More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4235 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4235  two component transcriptional regulator  100 
 
 
232 aa  457  1e-128  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207223  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1181  winged helix family two component transcriptional regulator  96.55 
 
 
232 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.037877  normal  0.73042 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1211  two component transcriptional regulator  96.12 
 
 
232 aa  440  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.676109  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1193  two component transcriptional regulator  90.95 
 
 
232 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0519929  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4245  two component transcriptional regulator  73.93 
 
 
240 aa  338  5e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0492398  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1672  DNA-binding response regulator  73.48 
 
 
247 aa  333  1e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3716  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  73.04 
 
 
247 aa  332  3e-90  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.422774  normal  0.0121745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4222  two-component response regulator  71.01 
 
 
236 aa  330  1e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.560932  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49440  two-component response regulator  70.17 
 
 
236 aa  325  5e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.74992e-07  normal  0.747521 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3150  two component transcriptional regulator  71.61 
 
 
249 aa  315  4e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.991698  normal  0.0506876 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0669  two component transcriptional regulator  68.72 
 
 
239 aa  310  9e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.851863  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2022  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 
238 aa  310  1e-83  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.730555 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2321  two component transcriptional regulator  67.81 
 
 
244 aa  308  3e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.483652  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2325  two component transcriptional regulator  66.81 
 
 
238 aa  308  4e-83  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0521181  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3392  two component transcriptional regulator  66.67 
 
 
239 aa  305  5e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000345034  normal  0.431956 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0196  two component transcriptional regulator  65.94 
 
 
238 aa  303  1e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  8.15382e-05  hitchhiker  0.00535544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3146  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  59.11 
 
 
234 aa  254  6e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.119762  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0437  response regulator receiver protein  52.84 
 
 
237 aa  235  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.576272  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3498  putative two-component response regulator  51.32 
 
 
235 aa  228  5e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0401889  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0305  two component transcriptional regulator  51.09 
 
 
235 aa  226  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41260  putative two-component response regulator  51.3 
 
 
235 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.923976 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3391  two component transcriptional regulator  50.68 
 
 
235 aa  223  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0938  DNA-binding response regulator  48.67 
 
 
234 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  2.99191e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0309  two component transcriptional regulator  50.66 
 
 
235 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000579  putative DNA-binding response regulator  48.68 
 
 
237 aa  222  5e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00151616  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3571  two component transcriptional regulator  47.6 
 
 
232 aa  221  6e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000262211  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0878  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 
237 aa  221  1e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00260237  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0896  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 
237 aa  220  1e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.89871e-08  normal  0.423328 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0290  response regulator receiver domain-containing protein  45.65 
 
 
236 aa  220  2e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.870097  hitchhiker  5.82863e-05 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3172  DNA-binding response regulator  48.46 
 
 
238 aa  220  2e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1030  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 
237 aa  219  3e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  5.42446e-07  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2206  two component transcriptional regulator  49.17 
 
 
246 aa  218  5e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.121597 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1104  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 
237 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00308001  normal  0.0226787 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1071  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 
237 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  6.76378e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0981  two component transcriptional regulator  47.81 
 
 
237 aa  218  7e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0593139  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3287  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.23 
 
 
237 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  2.00523e-05  normal  0.324308 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1002  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 
237 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  4.71824e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0473  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.64 
 
 
229 aa  216  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.586818  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1010  two component transcriptional regulator  47.37 
 
 
237 aa  216  2e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  1.99702e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3006  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 
237 aa  215  4e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.24706e-06  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3594  transcriptional regulatory protein RstA, putative  47.79 
 
 
237 aa  215  4e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3087  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 
237 aa  215  4e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.26315e-06  normal  0.467683 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05293  hypothetical protein  49.56 
 
 
237 aa  215  4e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3184  two component transcriptional regulator  47.79 
 
 
237 aa  215  4e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0220819  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3280  DNA-binding response regulator  47.75 
 
 
228 aa  214  6e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  1.291e-06  hitchhiker  6.98043e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0081  two component transcriptional regulator  47.09 
 
 
244 aa  214  1e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3978  two component transcriptional regulator  46.85 
 
 
234 aa  214  1e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.832558 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2800  response regulator receiver protein  48.23 
 
 
236 aa  213  2e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0122786  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0550  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 
229 aa  212  4e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000958325  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0844  two component transcriptional regulator  47.96 
 
 
231 aa  211  8e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000690184  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0557  response regulator receiver  47.51 
 
 
234 aa  211  1e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3062  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  47.06 
 
 
234 aa  209  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4939  two component transcriptional regulator  50.42 
 
 
242 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.795324  unclonable  1.73858e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0749  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 
234 aa  208  5e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.326027  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3501  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.06 
 
 
234 aa  208  5e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3569  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 
234 aa  208  5e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.401849  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3690  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 
234 aa  208  5e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.038332  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0752  two component transcriptional regulator  51.08 
 
 
236 aa  208  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0109076 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3429  two component transcriptional regulator  51.08 
 
 
236 aa  208  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941234  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5349  two component transcriptional regulator  51.08 
 
 
236 aa  208  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.656877  normal  0.0838777 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4886  two component transcriptional regulator  50.65 
 
 
236 aa  205  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  4.59632e-07 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0675  two component transcriptional regulator  46.41 
 
 
245 aa  205  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.920274  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1783  DNA-binding response regulator  49.37 
 
 
252 aa  205  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3065  DNA-binding response regulator  45.98 
 
 
237 aa  205  6e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00140102  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4408  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 
242 aa  204  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0763742 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2892  two component transcriptional regulator  51.56 
 
 
233 aa  204  9e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.440569  normal  0.202196 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6551  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
236 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501121  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0318  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 
241 aa  204  1e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.523003  normal  0.212939 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6157  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
236 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0448783 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1280  two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
236 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121052  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4369  two component transcriptional regulator  49.58 
 
 
242 aa  203  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0241221  normal  0.010909 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4027  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.15 
 
 
240 aa  202  4e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.886848  normal  0.528233 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3677  two component transcriptional regulator  50 
 
 
262 aa  202  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.470907 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2191  DNA-binding response regulator  49.35 
 
 
245 aa  201  6e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0815  DNA-binding response regulator  49.35 
 
 
236 aa  201  7e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.576858  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0936  DNA-binding response regulator  49.35 
 
 
236 aa  201  7e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1592  DNA-binding response regulator  49.35 
 
 
236 aa  201  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0031  DNA-binding response regulator  49.35 
 
 
236 aa  201  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.248418  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0844  DNA-binding response regulator  49.35 
 
 
236 aa  201  7e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1374  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.57 
 
 
251 aa  201  9e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.287257  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1426  transcriptional regulatory protein RstA  44.81 
 
 
248 aa  200  1e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.319576  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0097  hypothetical protein  46.88 
 
 
230 aa  201  1e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0268047  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3772  response regulator receiver  49.14 
 
 
241 aa  200  2e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0950932  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4066  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.14 
 
 
241 aa  200  2e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0852  two component transcriptional regulator  48.48 
 
 
241 aa  197  1e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3454  winged helix family two component transcriptional regulator  50.22 
 
 
279 aa  197  1e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.631289 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3106  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.84 
 
 
234 aa  196  2e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2936  two component transcriptional regulator  51.32 
 
 
233 aa  197  2e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0808073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2483  two component transcriptional regulator  50.66 
 
 
233 aa  196  2e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3000  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.84 
 
 
234 aa  196  2e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4089  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.61 
 
 
240 aa  196  4e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.404092  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2914  two component transcriptional regulator  46.09 
 
 
245 aa  195  4e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634998  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1754  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.68 
 
 
247 aa  196  4e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.618128  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7054  two component transcriptional regulator  48.07 
 
 
236 aa  195  5e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.130103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2315  two component transcriptional regulator  49.12 
 
 
233 aa  195  7e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1790  DNA-binding transcriptional regulator RstA  42.5 
 
 
248 aa  194  8e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.704871  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0259  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.38 
 
 
240 aa  194  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2473  two component transcriptional regulator  48.26 
 
 
251 aa  194  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.682013  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3064  response regulator transcription regulator protein  48.73 
 
 
243 aa  192  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.631075  normal  0.38417 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2580  DNA-binding transcriptional regulator RstA  45.06 
 
 
245 aa  192  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>