224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3574 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  92.51 
 
 		 431 aa  798    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  96.74 
 
 		 430 aa  831    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  96.51 
 
 		 430 aa  828    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  100 
 
 		 430 aa  880    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  61.2 
 
 		 416 aa  513  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  59.26 
 
 		 423 aa  507  9.999999999999999e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  60.48 
 
 		 416 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  60.48 
 
 		 416 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  58.8 
 
 		 416 aa  494  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  55.56 
 
 		 428 aa  491  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  51.17 
 
 		 416 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  51.41 
 
 		 416 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  48.1 
 
 		 418 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  47.33 
 
 		 417 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  46.79 
 
 		 417 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  47.62 
 
 		 418 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  46.54 
 
 		 417 aa  376  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  48.19 
 
 		 418 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  46.32 
 
 		 417 aa  375  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  48.27 
 
 		 395 aa  375  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  46.84 
 
 		 417 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  47.13 
 
 		 419 aa  365  1e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  44.84 
 
 		 422 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  45.2 
 
 		 418 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  45.12 
 
 		 422 aa  360  3e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  47.03 
 
 		 418 aa  360  3e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  46.27 
 
 		 415 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  45.05 
 
 		 423 aa  355  8.999999999999999e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  44.6 
 
 		 422 aa  354  1e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  46.44 
 
 		 424 aa  355  1e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  44.63 
 
 		 415 aa  354  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  45.08 
 
 		 412 aa  352  5e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  46.51 
 
 		 410 aa  352  8e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  44.6 
 
 		 412 aa  351  2e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  44.36 
 
 		 412 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  44.23 
 
 		 416 aa  347  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  44.26 
 
 		 421 aa  343  5e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  44.1 
 
 		 405 aa  342  7e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  43.15 
 
 		 424 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  43.41 
 
 		 412 aa  342  9e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  42.42 
 
 		 420 aa  338  8e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  43.47 
 
 		 422 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  44.53 
 
 		 426 aa  331  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  43.53 
 
 		 429 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  43.89 
 
 		 428 aa  328  1.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  43.86 
 
 		 427 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  44.24 
 
 		 429 aa  323  4e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  44.24 
 
 		 429 aa  323  4e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  44.24 
 
 		 429 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  41.67 
 
 		 416 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  42.86 
 
 		 427 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  42.61 
 
 		 421 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  42.08 
 
 		 422 aa  317  2e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.43 
 
 		 421 aa  316  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  42.79 
 
 		 418 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  42.65 
 
 		 416 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  43.18 
 
 		 418 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  44.75 
 
 		 429 aa  310  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  41.15 
 
 		 433 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  41.69 
 
 		 429 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  41.45 
 
 		 433 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  40.23 
 
 		 433 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  41.35 
 
 		 421 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  41.01 
 
 		 421 aa  295  1e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  40.37 
 
 		 433 aa  293  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  40.62 
 
 		 412 aa  290  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  39.63 
 
 		 426 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  39.12 
 
 		 427 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  41.01 
 
 		 424 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  38.85 
 
 		 431 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  41.26 
 
 		 410 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  38.8 
 
 		 413 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  39.08 
 
 		 431 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  38.15 
 
 		 411 aa  281  2e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  41.09 
 
 		 410 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  39.34 
 
 		 430 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  40.35 
 
 		 417 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  40.35 
 
 		 410 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  38.95 
 
 		 420 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  40.19 
 
 		 409 aa  273  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  38.81 
 
 		 417 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  37.73 
 
 		 439 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  38.57 
 
 		 417 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  38.34 
 
 		 418 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  38 
 
 		 420 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  39.49 
 
 		 409 aa  266  5e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  38.1 
 
 		 417 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  38 
 
 		 417 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  39.11 
 
 		 440 aa  259  8e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  39.42 
 
 		 408 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  39.71 
 
 		 416 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  38.41 
 
 		 440 aa  254  3e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  38.42 
 
 		 402 aa  253  4.0000000000000004e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  37.96 
 
 		 427 aa  252  7e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  38.88 
 
 		 423 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  38.63 
 
 		 423 aa  249  5e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  38.42 
 
 		 421 aa  249  7e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  36.45 
 
 		 408 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  37.21 
 
 		 441 aa  249  8e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  38.19 
 
 		 421 aa  248  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>