More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3968 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3968  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 206 aa  417  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4121  putative transcriptional regulator  80.39 
 
 		 222 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0739685  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47820  putative transcriptional regulator  80.39 
 
 		 222 aa  338  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000218363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4857  transcriptional regulator, GntR family  63.05 
 
 		 225 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205094  normal  0.100646 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1183  GntR family transcriptional regulator  59.11 
 
 		 226 aa  254  6e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2825  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  169  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.687306  normal  0.544458 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2365  GntR family transcriptional regulator  40.51 
 
 		 223 aa  169  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273195  normal  0.0972309 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1528  GntR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 223 aa  167  8e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 260 aa  166  2e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9244  transcriptional regulator GntR family  40.1 
 
 		 226 aa  164  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.173978  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2260  GntR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 232 aa  163  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0845736  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3324  GntR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 229 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.106017 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2354  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 233 aa  162  4.0000000000000004e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000394326  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1701  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0631333  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1521  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 223 aa  161  7e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000831441  normal  0.527855 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2852  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 223 aa  160  1e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1382  regulatory protein GntR, HTH  38.07 
 
 		 227 aa  160  1e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000764152  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1759  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000431204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1588  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 223 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0421437  normal  0.157754 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1582  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00672922  normal  0.129388 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1716  transcriptional regulator, GntR family  40 
 
 		 223 aa  158  5e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000127588  hitchhiker  0.0000108879 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2747  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  158  5e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00299596  normal  0.0681091 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2633  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  158  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0189782  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2668  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 223 aa  158  5e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000195924  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2118  transcriptional regulator  39.11 
 
 		 226 aa  155  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1551  transcriptional regulator, GntR family protein  37.44 
 
 		 224 aa  155  5.0000000000000005e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000349617  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  37.95 
 
 		 224 aa  153  2e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  41.29 
 
 		 214 aa  151  7e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2063  GntR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 222 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00486577  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2707  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 223 aa  147  7e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.755904  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1843  GntR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 257 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0747919 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4822  transcriptional regulator, GntR family  39.9 
 
 		 257 aa  141  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00147753  normal  0.0149979 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5881  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.453374  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6120  GntR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.105627  normal  0.0219652 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5984  GntR family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 226 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0745493  normal  0.107513 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5099  GntR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 240 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.408259  normal  0.367137 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4142  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 222 aa  139  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.209682  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1970  GntR family transcriptional regulator  40.39 
 
 		 225 aa  136  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1421  GntR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 217 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00674258  normal  0.128717 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4345  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 230 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1522  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 267 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2513  GntR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.761478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3671  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 247 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.483393  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 245 aa  124  7e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5100  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 226 aa  124  8.000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.2531  normal  0.563225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2125  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 230 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  36.87 
 
 		 231 aa  118  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3814  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 229 aa  118  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4297  transcriptional regulator, GntR family  39.69 
 
 		 232 aa  118  6e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.535178  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4582  GntR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 213 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.971723  hitchhiker  0.000691576 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5212  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0902392  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5647  GntR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 219 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0508113  normal  0.188641 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0129  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 236 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0037  GntR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 213 aa  115  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1651  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 242 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1661  GntR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  35.12 
 
 		 221 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1199  GntR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 226 aa  112  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3523  GntR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 239 aa  111  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0140617  normal  0.356265 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3493  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 215 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.552869 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4029  GntR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 215 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 235 aa  108  8.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2922  GntR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 221 aa  105  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0278565  normal  0.64241 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11670  transcriptional regulator  31.77 
 
 		 210 aa  105  5e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.615947  normal  0.208843 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2768  transcriptional regulator, GntR family  34.8 
 
 		 222 aa  105  5e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.319165  normal  0.0289974 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5008  transcriptional regulator GntR  32.34 
 
 		 245 aa  105  6e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.374928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5066  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  105  7e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.219495  normal  0.372207 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5454  transcriptional regulator, GntR family  32.84 
 
 		 245 aa  104  8e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1008  putative glycosyltransferase  28.8 
 
 		 219 aa  103  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.120442  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 226 aa  103  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  32.09 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4095  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0163  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000281276 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  35.44 
 
 		 237 aa  102  5e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0182  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 229 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.167799 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 245 aa  101  7e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 228 aa  99.8  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 238 aa  98.6  5e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7582  GntR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 234 aa  99  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 239 aa  98.6  5e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2466  GntR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 213 aa  99  5e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1710  transcription regulator AsnC  29.02 
 
 		 217 aa  98.6  6e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1569  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 230 aa  97.4  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0628  GntR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 213 aa  97.4  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721906  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4086  transcriptional regulator, GntR family  31.84 
 
 		 231 aa  97.4  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.129918 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.98 
 
 		 223 aa  97.4  1e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0576  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 222 aa  97.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0181  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.454577  normal  0.894817 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1925  GntR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 222 aa  96.7  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.554329  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 235 aa  96.7  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 232 aa  96.3  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1431  GntR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 222 aa  95.9  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.773512 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 229 aa  95.5  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3010  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 209 aa  95.1  6e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.276593 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 229 aa  94.7  7e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0293  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 230 aa  94.7  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.972725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  29.7 
 
 		 231 aa  94.4  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2304  GntR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 224 aa  94.4  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.39728 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8462  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 218 aa  94.4  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0634777 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>