88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3557 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3557  phosphoglycerate mutase  100 
 
 		 236 aa  478  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.370519  normal  0.395273 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3923  phosphoglycerate mutase  93.22 
 
 		 236 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.807091  normal  0.0493015 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1912  phosphoglycerate mutase  91.95 
 
 		 288 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.210112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3212  phosphoglycerate mutase  86.44 
 
 		 236 aa  421  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3115  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  69.07 
 
 		 236 aa  346  1e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.217101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2531  phosphoglycerate mutase  67.8 
 
 		 232 aa  332  3e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.186608  normal  0.226457 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40850  hypothetical protein  61.44 
 
 		 236 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2459  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  62.71 
 
 		 236 aa  309  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00611929  normal  0.037414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3465  hypothetical protein  61.02 
 
 		 236 aa  305  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.940841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2726  hypothetical protein  61.44 
 
 		 236 aa  304  9.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27570  fructose-2,6-bisphosphatase  54.04 
 
 		 238 aa  251  6e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1922  phosphoglycerate mutase  37.24 
 
 		 236 aa  158  7e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.165977  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5438  Phosphoglycerate mutase  39.33 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0736619 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0633  phosphoglycerate mutase  32.91 
 
 		 234 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2516  phosphoglycerate mutase  35.65 
 
 		 234 aa  125  5e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5077  phosphoglycerate mutase  36.86 
 
 		 236 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3039  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  37.45 
 
 		 224 aa  125  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.192648  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4339  phosphoglycerate mutase  37.02 
 
 		 224 aa  124  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3217  phosphoglycerate mutase  37.29 
 
 		 224 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2217  phosphoglycerate mutase  33.48 
 
 		 235 aa  122  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5020  phosphoglycerate mutase  36.17 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.706116  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5840  phosphoglycerate mutase  36.17 
 
 		 224 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2201  phosphoglycerate mutase  33.47 
 
 		 229 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.295745  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5275  phosphoglycerate mutase  36.44 
 
 		 236 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4560  phosphoglycerate mutase  34.57 
 
 		 223 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3851  phosphoglycerate mutase  33.77 
 
 		 223 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3124  Phosphoglycerate mutase  33.77 
 
 		 223 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4443  phosphoglycerate mutase  33.47 
 
 		 224 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.769879 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0470  phosphoglycerate mutase  33.61 
 
 		 244 aa  112  3e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5047  phosphoglycerate mutase  36.13 
 
 		 225 aa  111  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0591  phosphoglycerate mutase  33.19 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3732  phosphoglycerate mutase  32.49 
 
 		 222 aa  110  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0396  phosphoglycerate mutase  33.61 
 
 		 222 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.240142 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1187  phosphoglycerate mutase  29.37 
 
 		 250 aa  108  6e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.115538  normal  0.139993 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0365  phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 		 224 aa  108  8.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3636  Phosphoglycerate mutase  36.36 
 
 		 224 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0522  phosphoglycerate mutase family protein  33.9 
 
 		 229 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.848966  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4713  Phosphoglycerate mutase  36.36 
 
 		 224 aa  108  9.000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119868  decreased coverage  0.00406557 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0945  phosphoglycerate mutase family protein  33.47 
 
 		 229 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3612  phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  31.76 
 
 		 224 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40878  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2514  phosphoglycerate mutase family protein  33.47 
 
 		 229 aa  106  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0407111  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0244  phosphoglycerate mutase family protein  33.47 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1624  phosphoglycerate mutase family protein  33.47 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0280  phosphoglycerate mutase family protein  33.47 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.852489  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2652  phosphoglycerate mutase family protein  33.47 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1427  phosphoglycerate mutase family protein  33.47 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13480  fructose-2,6-bisphosphatase  33.05 
 
 		 220 aa  105  9e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3912  putative phosphoglycerate / bisphosphoglycerate mutase  30.58 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.554732  normal  0.639977 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1791  Phosphoglycerate mutase  31.65 
 
 		 224 aa  102  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2072  phosphoglycerate mutase  28.74 
 
 		 244 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4246  phosphoglycerate mutase  28.93 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01060  Phosphoglycerate/bisphosphoglycerate mutase  31.74 
 
 		 222 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1811  phosphoglycerate mutase  32.5 
 
 		 225 aa  100  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2859  phosphoglycerate mutase  29.79 
 
 		 224 aa  99  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1584  Phosphoglycerate mutase  34.75 
 
 		 211 aa  90.9  2e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0147945 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0109  phosphoglycerate mutase  27.19 
 
 		 218 aa  73.9  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4516  Phosphoglycerate mutase  28.51 
 
 		 231 aa  71.2  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5604  phosphoglycerate mutase  29.33 
 
 		 202 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.335394  normal  0.959562 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5058  phosphoglycerate mutase  29.02 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.639819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4970  phosphoglycerate mutase  29.02 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5351  phosphoglycerate mutase  29.02 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1599  phosphoglycerate mutase  28.4 
 
 		 223 aa  53.5  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3445  phosphoglycerate mutase  27.57 
 
 		 223 aa  51.6  0.000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0141958 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1203  phosphoglycerate mutase  27.23 
 
 		 203 aa  49.3  0.00005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3372  phosphoglyceromutase  27.27 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1615  phosphoglycerate mutase  25.32 
 
 		 237 aa  48.1  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.979507  normal  0.794966 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2787  Phosphoglycerate mutase  25.76 
 
 		 220 aa  47.4  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3578  Phosphoglycerate mutase  28.33 
 
 		 225 aa  46.2  0.0004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100767 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2067  phosphoglyceromutase  38.89 
 
 		 208 aa  46.2  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.91358  hitchhiker  0.00883059 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0235  phosphoglyceromutase  26.32 
 
 		 211 aa  45.8  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3207  phosphoglycerate mutase  25.21 
 
 		 231 aa  44.7  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.155022  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4126  phosphoglyceromutase  25.6 
 
 		 211 aa  44.7  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0444  phosphoglyceromutase  38.89 
 
 		 208 aa  45.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.114535  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1900  phosphoglycerate mutase  22.17 
 
 		 188 aa  43.9  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1250  phosphoglycerate mutase  24.67 
 
 		 209 aa  43.9  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000119558  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0808  Phosphoglycerate mutase  43.06 
 
 		 214 aa  43.5  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0275634 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0267  Phosphoglycerate mutase  25.7 
 
 		 232 aa  43.5  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0998048 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1022  phosphoglycerate mutase  22.49 
 
 		 231 aa  43.1  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4440  phosphoglyceromutase  25.6 
 
 		 211 aa  42.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.846173 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0371  phosphoglycerate mutase family protein  25.76 
 
 		 224 aa  43.1  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3133  phosphoglyceromutase  33.33 
 
 		 228 aa  42.7  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.121125  normal  0.825822 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3949  Phosphoglycerate mutase  36.19 
 
 		 232 aa  42.7  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00773926  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2062  phosphoglycerate mutase  28.05 
 
 		 229 aa  42.7  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.792733 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0074  Phosphoglycerate mutase  25.23 
 
 		 210 aa  42.4  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.107325  normal  0.82394 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0619  phosphoglycerate mutase family protein  29.02 
 
 		 224 aa  42.4  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0122  phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 		 237 aa  41.6  0.01  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0234  Phosphoglycerate mutase  36.04 
 
 		 181 aa  41.6  0.01  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.953882 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2680  phosphoglycerate mutase 1 family  34.83 
 
 		 213 aa  41.6  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>