More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3714 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4142  ribonuclease H  100 
 
 		 148 aa  305  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.479063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1723  ribonuclease H  100 
 
 		 148 aa  305  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3714  ribonuclease H  100 
 
 		 148 aa  305  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.246358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3467  ribonuclease H  96.62 
 
 		 148 aa  298  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2186  ribonuclease H  84.93 
 
 		 153 aa  261  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1763  ribonuclease H  84.46 
 
 		 150 aa  259  8e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.890131 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3712  ribonuclease HI  84.93 
 
 		 150 aa  259  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0350909  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2066  ribonuclease H  78.91 
 
 		 150 aa  253  7e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.043986  normal  0.0759815 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29600  ribonuclease H  77.7 
 
 		 152 aa  245  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.891548  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41060  ribonuclease H  73.94 
 
 		 148 aa  229  1e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3481  ribonuclease H  73.94 
 
 		 148 aa  229  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  65.52 
 
 		 147 aa  206  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  64.14 
 
 		 147 aa  204  2e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  64.14 
 
 		 147 aa  204  2e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  64.14 
 
 		 147 aa  204  2e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  67.86 
 
 		 145 aa  204  4e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  67.86 
 
 		 145 aa  204  4e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  67.36 
 
 		 147 aa  204  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  67.36 
 
 		 148 aa  204  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  65.73 
 
 		 148 aa  204  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  67.14 
 
 		 148 aa  203  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  67.14 
 
 		 148 aa  203  6e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  66.67 
 
 		 148 aa  203  7e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  66.67 
 
 		 148 aa  202  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  66.67 
 
 		 148 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  66.67 
 
 		 148 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  66.67 
 
 		 146 aa  202  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  66.67 
 
 		 148 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  66.9 
 
 		 149 aa  202  1e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  66.67 
 
 		 148 aa  202  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  64.83 
 
 		 147 aa  202  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  66.67 
 
 		 148 aa  202  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  63.83 
 
 		 155 aa  201  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  64.14 
 
 		 147 aa  202  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  64.14 
 
 		 147 aa  202  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  64.54 
 
 		 147 aa  201  3e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1188  ribonuclease H  66.2 
 
 		 157 aa  198  3e-50  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0364672  normal  0.693585 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1704  ribonuclease H  65.71 
 
 		 142 aa  197  3e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.229425  normal  0.715434 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  64.34 
 
 		 152 aa  197  5e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  64.54 
 
 		 154 aa  196  6e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1464  ribonuclease H  62.16 
 
 		 149 aa  196  7e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1513  ribonuclease H  64.54 
 
 		 151 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2189  ribonuclease H  65.71 
 
 		 145 aa  196  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  59.86 
 
 		 153 aa  195  1.0000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  64.54 
 
 		 151 aa  195  2.0000000000000003e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2112  Ribonuclease H  65 
 
 		 141 aa  195  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0395213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  64.08 
 
 		 154 aa  194  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2041  ribonuclease H  63.83 
 
 		 148 aa  194  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1733  ribonuclease H  63.83 
 
 		 148 aa  194  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0373271  normal  0.553934 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0905  ribonuclease H  63.64 
 
 		 175 aa  193  8.000000000000001e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.690877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  65.94 
 
 		 146 aa  193  8.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  65.69 
 
 		 154 aa  192  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  63.12 
 
 		 151 aa  192  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  61.11 
 
 		 162 aa  192  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  64.54 
 
 		 154 aa  191  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  64.54 
 
 		 154 aa  191  2e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  61.54 
 
 		 160 aa  192  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4895  ribonuclease H  61.81 
 
 		 148 aa  191  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  64.23 
 
 		 154 aa  191  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  60.69 
 
 		 150 aa  191  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  64.03 
 
 		 150 aa  191  3e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  62.14 
 
 		 163 aa  191  3e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  62.68 
 
 		 154 aa  191  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1619  ribonuclease H  63.83 
 
 		 155 aa  191  3e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.353009  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0593  ribonuclease H  61.81 
 
 		 155 aa  191  4e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.986261 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1745  ribonuclease H  62.5 
 
 		 148 aa  190  5e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.134383 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  60.69 
 
 		 153 aa  189  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0841  ribonuclease H  62.86 
 
 		 154 aa  189  9e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1680  ribonuclease H  62.86 
 
 		 161 aa  189  9e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254579  normal  0.760209 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  62.04 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  62.04 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  62.04 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  62.04 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  61.7 
 
 		 166 aa  189  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1973  ribonuclease H  61.81 
 
 		 148 aa  189  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2281  ribonuclease H  62.33 
 
 		 159 aa  189  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  62.04 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  61.11 
 
 		 164 aa  189  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  62.04 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  62.04 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  62.04 
 
 		 155 aa  189  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24830  RNase HI  62.5 
 
 		 170 aa  188  2e-47  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.28769 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  61.31 
 
 		 155 aa  188  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1763  ribonuclease H  60.71 
 
 		 154 aa  188  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  60.56 
 
 		 156 aa  188  2.9999999999999997e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1479  RNase HI  60.84 
 
 		 151 aa  188  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00461786  normal  0.20485 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0424  ribonuclease H  60.71 
 
 		 154 aa  187  2.9999999999999997e-47  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.456208  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  61.38 
 
 		 154 aa  187  5e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  63.57 
 
 		 160 aa  187  5e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  61.7 
 
 		 151 aa  187  5.999999999999999e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  59.86 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  60.58 
 
 		 155 aa  185  1e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  59.86 
 
 		 154 aa  186  1e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  62.77 
 
 		 155 aa  185  1e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2653  ribonuclease H  60.42 
 
 		 149 aa  185  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.694981  normal  0.0661742 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  59.86 
 
 		 156 aa  185  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  61.31 
 
 		 155 aa  184  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  61.31 
 
 		 155 aa  184  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  58.45 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  58.45 
 
 		 154 aa  184  3e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>