95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3346 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3346  hypothetical protein  100 
 
 
354 aa  717    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3347  hypothetical protein  64.37 
 
 
352 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3983  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.8 
 
 
354 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.502517  normal  0.156548 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2602  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.09 
 
 
358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2606  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.22 
 
 
348 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.35467  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3536  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.22 
 
 
354 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0480036  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3987  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.22 
 
 
348 aa  301  9e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.106064 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3532  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  48.22 
 
 
348 aa  301  9e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.304569  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3989  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.96 
 
 
358 aa  298  1e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.104406 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3530  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  46.67 
 
 
358 aa  296  5e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.033604  normal  0.927318 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2608  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.69 
 
 
358 aa  293  2e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300884  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7180  desulfurizing enzyme  43.31 
 
 
344 aa  293  3e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.857064  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2525  hypothetical protein  43.95 
 
 
360 aa  279  5e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1550  hypothetical protein  44.08 
 
 
347 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00115977  normal  0.0339055 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5654  hypothetical protein  41.12 
 
 
346 aa  268  1e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.235146  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5652  hypothetical protein  42.57 
 
 
344 aa  258  8e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.34266  normal  0.777199 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0147  putative desulfurizing enzyme  41.18 
 
 
354 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.975202  normal  0.633025 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1546  hypothetical protein  37.84 
 
 
355 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.062934 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7801  hypothetical protein  39.1 
 
 
368 aa  216  4e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3341  hypothetical protein  39.4 
 
 
353 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3816  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  39.82 
 
 
344 aa  198  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.442978 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1565  monooxygenase, putative  36.81 
 
 
352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.519738  hitchhiker  0.000170358 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1391  hypothetical protein  30.86 
 
 
319 aa  157  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000110401  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1041  desulfurizing enzyme  33.7 
 
 
302 aa  101  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.460145 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3874  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.15 
 
 
343 aa  79.3  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1433  putative sulfate ester transporter, periplasmic binding component  25.07 
 
 
381 aa  58.2  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.748329  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4330  NMT1/THI5 like domain protein  24.85 
 
 
335 aa  57.4  0.0000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.688917  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0145  NMT1/THI5 like domain protein  25.15 
 
 
335 aa  56.2  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0267  sulfate ester transport system substrate-binding protein  25.71 
 
 
353 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173265  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02360  putative binding protein component of ABC transporter  25.71 
 
 
353 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000681113  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3886  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  21.86 
 
 
374 aa  54.3  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0211  sulfate ester transport system substrate-binding protein  23.67 
 
 
337 aa  53.9  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.887162  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4066  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  23.83 
 
 
356 aa  53.1  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.559001 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5004  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.03 
 
 
347 aa  52.4  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1833  putative sulfate ester transporter, periplasmic binding component  24.2 
 
 
376 aa  52.4  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.97335  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4880  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  23.46 
 
 
330 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.184039  normal  0.779449 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1032  putative aliphatic sulfonate binding protein precursor  21.67 
 
 
327 aa  52  0.00001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2205  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  20.85 
 
 
332 aa  52  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.142056  normal  0.465742 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0134  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  40 
 
 
366 aa  51.6  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0147618  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2623  putative sulfate ester transporter, periplasmic binding component  22.92 
 
 
364 aa  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1469  aliphatic compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.14 
 
 
328 aa  50.8  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2848  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  26.72 
 
 
350 aa  50.4  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.503074  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0114  sulfonate binding protein  25.12 
 
 
331 aa  50.1  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.802065  hitchhiker  0.00280198 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1152  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  24.07 
 
 
326 aa  49.7  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107849  normal  0.542589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0232  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.03 
 
 
345 aa  49.7  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0520  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  20.38 
 
 
323 aa  49.3  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1354  putative sulfate ester transporter, periplasmic binding component  23.1 
 
 
360 aa  49.3  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5629  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.69 
 
 
326 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.265966  normal  0.757434 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4519  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25 
 
 
326 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0796811  normal  0.833846 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1999  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.17 
 
 
331 aa  48.1  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4671  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.69 
 
 
326 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.990326  normal  0.644842 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4061  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.69 
 
 
326 aa  48.5  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00627715  normal  0.237029 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3697  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  24.69 
 
 
326 aa  48.5  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0851  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.17 
 
 
328 aa  48.1  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0219644  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4201  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  24.02 
 
 
328 aa  47.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4089  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  24.02 
 
 
328 aa  47.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.230626  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4150  NMT1/THI5 like domain protein  24.33 
 
 
334 aa  47  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08170  sulfate ester transport system substrate-binding protein  22.54 
 
 
350 aa  47  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2967  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  28.87 
 
 
328 aa  47  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.588828  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2960  sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein, putative  28.87 
 
 
328 aa  47  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.641077  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4038  NMT1/THI5 like domain protein  24.33 
 
 
334 aa  47  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.21044  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0026  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  29.63 
 
 
340 aa  46.6  0.0006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.778935  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0556  aliphatic compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.7 
 
 
327 aa  46.2  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.409832  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2528  aliphatic compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.7 
 
 
327 aa  46.2  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1303  aliphatic compound ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.7 
 
 
327 aa  46.2  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1272  aliphatic sulfonate ABC transporter substrate-binding protein  24.7 
 
 
327 aa  46.2  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.526134  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0286  aliphatic sulfonate ABC transporter substrate-binding protein  24.7 
 
 
327 aa  46.2  0.0008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0103216  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1012  aliphatic sulfonate ABC transporter substrate-binding protein  24.7 
 
 
327 aa  46.2  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.153923  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1573  extracellular solute-binding protein  20.91 
 
 
326 aa  46.2  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.817202  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5012  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  21.25 
 
 
369 aa  45.8  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0114898  normal  0.178041 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1350  aliphatic sulfonate ABC transporter substrate-binding protein  23.75 
 
 
327 aa  45.4  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.995375  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2516  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.5 
 
 
336 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.445481  normal  0.551196 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2312  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  28.87 
 
 
328 aa  45.8  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.355114  hitchhiker  0.0000000431055 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2920  putative sulfonate ABC transporter, sulfonate-binding protein  28.17 
 
 
328 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.10374e-18 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1383  putative alkanesulfonates binding protein precursor  22.99 
 
 
334 aa  44.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0577  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  18.86 
 
 
362 aa  45.1  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0032  alkanesulfonate transporter substrate-binding subunit  29.1 
 
 
340 aa  45.1  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.420208  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7198  ABC transporter substrate binding protein (aliphatic sulfonate)  22.52 
 
 
357 aa  44.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0232268  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2641  alkanesulfonates-binding protein  28.17 
 
 
328 aa  45.1  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.245447  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1912  ABC sulfate ester transporter, periplasmic ligand binding protein  21.99 
 
 
367 aa  44.3  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2788  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.93 
 
 
336 aa  44.3  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0498257  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2160  ABC sulfate ester transporter, periplasmic ligand binding protein  34.02 
 
 
355 aa  44.3  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.486423  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7236  ABC sulfate ester transporter, periplasmic ligand binding protein  34.44 
 
 
360 aa  43.9  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.107097  normal  0.82896 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4885  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.31 
 
 
357 aa  44.3  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.635672  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4888  NMT1/THI5 like domain protein  37.88 
 
 
343 aa  43.5  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4562  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.97 
 
 
355 aa  43.9  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.451488  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2921  sulfonate ABC transporter sulfonate-binding protein  27.46 
 
 
328 aa  43.5  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2713  sulfonate ABC transporter sulfonate-binding protein  27.46 
 
 
328 aa  43.5  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.38086  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4416  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  25.11 
 
 
330 aa  43.5  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.343651  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4021  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.46 
 
 
326 aa  43.1  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.391639  normal  0.714624 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2061  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.23 
 
 
355 aa  43.5  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0563567  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08130  ABC transporter, sulfate ester binding protein  28.68 
 
 
313 aa  43.5  0.006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2096  ABC sulfate ester transporter, periplasmic ligand binding protein  32.99 
 
 
355 aa  43.5  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.522896  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1675  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  45.1 
 
 
319 aa  43.1  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19500  hypothetical protein  25.18 
 
 
334 aa  42.7  0.009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>