More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3358 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3327  TonB-dependent siderophore receptor  48.5 
 
 		 804 aa  700    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.218834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0629  putative ferric siderophore receptor protein  52.33 
 
 		 700 aa  661    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.466758  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00871  ferric siderophore receptor protein  54.81 
 
 		 746 aa  806    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.619675  normal  0.877748 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3358  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 808 aa  1632    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.260724  normal  0.726447 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3686  TonB-dependent siderophore receptor  58.81 
 
 		 754 aa  800    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1110  TonB-dependent siderophore receptor  54.83 
 
 		 768 aa  745    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4406  TonB-dependent siderophore receptor  50.15 
 
 		 709 aa  654    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.684267  normal  0.0387925 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4497  ferric siderophore receptor protein (TonB-dependent siderophore receptor)  56.64 
 
 		 744 aa  787    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504252  normal  0.0702404 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3374  putative tonB-dependent receptor protein  44.05 
 
 		 804 aa  627  1e-178  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.128787  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39820  putative tonB-dependent receptor protein  44.99 
 
 		 804 aa  622  1e-177  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4079  TonB-dependent siderophore receptor  47.9 
 
 		 729 aa  611  1e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.502501  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3905  TonB-dependent siderophore receptor  47.75 
 
 		 731 aa  611  1e-173  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4496  ferric siderophore receptor protein  41.21 
 
 		 804 aa  580  1e-164  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.131724 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5451  TonB-dependent siderophore receptor  43.7 
 
 		 823 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2582  TonB-dependent siderophore receptor  40.65 
 
 		 802 aa  551  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.431715  normal  0.0101305 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2339  TonB-dependent siderophore receptor  40.64 
 
 		 800 aa  552  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3575  TonB-dependent siderophore receptor  40.15 
 
 		 801 aa  546  1e-154  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2196  TonB-dependent siderophore receptor  40.15 
 
 		 801 aa  545  1e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.614035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2781  TonB-dependent siderophore receptor  41 
 
 		 805 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.150566  normal  0.217763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3084  TonB-dependent siderophore receptor  41 
 
 		 819 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2590  outer membrane ferric siderophore receptor  42.75 
 
 		 771 aa  537  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.238925 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2129  TonB-dependent siderophore receptor  42.51 
 
 		 722 aa  517  1.0000000000000001e-145  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.759874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2123  TonB-dependent siderophore receptor  42.98 
 
 		 725 aa  513  1e-144  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3798  TonB-dependent siderophore receptor  38.66 
 
 		 809 aa  514  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2237  TonB-dependent siderophore receptor  42.33 
 
 		 777 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0972  TonB-dependent siderophore receptor  43.01 
 
 		 762 aa  501  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.804591  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2064  TonB-dependent siderophore receptor  40.79 
 
 		 734 aa  494  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000430928 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2858  TonB-dependent siderophore receptor  41.39 
 
 		 756 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.578501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6957  TonB-dependent siderophore receptor  43.9 
 
 		 749 aa  489  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1003  TonB-dependent siderophore receptor  43.61 
 
 		 758 aa  491  1e-137  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2049  TonB-dependent siderophore receptor  40.06 
 
 		 764 aa  478  1e-133  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.379645  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1625  TonB-dependent siderophore receptor  39.89 
 
 		 746 aa  475  1e-132  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.930758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3527  TonB-dependent siderophore receptor  40.21 
 
 		 761 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.650234 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3757  TonB-dependent siderophore receptor  38.7 
 
 		 851 aa  473  1e-132  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0566087 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4052  TonB-dependent siderophore receptor  38.55 
 
 		 839 aa  474  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2186  TonB-dependent siderophore receptor  39.79 
 
 		 772 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5891  TonB-dependent siderophore receptor  39.79 
 
 		 772 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4013  TonB-dependent siderophore receptor  38.58 
 
 		 879 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.302904 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3462  TonB-dependent siderophore receptor  37.57 
 
 		 728 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3243  TonB-dependent siderophore receptor  37.5 
 
 		 728 aa  465  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.181533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5515  TonB-dependent siderophore receptor  39.79 
 
 		 726 aa  464  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4403  TonB-dependent siderophore receptor  41.48 
 
 		 773 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.109366 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3719  TonB-dependent siderophore receptor  40.21 
 
 		 753 aa  465  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525992  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02105  hypothetical protein  39.12 
 
 		 730 aa  460  9.999999999999999e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3800  TonB-dependent siderophore receptor  39.62 
 
 		 712 aa  458  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.647138 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1088  TonB-dependent siderophore receptor  38.65 
 
 		 737 aa  451  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1878  TonB-dependent siderophore receptor  39.56 
 
 		 722 aa  451  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3084  TonB-dependent siderophore receptor  39.88 
 
 		 764 aa  443  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159276  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1108  TonB-dependent siderophore receptor  37.63 
 
 		 761 aa  446  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.441045 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1736  TonB-dependent receptor protein  38.48 
 
 		 737 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00567556  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2620  TonB-dependent siderophore receptor  39.53 
 
 		 770 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.526793  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2294  TonB-dependent siderophore receptor  39.85 
 
 		 773 aa  437  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1714  TonB-dependent siderophore receptor  35.02 
 
 		 729 aa  438  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.666149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2266  TonB-dependent siderophore receptor  37.98 
 
 		 724 aa  434  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.238084  normal  0.145177 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1500  TonB-dependent siderophore receptor  35.83 
 
 		 755 aa  429  1e-119  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000356406  normal  0.318798 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1656  ferrichrome receptor FcuA  36.81 
 
 		 720 aa  414  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000210688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2373  ferrichrome receptor FcuA  36.71 
 
 		 763 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000216306  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2469  TonB-dependent siderophore receptor  36.71 
 
 		 768 aa  414  1e-114  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000279609  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3007  TonB-dependent siderophore receptor  37.11 
 
 		 730 aa  409  1e-113  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.796938 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0434  TonB-dependent siderophore receptor  36.36 
 
 		 753 aa  412  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2068  TonB-dependent siderophore receptor  36.49 
 
 		 729 aa  402  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.839532  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2669  putative ferric siderophore receptor protein precursor  37.34 
 
 		 742 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.765579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0825  TonB-dependent siderophore receptor  35.82 
 
 		 759 aa  395  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000404003  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1058  TonB-dependent siderophore receptor  33.62 
 
 		 728 aa  355  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0962342  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3864  TonB-dependent siderophore receptor  27.72 
 
 		 811 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.952597 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4128  TonB-dependent siderophore receptor  27.4 
 
 		 811 aa  266  8.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0715  TonB-dependent siderophore receptor  29 
 
 		 698 aa  250  7e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.133381 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1104  TonB-dependent siderophore receptor  30.87 
 
 		 728 aa  248  3e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0413225  normal  0.151659 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30860  TonB-dependent siderophore receptor  29.33 
 
 		 710 aa  226  1e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.950998  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6693  TonB-dependent siderophore receptor  28.3 
 
 		 726 aa  226  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.907714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4079  TonB-dependent siderophore receptor  27.97 
 
 		 727 aa  217  7e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3225  TonB-dependent siderophore receptor  27.29 
 
 		 715 aa  215  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.251172  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0531  TonB-dependent siderophore receptor  27.89 
 
 		 727 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.45334 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5420  TonB-dependent siderophore receptor  29.01 
 
 		 743 aa  211  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00589363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3576  TonB-dependent siderophore receptor  29.64 
 
 		 743 aa  211  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0391438 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1847  TonB-dependent siderophore receptor  28.24 
 
 		 729 aa  210  7e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.343723  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0800  putative ferrisiderophore receptor signal peptide protein  28.21 
 
 		 705 aa  209  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0746  TonB-dependent siderophore receptor  27.65 
 
 		 774 aa  207  8e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612883  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26410  TonB-dependent siderophore receptor  27.71 
 
 		 742 aa  205  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3864  TonB-dependent siderophore receptor  27.43 
 
 		 710 aa  204  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0182976  normal  0.0196444 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0747  TonB-dependent siderophore receptor  28.35 
 
 		 702 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.429786 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5036  TonB-dependent siderophore receptor  29.08 
 
 		 751 aa  201  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.549683 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3674  TonB-dependent siderophore receptor  28.09 
 
 		 743 aa  201  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4689  TonB-dependent siderophore receptor  28.09 
 
 		 743 aa  201  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.141202  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2436  TonB-dependent siderophore receptor  27.88 
 
 		 743 aa  200  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.849974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3848  TonB-dependent siderophore receptor  27.93 
 
 		 743 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.617009 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0817  TonB-dependent siderophore receptor  27.8 
 
 		 702 aa  199  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.682704 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0859  TonB-dependent siderophore receptor  25.97 
 
 		 716 aa  198  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308459  normal  0.654986 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3769  TonB-dependent siderophore receptor  27.39 
 
 		 724 aa  194  5e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.503702  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1424  TonB-dependent siderophore receptor  27.61 
 
 		 710 aa  194  8e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.550485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1460  TonB-dependent siderophore receptor  27.62 
 
 		 712 aa  193  9e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0192209  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1610  TonB-dependent siderophore receptor, putative  27.81 
 
 		 724 aa  192  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317263  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3322  TonB-dependent siderophore receptor  27.82 
 
 		 828 aa  190  8e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3385  TonB-dependent siderophore receptor  27.72 
 
 		 730 aa  190  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3471  TonB-dependent siderophore receptor  26.93 
 
 		 728 aa  189  1e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1183  TonB-dependent siderophore receptor  26.81 
 
 		 757 aa  181  4e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1993  TonB-dependent siderophore receptor  26.36 
 
 		 719 aa  180  1e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.811377  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3029  TonB-dependent siderophore receptor  27.39 
 
 		 718 aa  179  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0366  TonB-dependent siderophore receptor  28.78 
 
 		 750 aa  176  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.167728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1289  TonB-dependent receptor domain-containing protein  27.35 
 
 		 727 aa  176  9.999999999999999e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00967025  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>