
 
 
350 aa  177  2e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  39.16 
 
 
316 aa  138  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.11 
 
 
332 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  40.12 
 
 
320 aa  136  7.000000000000001e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  39.89 
 
 
280 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1150  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 
547 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  39.46 
 
 
322 aa  129  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  43.29 
 
 
388 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  34.65 
 
 
377 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  43.29 
 
 
388 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 
540 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  44.38 
 
 
532 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  41.46 
 
 
323 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
369 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  37.31 
 
 
325 aa  126  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  35.08 
 
 
316 aa  126  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.28 
 
 
550 aa  125  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  39.77 
 
 
610 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  39.52 
 
 
324 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40.24 
 
 
324 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  39.52 
 
 
324 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1039  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.41 
 
 
393 aa  124  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0950507  normal  0.205042 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  39.18 
 
 
569 aa  124  3e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  34.69 
 
 
321 aa  124  3e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  41.18 
 
 
459 aa  124  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  40.96 
 
 
457 aa  124  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  43.79 
 
 
532 aa  123  4e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  38.92 
 
 
320 aa  123  5e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  37.1 
 
 
732 aa  123  5e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3780  diguanylate cyclase  36.76 
 
 
361 aa  123  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  38.82 
 
 
320 aa  123  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.77 
 
 
485 aa  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  39.1 
 
 
402 aa  123  6e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
517 aa  123  6e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.59 
 
 
499 aa  122  7e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.12 
 
 
539 aa  122  8e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.85 
 
 
586 aa  122  9e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  38.15 
 
 
323 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.07 
 
 
631 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.49 
 
 
536 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  34.93 
 
 
381 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  33.77 
 
 
498 aa  120  3e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
485 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  36.06 
 
 
458 aa  120  3e-26  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  30.5 
 
 
498 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  37.21 
 
 
319 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
536 aa  119  6e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  39.38 
 
 
377 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  41.14 
 
 
267 aa  119  7e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  40.7 
 
 
386 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4315  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.88 
 
 
554 aa  119  7e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.554314 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  37.68 
 
 
525 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  39.02 
 
 
408 aa  119  9e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  42.77 
 
 
413 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.78 
 
 
632 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
764 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  36.04 
 
 
381 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
628 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  36.96 
 
 
624 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  39.53 
 
 
542 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  43.56 
 
 
671 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
764 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  39.08 
 
 
365 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  38.29 
 
 
628 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  42.01 
 
 
328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  39.53 
 
 
764 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  42.01 
 
 
328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  38.05 
 
 
384 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>