113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4139 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4139  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 207 aa  410  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.936463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2681  putative transcriptional regulator  42.57 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381379  normal  0.0939386 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1629  putative transcriptional regulator  40.29 
 
 		 213 aa  145  6e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.346983  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0707  transcriptional regulator, TrmB  34.97 
 
 		 209 aa  88.6  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3726  putative transcriptional regulator  32.67 
 
 		 212 aa  87.8  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.110577  hitchhiker  0.00164762 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3238  putative transcriptional regulator  32.67 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.990793 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2493  putative transcriptional regulator  30.35 
 
 		 211 aa  83.6  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0117208  normal  0.769487 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0303  transcriptional regulator, TrmB  33.33 
 
 		 209 aa  80.5  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.320797  normal  0.117195 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4828  DeoR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00756639  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4669  DeoR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5193  DeoR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.076054  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5064  transcriptional regulator, DeoR family  24.88 
 
 		 210 aa  79  0.00000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4354  transcriptional regulator  26.15 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4686  DeoR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000645179  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5102  transcriptional regulator, DeoR family  24.4 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.211932  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5097  DeoR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 210 aa  77  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2819  putative transcriptional regulator  34.13 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1570  putative transcriptional regulator  28.22 
 
 		 219 aa  76.3  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.417601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0414  putative transcriptional regulator  25.89 
 
 		 220 aa  76.3  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.802259  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0136  transcriptional regulator, DeoR family  24.4 
 
 		 210 aa  74.7  0.0000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.790585  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5103  transcriptional regulator, DeoR family  24.4 
 
 		 210 aa  74.3  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.411801  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0425  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 219 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.973468  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0414  putative transcriptional regulator  27.27 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3451  putative transcriptional regulator  27.14 
 
 		 217 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.225926  hitchhiker  0.00000000543336 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2175  transcriptional regulator TrmB  29.47 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.168136  normal  0.574645 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0961  putative transcriptional regulator  25.38 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.189509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4781  putative transcriptional regulator  24.4 
 
 		 210 aa  72  0.000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2063  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 280 aa  69.7  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2060  MarR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 235 aa  68.9  0.00000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000000547125  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3070  transcriptional regulator, TrmB  24.73 
 
 		 215 aa  67  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.272047 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2543  putative transcriptional regulator  29.41 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0028  transcriptional regulator  30.69 
 
 		 217 aa  65.5  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.572077  normal  0.204969 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2275  putative transcriptional regulator  26.47 
 
 		 237 aa  62  0.000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00171437  normal  0.131971 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3558  putative transcriptional regulator  24.64 
 
 		 210 aa  61.6  0.000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1134  putative transcriptional regulator  29.7 
 
 		 273 aa  60.5  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.767556  normal  0.0484804 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0795  putative transcriptional regulator  26.84 
 
 		 234 aa  60.5  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164821  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1733  transcriptional regulator  27.88 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.86463 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0307  putative transcriptional regulator  26.37 
 
 		 201 aa  58.2  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.519243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03001  regulatory proteins, AsnC family protein  30.11 
 
 		 215 aa  57.8  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.764788 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2084  putative transcriptional regulator  29.27 
 
 		 291 aa  57  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.877049 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4997  putative transcriptional regulator  28.43 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1973  putative transcriptional regulator  30.73 
 
 		 254 aa  56.6  0.0000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.490943 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14610  predicted transcriptional regulator  26.87 
 
 		 245 aa  56.2  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.330701  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2441  putative transcriptional regulator  28.91 
 
 		 244 aa  55.5  0.0000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.47008  normal  0.125946 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1711  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.42173  normal  0.540015 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38980  predicted transcriptional regulator  30.77 
 
 		 227 aa  55.5  0.0000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.224928 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1844  putative transcriptional regulator  27.62 
 
 		 271 aa  54.7  0.0000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000755788 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0915  putative transcriptional regulator  28.14 
 
 		 218 aa  54.3  0.000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949391 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21960  predicted transcriptional regulator  28.65 
 
 		 275 aa  53.9  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.153457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4098  putative transcriptional regulator  24.88 
 
 		 231 aa  53.1  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000232031  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1452  putative transcriptional regulator  28.22 
 
 		 217 aa  52.4  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.293298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0435  putative transcriptional regulator  28.11 
 
 		 199 aa  52.4  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341746  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2262  putative transcriptional regulator  29.89 
 
 		 253 aa  51.6  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.148405 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11480  predicted transcriptional regulator  28.8 
 
 		 209 aa  51.2  0.000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.902569  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4146  hypothetical protein  25.49 
 
 		 231 aa  50.8  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000836858  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4467  hypothetical protein  25.49 
 
 		 231 aa  50.8  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648932  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2296  putative transcriptional regulator  24.62 
 
 		 216 aa  50.8  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.000000358822  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3986  hypothetical protein  25.49 
 
 		 231 aa  50.1  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000618835  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3996  hypothetical protein  25.49 
 
 		 231 aa  50.4  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000015426  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2102  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 289 aa  50.4  0.00002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.697253  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0896  putative transcriptional regulator  30.05 
 
 		 207 aa  50.4  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.610602 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4322  hypothetical protein  25.49 
 
 		 231 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00652041  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0501  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 255 aa  50.1  0.00003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4375  hypothetical protein  25.49 
 
 		 231 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00420257  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4265  hypothetical protein  25.49 
 
 		 231 aa  49.7  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4356  hypothetical protein  25.49 
 
 		 231 aa  49.3  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5988  putative transcriptional regulator  28.49 
 
 		 270 aa  49.3  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.423891  normal  0.331781 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4801  putative transcriptional regulator  29.27 
 
 		 207 aa  48.5  0.00006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000472031 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0423  transcriptional regulator  22.94 
 
 		 227 aa  48.1  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.956901  normal  0.107177 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2106  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 225 aa  48.1  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.317917  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4136  hypothetical protein  27.62 
 
 		 214 aa  47.4  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3788  hypothetical protein  27.07 
 
 		 222 aa  47.4  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1139  putative transcriptional regulator  27.47 
 
 		 252 aa  47.8  0.0001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.140272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3981  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 231 aa  46.6  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.340419  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0018  putative transcriptional regulator  27.62 
 
 		 214 aa  47.4  0.0002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0878  hypothetical protein  25.49 
 
 		 231 aa  47.4  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000881272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4804  putative transcriptional regulator  28.43 
 
 		 210 aa  47.4  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000646734 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13330  predicted transcriptional regulator  23.67 
 
 		 238 aa  46.6  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.763143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2284  transcriptional regulator  26.73 
 
 		 214 aa  46.6  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2382  regulatory protein ArsR  25.26 
 
 		 274 aa  46.6  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.307498  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3584  hypothetical protein  29.8 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3176  transcriptional regulator  28.72 
 
 		 206 aa  46.2  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2435  transcriptional regulator  25.85 
 
 		 238 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.412292  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2549  transcriptional regulator  26.78 
 
 		 240 aa  45.8  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.12553  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4305  transcriptional regulator  30.43 
 
 		 261 aa  45.4  0.0005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2480  transcriptional regulator  25.85 
 
 		 238 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.337028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1080  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 207 aa  45.8  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3240  putative transcriptional regulator  32.26 
 
 		 222 aa  45.8  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.271693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2786  putative transcriptional regulator  26.11 
 
 		 208 aa  44.3  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.788805 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2471  transcriptional regulator  24.88 
 
 		 238 aa  44.7  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2387  transcriptional regulator protein-like protein  23.62 
 
 		 250 aa  44.7  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.328356  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7512  putative transcriptional regulator  24.88 
 
 		 201 aa  43.5  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.898059 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0402  putative transcriptional regulator  26.09 
 
 		 214 aa  43.5  0.002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4860  transcriptional regulator  30.68 
 
 		 215 aa  43.5  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.447451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1018  putative transcriptional regulator  27.86 
 
 		 210 aa  43.5  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1113  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 207 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00818822 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5155  putative transcriptional regulator  25.96 
 
 		 238 aa  43.9  0.002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2223  putative transcriptional regulator  27.41 
 
 		 280 aa  43.9  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000435551  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2998  transcriptional regulator  28.93 
 
 		 206 aa  43.1  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00441752  normal  0.169259 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2510  putative transcriptional regulator  28.5 
 
 		 236 aa  43.1  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>