More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3556 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3922  putative periplasmic protease  97.35 
 
 		 339 aa  669    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113918  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3211  putative periplasmic protease  96.46 
 
 		 339 aa  665    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.888582  normal  0.61318 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1913  putative periplasmic protease  97.64 
 
 		 339 aa  670    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.786378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3556  putative periplasmic protease  100 
 
 		 339 aa  686    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.132568  normal  0.518214 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3114  putative periplasmic protease  83.19 
 
 		 340 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0953569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2460  putative periplasmic protease  79.35 
 
 		 340 aa  530  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0165849  hitchhiker  0.0077968 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2728  peptidase, U7 family  79.35 
 
 		 340 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40840  putative periplasmic protease  72.11 
 
 		 341 aa  471  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3463  putative periplasmic protease  72.11 
 
 		 341 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145757  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27550  putative periplasmic protease  70.5 
 
 		 342 aa  469  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2530  putative periplasmic protease  73.45 
 
 		 339 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.581434  normal  0.322286 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2016  putative periplasmic protease  52.78 
 
 		 365 aa  377  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000438973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1530  putative periplasmic protease  52.71 
 
 		 353 aa  362  4e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.00000285162  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2119  putative periplasmic protease  55.42 
 
 		 337 aa  349  4e-95  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000182338  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1707  putative periplasmic protease  51.01 
 
 		 347 aa  345  4e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.122025 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1161  putative periplasmic protease  51.02 
 
 		 353 aa  344  1e-93  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1193  putative periplasmic protease  52.66 
 
 		 349 aa  339  5e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1605  putative periplasmic protease  51.37 
 
 		 334 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.741471  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1530  putative periplasmic protease  54.15 
 
 		 338 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000234628  unclonable  0.0000000000765641 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2570  putative periplasmic protease  50 
 
 		 336 aa  335  5e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01896  putative periplasmic protease  51.19 
 
 		 340 aa  333  2e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000105224  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2013  putative periplasmic protease  50.14 
 
 		 348 aa  332  4e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0439516  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1972  putative periplasmic protease  50.44 
 
 		 349 aa  332  7.000000000000001e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.114164  normal  0.766223 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2903  putative periplasmic protease  49.25 
 
 		 343 aa  331  9e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000180746  normal  0.0386673 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1726  putative periplasmic protease  52.55 
 
 		 338 aa  331  1e-89  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0461  putative periplasmic protease  52.25 
 
 		 338 aa  330  3e-89  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1470  putative periplasmic protease  53.54 
 
 		 338 aa  328  8e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000101356  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2314  putative periplasmic protease  51.01 
 
 		 348 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2471  putative periplasmic protease  49.39 
 
 		 337 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000173214  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1694  putative periplasmic protease  50.91 
 
 		 343 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0077753  normal  0.738833 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2306  putative periplasmic protease  51.01 
 
 		 348 aa  327  2.0000000000000001e-88  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2659  putative periplasmic protease  51.31 
 
 		 348 aa  327  2.0000000000000001e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0477819  unclonable  0.0000000288065 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2036  putative periplasmic protease  51.01 
 
 		 348 aa  327  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.210716  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1925  putative periplasmic protease  51.01 
 
 		 348 aa  327  2.0000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0571162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003018  SohB protein peptidase U7 family  50.72 
 
 		 353 aa  326  3e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000939  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2394  putative periplasmic protease  53.54 
 
 		 338 aa  325  6e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.00000000216852  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2933  putative periplasmic protease  53.85 
 
 		 338 aa  325  9e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2692  putative periplasmic protease  53.99 
 
 		 338 aa  324  1e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000260799  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1536  putative periplasmic protease  53.54 
 
 		 338 aa  323  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000229962  unclonable  0.0000262337 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1651  putative periplasmic protease  52.92 
 
 		 342 aa  323  4e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000359076  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1759  peptidase S49  49.57 
 
 		 356 aa  322  5e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.257491  normal  0.0518499 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1381  putative periplasmic protease  51.45 
 
 		 349 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2356  putative periplasmic protease  51.45 
 
 		 349 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.203735  hitchhiker  0.000000387336 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0578  putative periplasmic protease  52.15 
 
 		 353 aa  320  1.9999999999999998e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000048636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1904  putative periplasmic protease  51.45 
 
 		 349 aa  320  3e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000180069 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01248  predicted inner membrane peptidase  51.45 
 
 		 349 aa  319  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.57179  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2377  Peptidase S49 domain protein  51.45 
 
 		 349 aa  319  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00026529  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1202  putative periplasmic protease  53.95 
 
 		 324 aa  319  3.9999999999999996e-86  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.184937  normal  0.0260504 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1859  putative periplasmic protease  51.45 
 
 		 349 aa  319  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000140347 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2181  putative periplasmic protease  48.08 
 
 		 344 aa  319  5e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1471  putative periplasmic protease  51.16 
 
 		 349 aa  318  9e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.251936  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1674  putative periplasmic protease  55.94 
 
 		 330 aa  317  1e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000678362  hitchhiker  0.00314277 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2790  putative periplasmic protease  52.92 
 
 		 338 aa  315  5e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000021118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2407  putative periplasmic protease  52.45 
 
 		 343 aa  315  6e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000170796  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02863  putative periplasmic protease  51.16 
 
 		 353 aa  315  8e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1926  putative periplasmic protease  48.41 
 
 		 348 aa  314  9.999999999999999e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0843  putative periplasmic protease  48.78 
 
 		 325 aa  314  9.999999999999999e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2198  putative periplasmic protease  51.45 
 
 		 347 aa  314  9.999999999999999e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0841  putative periplasmic protease  52.46 
 
 		 347 aa  313  1.9999999999999998e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0227554  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2166  putative periplasmic protease  49.57 
 
 		 348 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0622193  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2713  putative periplasmic protease  52.62 
 
 		 338 aa  312  3.9999999999999997e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000822492  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1496  putative periplasmic protease  50.87 
 
 		 349 aa  312  4.999999999999999e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0102  putative periplasmic protease  50.74 
 
 		 335 aa  310  2.9999999999999997e-83  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1430  putative periplasmic protease  50 
 
 		 348 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.28088  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1906  putative periplasmic protease  50 
 
 		 348 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000137079 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1848  putative periplasmic protease  50 
 
 		 348 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.805473  normal  0.10396 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1612  putative periplasmic protease  50 
 
 		 348 aa  308  8e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000117623 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1184  putative periplasmic protease  53.27 
 
 		 326 aa  308  1.0000000000000001e-82  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.084263  normal  0.0267663 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1938  putative periplasmic protease  53.5 
 
 		 349 aa  306  3e-82  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1843  putative periplasmic protease  49.71 
 
 		 348 aa  306  4.0000000000000004e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000005383 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1088  putative periplasmic protease  49.26 
 
 		 334 aa  299  5e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0973  putative periplasmic protease  49.26 
 
 		 334 aa  299  5e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0992  putative periplasmic protease  53.55 
 
 		 332 aa  297  2e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0462132  unclonable  0.000000000696502 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0917  putative periplasmic protease  53.44 
 
 		 312 aa  293  3e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1897  Peptidase S49 domain protein  49.7 
 
 		 347 aa  293  3e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0886  putative periplasmic protease  53.44 
 
 		 312 aa  291  8e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2629  putative periplasmic protease  47.35 
 
 		 333 aa  290  2e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.751964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0332  putative periplasmic protease  48.86 
 
 		 332 aa  288  6e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_5654  predicted protein  55.88 
 
 		 234 aa  210  3e-53  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.221345  normal  0.32323 
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_4014  predicted protein  48.84 
 
 		 216 aa  197  2.0000000000000003e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.545391  n/a   
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_5396  predicted protein  43.03 
 
 		 165 aa  129  5.0000000000000004e-29  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.751288  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0560  signal peptide peptidase SppA, 67K type  36.46 
 
 		 596 aa  97.4  3e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.789825 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0963  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.77 
 
 		 547 aa  94.7  2e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2235  protease IV  32.51 
 
 		 633 aa  92.4  1e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0306  signal peptide peptidase SppA  33.33 
 
 		 609 aa  91.7  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.0000532675  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0806  signal peptide peptidase SppA, 36K type  38.99 
 
 		 651 aa  91.3  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0494755  normal  0.0402011 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2145  signal peptide peptidase SppA, 67K type  32.51 
 
 		 633 aa  91.7  2e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0639  signal peptide peptidase SppA, 67K type  33.51 
 
 		 595 aa  90.5  3e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.352059 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1223  signal peptide peptidase SppA, 67K type  29.01 
 
 		 590 aa  88.6  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  unclonable  0.000000375913  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4597  signal peptide peptidase SppA  32.82 
 
 		 611 aa  88.6  1e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.129173  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0510  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.18 
 
 		 596 aa  87.4  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0725  signal peptide peptidase SppA, 36K type  31.95 
 
 		 335 aa  87  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0670  signal peptide peptidase SppA, 36K type  32.24 
 
 		 597 aa  85.5  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3877  signal peptide peptidase SppA, 67K type  31.09 
 
 		 656 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.725611  normal  0.0235537 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1198  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33.5 
 
 		 834 aa  84.7  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00860  ClpP class periplasmic serine protease  31.96 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0974  peptidase S49  31.84 
 
 		 364 aa  84.3  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0652949 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13521  signal peptide peptidase SppA (protease IV)  32.53 
 
 		 269 aa  83.6  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.737429  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1267  signal peptide peptidase SppA, 36K type  33 
 
 		 834 aa  83.2  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0909  peptidase S49  31.34 
 
 		 364 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0531296 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>