More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3568 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3568  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  608  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000217515  normal  0.28284 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3934  LysR family transcriptional regulator  95.3 
 
 
313 aa  567  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.000018681  normal  0.0208763 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1900  LysR family transcriptional regulator  95.3 
 
 
301 aa  569  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000662496  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3224  LysR family transcriptional regulator  86.67 
 
 
306 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.00000000148321  normal  0.133263 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 
319 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
305 aa  154  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 
297 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1337  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
297 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  31.27 
 
 
307 aa  149  5e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
294 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  36.93 
 
 
317 aa  148  9e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0554  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0255315  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 
317 aa  145  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3361  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 
312 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.955701  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 
300 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0065  transcription regulator protein  33.33 
 
 
312 aa  144  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3684  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
312 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
294 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3066  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
313 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
294 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
294 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3498  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
298 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00180927  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
296 aa  143  3e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1180  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
326 aa  143  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0463  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 
300 aa  142  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.417526 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
299 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
299 aa  142  6e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
311 aa  142  7e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 
299 aa  142  8e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0157  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
304 aa  142  8e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0873  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.155303  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 
300 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1149  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 
305 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.181713  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4164  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
310 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
294 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 
297 aa  138  8.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  36 
 
 
290 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
298 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 
307 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
298 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3009  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
309 aa  138  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 
302 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 
298 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 
298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 
299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0588  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480431  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0461  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
297 aa  136  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 
304 aa  136  5e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6245  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
294 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0747669 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
301 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  29.51 
 
 
302 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0830  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 
302 aa  135  7.000000000000001e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.588944  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
296 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1996  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
327 aa  135  8e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0901826  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 
304 aa  135  9e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 
298 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0873  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
320 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.493245  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3413  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 
303 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0275  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
320 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0423323  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4011  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
299 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2896  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.637701  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0915  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30.51 
 
 
311 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3081  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.666211  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1155  LysR substrate binding domain-containing protein  32.54 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.947085  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0995  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0291336  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3570  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5625  LysR family transcriptional regulator  32.72 
 
 
335 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  31.58 
 
 
309 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
306 aa  133  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
305 aa  133  3e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
299 aa  133  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
290 aa  133  3e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 
299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0796  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 
297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.71393  normal  0.226642 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0797  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
308 aa  132  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.433602  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
306 aa  133  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
312 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 
299 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1399  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 
296 aa  132  7.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5691  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
308 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.536168 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 
306 aa  132  9e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0799  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
320 aa  132  9e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 
320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1818  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1339  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.150488 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>