More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3519 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  72.7 
 
 		 710 aa  1013    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  50.86 
 
 		 726 aa  665    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  54.25 
 
 		 742 aa  716    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  56.31 
 
 		 694 aa  765    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  73.73 
 
 		 706 aa  1027    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 681 aa  1395    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  42.53 
 
 		 709 aa  515  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  41.78 
 
 		 720 aa  512  1e-143  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  41.61 
 
 		 715 aa  492  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  40.77 
 
 		 728 aa  481  1e-134  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  41.18 
 
 		 721 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  41.32 
 
 		 706 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  41.03 
 
 		 706 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  41.18 
 
 		 706 aa  465  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  41.03 
 
 		 706 aa  463  1e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  39.57 
 
 		 700 aa  457  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  39.57 
 
 		 700 aa  457  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  40.56 
 
 		 731 aa  456  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  38.58 
 
 		 700 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  38.9 
 
 		 700 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  38.58 
 
 		 700 aa  453  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  38.58 
 
 		 700 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  38.44 
 
 		 700 aa  451  1e-125  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  40.75 
 
 		 705 aa  452  1e-125  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  38.99 
 
 		 700 aa  449  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  39.43 
 
 		 736 aa  448  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  38.99 
 
 		 700 aa  449  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  39.73 
 
 		 712 aa  431  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  37.59 
 
 		 706 aa  429  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  37.93 
 
 		 743 aa  413  1e-114  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  37.32 
 
 		 697 aa  399  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  38.97 
 
 		 723 aa  393  1e-108  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  35.34 
 
 		 701 aa  387  1e-106  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  36.65 
 
 		 723 aa  381  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  32.22 
 
 		 675 aa  318  2e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  30.35 
 
 		 688 aa  306  6e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  30.97 
 
 		 705 aa  288  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  32.6 
 
 		 678 aa  279  1e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  29.94 
 
 		 691 aa  234  5e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  29.72 
 
 		 680 aa  205  3e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  24.84 
 
 		 734 aa  162  2e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  25.04 
 
 		 742 aa  162  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  23.98 
 
 		 736 aa  157  7e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  25.16 
 
 		 726 aa  156  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  26.09 
 
 		 703 aa  141  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  24.3 
 
 		 727 aa  136  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  24.26 
 
 		 770 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 737 aa  131  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  22.81 
 
 		 762 aa  126  2e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  24.21 
 
 		 700 aa  121  4.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0423  TonB-dependent receptor  22.63 
 
 		 696 aa  119  1.9999999999999998e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  25.25 
 
 		 682 aa  119  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  22.41 
 
 		 780 aa  115  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1994  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 698 aa  114  5e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0279  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 730 aa  111  5e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.874959  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  24.12 
 
 		 688 aa  110  7.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 681 aa  104  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  23.31 
 
 		 776 aa  103  9e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2993  TonB-dependent receptor  22.99 
 
 		 705 aa  103  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.162079  normal  0.156503 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  24.71 
 
 		 681 aa  103  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 777 aa  103  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  23.39 
 
 		 776 aa  102  2e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  23.75 
 
 		 777 aa  103  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 680 aa  102  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  21.4 
 
 		 702 aa  103  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 777 aa  102  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  24.43 
 
 		 739 aa  101  4e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0836  TonB-dependent receptor for iron transport  24.78 
 
 		 683 aa  101  4e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0639266  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0781  TonB-dependent receptor  22.36 
 
 		 757 aa  101  5e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.877086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  22.85 
 
 		 716 aa  99.8  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0747  TonB-dependent receptor  24.08 
 
 		 683 aa  99.8  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.582563  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  23.87 
 
 		 690 aa  99  3e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1377  TonB-dependent receptor  23.22 
 
 		 713 aa  97.8  6e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.632054  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0485  TonB-dependent receptor  22.64 
 
 		 702 aa  96.7  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.517963  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  23.92 
 
 		 678 aa  96.7  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  28.4 
 
 		 701 aa  96.3  2e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 688 aa  95.1  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  25.67 
 
 		 627 aa  95.5  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  22.71 
 
 		 717 aa  94.7  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2804  outer membrane receptor protein  25.6 
 
 		 692 aa  94.4  6e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0815  TonB-dependent receptor domain-containing protein  24.53 
 
 		 653 aa  94.4  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  23.67 
 
 		 774 aa  94  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  27.34 
 
 		 673 aa  93.6  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  25.85 
 
 		 703 aa  93.6  1e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0121  TonB-dependent receptor  23.05 
 
 		 681 aa  93.2  1e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.138382 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  22.12 
 
 		 715 aa  93.2  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3269  TonB-dependent receptor  22.81 
 
 		 688 aa  92.4  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.35442 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  23.82 
 
 		 788 aa  92.4  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2625  TonB-dependent receptor  25.07 
 
 		 657 aa  91.3  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.980205  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4090  TonB-dependent receptor  22.29 
 
 		 705 aa  90.1  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2688  TonB-dependent receptor  24.68 
 
 		 720 aa  90.1  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1280  TonB-dependent siderophore receptor  24.56 
 
 		 731 aa  90.1  1e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0800812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0454  TonB-dependent outer membrane receptor for cobalamin and Fe transport  24.23 
 
 		 646 aa  88.6  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000108252  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2453  TonB-dependent siderophore receptor  24.89 
 
 		 720 aa  88.2  4e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.591762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  24.72 
 
 		 634 aa  87.8  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3302  TonB-dependent siderophore receptor  23.93 
 
 		 653 aa  87.8  6e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00384842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  24.06 
 
 		 698 aa  87.4  8e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0864  TonB-dependent receptor  27.54 
 
 		 760 aa  87.4  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  22.37 
 
 		 700 aa  87.4  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3267  putative outer membrane receptor for iron transport  22.71 
 
 		 712 aa  87  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.598995  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>