More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3729 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3729  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 231 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4157  winged helix family two component transcriptional regulator  98.27 
 
 		 231 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1711  two component transcriptional regulator  97.84 
 
 		 231 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3482  two component transcriptional regulator  93.07 
 
 		 231 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4029  two component transcriptional regulator  83.7 
 
 		 241 aa  387  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.871415 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2246  KDP operon transcriptional regulatory protein kdpE  83.77 
 
 		 230 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.683582  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2051  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  83.33 
 
 		 230 aa  385  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191031  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43340  two-component response regulator KdpE  80.09 
 
 		 230 aa  363  1e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3636  two-component response regulator KdpE  79.19 
 
 		 230 aa  358  3e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.9171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24530  Response regulator KdpE  69.68 
 
 		 232 aa  312  2.9999999999999996e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0689152  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1884  response regulator receiver protein  59.56 
 
 		 244 aa  273  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.365735  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3717  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  60 
 
 		 244 aa  271  9e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04383  two-component system regulatory protein  61.23 
 
 		 226 aa  266  2e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0287  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.78 
 
 		 237 aa  262  3e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0371836  normal  0.118342 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1159  two component transcriptional regulator  60.27 
 
 		 230 aa  258  6e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2053  two component transcriptional regulator  57.08 
 
 		 232 aa  257  9e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.745879 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3077  two component transcriptional regulator  58.64 
 
 		 227 aa  257  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0535977  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3248  two component transcriptional regulator  56.89 
 
 		 232 aa  256  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.743  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2322  two component transcriptional regulator  57.33 
 
 		 232 aa  256  2e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1312  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.64 
 
 		 232 aa  256  3e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.1865 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2200  two component transcriptional regulator  57.64 
 
 		 232 aa  254  7e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.365248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1397  DNA-binding response regulator KdpE  57.21 
 
 		 232 aa  254  8e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.089264  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1672  two component transcriptional regulator  57.64 
 
 		 232 aa  254  8e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.193412  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2307  two component transcriptional regulator  57.64 
 
 		 232 aa  254  8e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2284  two component transcriptional regulator  57.64 
 
 		 232 aa  254  8e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.21195  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1246  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  57.21 
 
 		 232 aa  254  8e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1872  DNA-binding response regulator KdpE  57.21 
 
 		 234 aa  254  9e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0800306  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0371  DNA-binding response regulator KdpE  57.21 
 
 		 234 aa  254  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1088  DNA-binding response regulator KdpE  57.21 
 
 		 234 aa  254  9e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0779  DNA-binding response regulator KdpE  57.21 
 
 		 234 aa  254  9e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.97246  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1254  KDP operon transcriptional regulatory protein KdpE  57.21 
 
 		 234 aa  254  9e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  decreased coverage  0.00667548  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5611  two component transcriptional regulator  56.77 
 
 		 232 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0731674  normal  0.970504 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1025  DNA-binding response regulator KdpE  56.33 
 
 		 234 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2927  two component transcriptional regulator  55.75 
 
 		 228 aa  251  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0994  two component transcriptional regulator  56.77 
 
 		 232 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1269  two component transcriptional regulator  55.31 
 
 		 228 aa  249  3e-65  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2274  two component transcriptional regulator  52.19 
 
 		 231 aa  244  6e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1214  DNA-binding transcriptional activator KdpE  52.47 
 
 		 226 aa  242  3e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00514307  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1875  response regulator receiver  52 
 
 		 230 aa  242  3.9999999999999997e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.72432  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2213  DNA binding response regulator KdpE  52.17 
 
 		 231 aa  238  4e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1126  DNA-binding transcriptional activator KdpE  52.02 
 
 		 226 aa  237  1e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296902  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4990  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.7 
 
 		 230 aa  235  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1244  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.88 
 
 		 229 aa  235  5.0000000000000005e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00224308  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0828  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 232 aa  234  7e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.159677 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0359  two component transcriptional regulator  53.91 
 
 		 236 aa  234  8e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.274157  normal  0.104876 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3600  two component transcriptional regulator  50.86 
 
 		 235 aa  233  2.0000000000000002e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10580  Response regulator  51.54 
 
 		 229 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3370  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.19 
 
 		 234 aa  232  3e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2931  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.22 
 
 		 229 aa  232  3e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3023  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.19 
 
 		 234 aa  232  5e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3087  response regulator transcription regulator protein  51.75 
 
 		 234 aa  231  8.000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.160744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6070  two component response regulator  52.49 
 
 		 228 aa  231  9e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2942  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.35 
 
 		 225 aa  229  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0716  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.35 
 
 		 225 aa  229  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0593355  normal  0.505732 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4763  two component transcriptional regulator  51.77 
 
 		 230 aa  229  3e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.96205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0810  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.9 
 
 		 225 aa  229  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0720  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.35 
 
 		 225 aa  229  4e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0669037  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0741  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.35 
 
 		 225 aa  228  4e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000675118  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00651  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with KdpD  50.9 
 
 		 225 aa  228  6e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00642  hypothetical protein  50.9 
 
 		 225 aa  228  6e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0824  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.9 
 
 		 225 aa  228  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0770111 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0860  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.9 
 
 		 225 aa  228  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0750  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.9 
 
 		 225 aa  228  7e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.358042  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2962  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.9 
 
 		 225 aa  228  7e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1079  two component transcriptional regulator  48.25 
 
 		 230 aa  228  9e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0787  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.9 
 
 		 225 aa  226  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0555  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.45 
 
 		 225 aa  226  3e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0042  two component transcriptional regulator  50.89 
 
 		 231 aa  226  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.189828  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0763  DNA-binding transcriptional activator KdpE  50.45 
 
 		 225 aa  225  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2289  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  49.56 
 
 		 231 aa  225  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000420296  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1206  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 225 aa  225  5.0000000000000005e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00352252 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3122  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.64 
 
 		 235 aa  224  9e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3557  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  53.36 
 
 		 230 aa  224  1e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3504  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.12 
 
 		 248 aa  223  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5362  two component transcriptional regulator  51.8 
 
 		 230 aa  223  2e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0748621 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0249  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.57 
 
 		 232 aa  223  2e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1172  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.63 
 
 		 235 aa  223  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4649  two component transcriptional regulator  48.23 
 
 		 230 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.424735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1791  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.58 
 
 		 240 aa  222  3e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000442123 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1102  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.44 
 
 		 209 aa  222  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000603864  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3578  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.44 
 
 		 209 aa  222  4e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.693422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1155  DNA-binding transcriptional activator KdpE  51.44 
 
 		 209 aa  222  4e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.232679  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3104  two component transcriptional regulator  49.55 
 
 		 233 aa  220  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.317177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5960  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 226 aa  220  9.999999999999999e-57  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.891848  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4230  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 226 aa  220  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.285059  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4296  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 226 aa  220  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0135013  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4608  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 226 aa  220  9.999999999999999e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5920  two component transcriptional regulator  49.15 
 
 		 247 aa  217  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1865  response regulator receiver  50.9 
 
 		 224 aa  217  1e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.59899  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4088  response regulator receiver  48.7 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11045  transcriptional regulatory protein kdpE  50.22 
 
 		 226 aa  216  2.9999999999999998e-55  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2694  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 235 aa  215  4e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.154697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1222  two component transcriptional regulator  51.34 
 
 		 235 aa  215  5e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0465  DNA-binding response regulator  48.25 
 
 		 230 aa  214  7e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000321608  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0942  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.09 
 
 		 231 aa  214  7e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0532517  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1514  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.34 
 
 		 229 aa  214  7e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0313038  normal  0.23375 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1196  two component transcriptional regulator  48.88 
 
 		 240 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2502  two-component response regulator of kdp operon  49.78 
 
 		 234 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0939  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.64 
 
 		 231 aa  213  1.9999999999999998e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.102691  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1100  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 230 aa  211  5.999999999999999e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>