More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4020 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4514  patatin  96.43 
 
 		 751 aa  1417    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1816  patatin  73.36 
 
 		 728 aa  1090    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1397  patatin  97.12 
 
 		 728 aa  1425    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4020  patatin  100 
 
 		 728 aa  1463    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0160946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1471  patatin  80.98 
 
 		 733 aa  1184    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.553855  normal  0.134739 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3803  patatin  92.95 
 
 		 727 aa  1342    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.799265  hitchhiker  0.00000293733 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20870  hypothetical protein  73.28 
 
 		 728 aa  1052    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.817283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1791  hypothetical protein  72.86 
 
 		 728 aa  1051    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1473  Patatin  40.14 
 
 		 745 aa  482  1e-134  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5258  patatin  38.34 
 
 		 777 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5919  hypothetical protein  38.87 
 
 		 750 aa  438  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.502789  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0887  patatin  34.83 
 
 		 741 aa  435  1e-120  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0503  patatin  35.77 
 
 		 748 aa  414  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0391  patatin  35.77 
 
 		 790 aa  389  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0374937 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0423  patatin  32.75 
 
 		 738 aa  371  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0379  hypothetical protein  33.24 
 
 		 734 aa  370  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101428  normal  0.24493 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3413  patatin  31.59 
 
 		 738 aa  366  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.016604  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3909  patatin  30.75 
 
 		 738 aa  363  6e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000966561  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3929  patatin  30.47 
 
 		 737 aa  362  1e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000709115  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4050  patatin  30.47 
 
 		 738 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.129924  normal  0.182704 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0323  patatin  32.69 
 
 		 735 aa  361  2e-98  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000755516  normal  0.0106628 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3852  Patatin  30.47 
 
 		 738 aa  361  2e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00970151  unclonable  0.00000000000304178 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0428  hypothetical protein  31.63 
 
 		 736 aa  359  9e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2193  patatin-like phospholipase  32.7 
 
 		 920 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.193867  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0846  Outer membrane protein  32.7 
 
 		 930 aa  356  6.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.558607  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0430  patatin-like phospholipase  33.97 
 
 		 753 aa  356  7.999999999999999e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.622197  normal  0.410505 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0605  patatin  33.81 
 
 		 767 aa  354  2.9999999999999997e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.37871  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0430  patatin  31.45 
 
 		 739 aa  353  4e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.2569  normal  0.405948 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0435  patatin  30.94 
 
 		 751 aa  353  8e-96  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00139608  decreased coverage  0.00000000672418 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0432  patatin  31.36 
 
 		 738 aa  353  8e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00104069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3595  patatin  31.36 
 
 		 738 aa  353  8.999999999999999e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0117026  normal  0.37392 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3628  patatin-like phospholipase family protein  31.02 
 
 		 735 aa  352  2e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1781  OMP85 family outer membrane protein  32.79 
 
 		 852 aa  352  2e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0818  OMP85 family outer membrane protein  32.83 
 
 		 933 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.840835  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0034  OMP85 family outer membrane protein  32.83 
 
 		 945 aa  348  1e-94  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.987848  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3427  patatin  32.29 
 
 		 737 aa  348  1e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000209875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1589  OMP85 family outer membrane protein  32.83 
 
 		 728 aa  348  2e-94  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3684  patatin  32.88 
 
 		 813 aa  342  1e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0989446  normal  0.481087 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3773  patatin  31.68 
 
 		 754 aa  342  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3379  patatin  32.02 
 
 		 737 aa  338  1.9999999999999998e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0755  patatin  32.44 
 
 		 804 aa  335  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.183935  hitchhiker  0.00235893 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0939  patatin family phospholipase  32.36 
 
 		 714 aa  334  3e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4367  patatin  32.43 
 
 		 796 aa  333  7.000000000000001e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753572  normal  0.0149161 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4884  patatin  31.85 
 
 		 798 aa  332  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000395852 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03442  hypothetical protein  31.53 
 
 		 771 aa  325  2e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4937  patatin  31.42 
 
 		 803 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000295709 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5351  patatin  31.42 
 
 		 803 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.346462  normal  0.119871 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3431  patatin  31.29 
 
 		 803 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.805545  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002569  hypothetical protein  31.12 
 
 		 776 aa  321  3e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.765659  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1334  patatin-like protein of phospholipase family protein  31.82 
 
 		 745 aa  318  2e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0465  patatin  32.51 
 
 		 729 aa  311  2.9999999999999997e-83  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0838  Patatin  33.61 
 
 		 667 aa  301  4e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.507854 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0132  hypothetical protein  30.93 
 
 		 764 aa  298  3e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.948806  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4068  patatin  27.63 
 
 		 733 aa  287  5e-76  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.288798 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3685  Patatin  27.79 
 
 		 720 aa  231  5e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000342926  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2052  Patatin  32.88 
 
 		 740 aa  225  2e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.185363  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0727  patatin  34.25 
 
 		 760 aa  225  3e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01780  putative patatin-like phospholipase  34.71 
 
 		 740 aa  223  8e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2996  Patatin  38.78 
 
 		 746 aa  213  1e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000124103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0461  Patatin  30.58 
 
 		 707 aa  207  8e-52  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0402  surface antigen (D15)  40.27 
 
 		 950 aa  195  3e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.858509  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2033  patatin  39.93 
 
 		 923 aa  190  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0624212  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0290  hypothetical protein  33.99 
 
 		 981 aa  189  2e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2385  Patatin  37.5 
 
 		 894 aa  183  1e-44  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2040  surface antigen (D15)  33.71 
 
 		 909 aa  177  7e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.813925 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1840  Patatin  37.5 
 
 		 900 aa  174  3.9999999999999995e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1983  patatin-like phospholipase  37.19 
 
 		 358 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00013559  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2488  patatin family phospholipase  36.96 
 
 		 347 aa  172  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00508161  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0362  hypothetical protein  34.47 
 
 		 875 aa  172  2e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0207415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1271  Patatin  33.33 
 
 		 775 aa  171  6e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.190834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2542  patatin family phospholipase  36.63 
 
 		 347 aa  170  7e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0832269  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1351  Patatin  36.36 
 
 		 256 aa  170  7e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.019632  normal  0.0919184 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1601  patatin-like phospholipase  36.63 
 
 		 306 aa  170  9e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00000189293  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2124  patatin  37.03 
 
 		 311 aa  170  9e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0232025  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2629  patatin-like phospholipase  36.63 
 
 		 474 aa  170  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000046656  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10170  Patatin  36.2 
 
 		 260 aa  169  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.794259  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2104  patatin-like phospholipase  36.63 
 
 		 347 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000214716  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2141  patatin  37.66 
 
 		 316 aa  169  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000481175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0035  Patatin  37.46 
 
 		 330 aa  167  4e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.488757  hitchhiker  0.0000189708 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4028  phospholipase, patatin family  37.55 
 
 		 263 aa  167  8e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0568187  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4039  phospholipase, patatin family  37.55 
 
 		 263 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000244848  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3973  phospholipase, putative  37.55 
 
 		 263 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.533695  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1378  patatin  39.11 
 
 		 358 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000417303  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3839  phospholipase  37.55 
 
 		 263 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.756458  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3686  patatin-like phospholipase  37.55 
 
 		 263 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.239904  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4137  phospholipase  37.55 
 
 		 263 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.866358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3942  phospholipase, patatin family  37.55 
 
 		 263 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2496  Patatin  37.46 
 
 		 317 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000766649  normal  0.0142834 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3669  patatin-like phospholipase  37.18 
 
 		 263 aa  166  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0414578  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1864  patatin  37.63 
 
 		 293 aa  165  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00450091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2396  patatin  36.08 
 
 		 333 aa  166  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.950411  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0361  patatin  36.91 
 
 		 323 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1467  patatin  37.12 
 
 		 311 aa  166  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1219  patatin  36.7 
 
 		 349 aa  165  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000227608  normal  0.293429 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3754  patatin  36.46 
 
 		 263 aa  164  4.0000000000000004e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.517458  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1211  phospholipase, patatin family  37.18 
 
 		 263 aa  164  6e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000104019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1467  Patatin  35.74 
 
 		 320 aa  164  7e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.664226  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1562  Patatin  35.74 
 
 		 320 aa  164  7e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0111383  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0765  phospholipase, putative  35.11 
 
 		 272 aa  164  7e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.557245  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1641  putative exported phospholipase  36.77 
 
 		 315 aa  164  8.000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000163376  normal  0.216131 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>