More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4247 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  84.71 
 
 		 436 aa  685    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  84.71 
 
 		 436 aa  674    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0000282343  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  100 
 
 		 429 aa  869    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  73.75 
 
 		 433 aa  626  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  73.99 
 
 		 430 aa  624  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  62.29 
 
 		 433 aa  543  1e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  62.29 
 
 		 433 aa  543  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  60.83 
 
 		 435 aa  514  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  54.78 
 
 		 433 aa  508  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  54.44 
 
 		 433 aa  509  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  55.58 
 
 		 472 aa  503  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  53.57 
 
 		 434 aa  501  1e-141  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  55.58 
 
 		 472 aa  503  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  53.57 
 
 		 434 aa  501  1e-141  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.0000000000998284  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  55.58 
 
 		 432 aa  503  1e-141  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  55.72 
 
 		 434 aa  503  1e-141  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  56.8 
 
 		 433 aa  500  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  53.57 
 
 		 433 aa  501  1e-140  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  55.29 
 
 		 474 aa  499  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  56.06 
 
 		 432 aa  496  1e-139  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  55.34 
 
 		 432 aa  498  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  55.58 
 
 		 432 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  55.58 
 
 		 432 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  55.58 
 
 		 432 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  55.58 
 
 		 432 aa  493  9.999999999999999e-139  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  54.01 
 
 		 432 aa  493  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  51.52 
 
 		 430 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  51.29 
 
 		 430 aa  445  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  50.12 
 
 		 435 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  51.4 
 
 		 432 aa  430  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  48.22 
 
 		 423 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  46.78 
 
 		 425 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  52.15 
 
 		 430 aa  413  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  46.78 
 
 		 425 aa  414  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  46.39 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  46.39 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  46.39 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  46.39 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  46.15 
 
 		 434 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  48.22 
 
 		 443 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  48.22 
 
 		 423 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  48.22 
 
 		 423 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  48.22 
 
 		 423 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  47.98 
 
 		 423 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  48.18 
 
 		 427 aa  384  1e-105  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  47.32 
 
 		 411 aa  378  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  42.65 
 
 		 436 aa  354  2e-96  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  42.89 
 
 		 436 aa  351  1e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3599  major facilitator transporter  42 
 
 		 435 aa  337  1.9999999999999998e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0978  major facilitator transporter  44.2 
 
 		 435 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0926  putative hexuronate transporter  44.2 
 
 		 435 aa  337  2.9999999999999997e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3361  putative hexuronate transporter  44.2 
 
 		 435 aa  336  3.9999999999999995e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  43.7 
 
 		 432 aa  332  8e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03520  conserved hypothetical protein  41.23 
 
 		 452 aa  332  9e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03471  hypothetical protein  41.23 
 
 		 452 aa  332  9e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1611  major facilitator superfamily MFS_1  43.21 
 
 		 433 aa  329  7e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.585379  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1313  major facilitator transporter  40.83 
 
 		 433 aa  328  2.0000000000000001e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.720769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  35.35 
 
 		 428 aa  253  5.000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  33.02 
 
 		 424 aa  243  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  34.12 
 
 		 441 aa  235  1.0000000000000001e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  34.3 
 
 		 430 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.0000115925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  33.99 
 
 		 424 aa  234  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  32.26 
 
 		 432 aa  231  1e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  34.51 
 
 		 426 aa  231  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  33.82 
 
 		 434 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  34.38 
 
 		 449 aa  226  7e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  33.42 
 
 		 439 aa  224  2e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  33.08 
 
 		 431 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  33.09 
 
 		 431 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  32.51 
 
 		 436 aa  216  4e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  31.84 
 
 		 427 aa  213  3.9999999999999995e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  33.01 
 
 		 432 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  32.67 
 
 		 430 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  32.67 
 
 		 430 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  31.36 
 
 		 440 aa  213  7e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  32.64 
 
 		 430 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  32.42 
 
 		 430 aa  212  9e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  33.92 
 
 		 425 aa  211  2e-53  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  32.38 
 
 		 430 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  31.87 
 
 		 429 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0456  major facilitator superfamily MFS_1  29.69 
 
 		 415 aa  209  6e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.317164  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  28.54 
 
 		 424 aa  208  2e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1161  major facilitator transporter  32.82 
 
 		 435 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  33.41 
 
 		 441 aa  206  5e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  32.4 
 
 		 433 aa  203  6e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  31.09 
 
 		 429 aa  202  7e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  29.76 
 
 		 430 aa  201  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  31.54 
 
 		 449 aa  199  5e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  28.5 
 
 		 454 aa  195  2e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  32.39 
 
 		 453 aa  193  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  32 
 
 		 441 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  31.58 
 
 		 429 aa  187  3e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  33.05 
 
 		 435 aa  187  4e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51130  MFS (major facilitator superfamily) transporter  32.26 
 
 		 439 aa  186  5e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.845287  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4271  major facilitator transporter  30.11 
 
 		 468 aa  187  5e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0659968  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  31.17 
 
 		 449 aa  186  6e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2345  transporter, putative  32.68 
 
 		 439 aa  186  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2129  major facilitator transporter  33.17 
 
 		 442 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.526702  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  30.79 
 
 		 420 aa  183  5.0000000000000004e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3121  major facilitator transporter  31.7 
 
 		 441 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>