More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3338 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  61.39 
 
 
517 aa  650    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
524 aa  1065    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  36.97 
 
 
516 aa  314  1.9999999999999998e-84  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  37.47 
 
 
533 aa  286  8e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  33.78 
 
 
513 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 
525 aa  211  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
526 aa  207  4e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  28.9 
 
 
529 aa  203  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  28.52 
 
 
529 aa  196  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 
540 aa  190  5e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 
529 aa  186  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  29.18 
 
 
513 aa  185  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.59 
 
 
538 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  27.59 
 
 
538 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
520 aa  179  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  29.26 
 
 
512 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  29.03 
 
 
529 aa  177  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.95 
 
 
545 aa  177  5e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  28.87 
 
 
527 aa  176  6e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  26.43 
 
 
545 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  32.8 
 
 
505 aa  176  9.999999999999999e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  29.49 
 
 
519 aa  176  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  27.31 
 
 
537 aa  174  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 
509 aa  174  3.9999999999999995e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  30.9 
 
 
496 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 
519 aa  173  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  28.02 
 
 
526 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 
539 aa  173  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  27.26 
 
 
537 aa  172  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  27.45 
 
 
535 aa  169  8e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  28.42 
 
 
518 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 
534 aa  168  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3787  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 
531 aa  166  8e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.216169  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  28.39 
 
 
511 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0504  ABC transporter substrate-binding protein  27.29 
 
 
531 aa  164  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.325614  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  27.8 
 
 
522 aa  163  7e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  26.81 
 
 
540 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.73 
 
 
534 aa  160  7e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  28.66 
 
 
517 aa  159  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.83 
 
 
526 aa  159  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  29.52 
 
 
534 aa  157  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5167  4-phytase  26.91 
 
 
530 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.978534  normal  0.719428 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  26.93 
 
 
535 aa  156  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  28.8 
 
 
517 aa  156  1e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
527 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  26.93 
 
 
535 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  25.62 
 
 
527 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  25.62 
 
 
527 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  24.91 
 
 
536 aa  155  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 
535 aa  155  2e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
527 aa  154  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
527 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 
515 aa  150  6e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3756  putative peptide ABC transporter, substrate- binding protein  31.31 
 
 
514 aa  149  8e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279615  normal  0.332846 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  26.27 
 
 
536 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  26.42 
 
 
535 aa  149  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  25.83 
 
 
536 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  27.04 
 
 
532 aa  149  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  27.88 
 
 
527 aa  145  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  25.71 
 
 
537 aa  144  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  27.25 
 
 
516 aa  139  8.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  26.36 
 
 
513 aa  137  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.06 
 
 
502 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  26.48 
 
 
538 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0232  extracellular solute-binding protein  26.4 
 
 
517 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.65 
 
 
510 aa  126  1e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  27.66 
 
 
503 aa  125  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  26.43 
 
 
517 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  25.73 
 
 
505 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 
568 aa  122  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2510  extracellular solute-binding protein  29.84 
 
 
519 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0112  extracellular solute-binding protein  26.93 
 
 
506 aa  118  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.876976  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  24.86 
 
 
554 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.77 
 
 
529 aa  118  3e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.17 
 
 
528 aa  117  5e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.17 
 
 
528 aa  117  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.17 
 
 
528 aa  117  6e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1189  4-phytase  25.76 
 
 
523 aa  117  6.9999999999999995e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.58 
 
 
529 aa  117  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  24.77 
 
 
561 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 
510 aa  116  8.999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.97 
 
 
528 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 
535 aa  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  23.97 
 
 
528 aa  116  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  25.14 
 
 
555 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 
522 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 
515 aa  115  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  24.25 
 
 
529 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 
521 aa  115  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3427  extracellular solute-binding protein  25.21 
 
 
526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  24.72 
 
 
554 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.77 
 
 
528 aa  114  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  24.64 
 
 
523 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  29.65 
 
 
510 aa  114  5e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  29.52 
 
 
527 aa  114  6e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  25.78 
 
 
533 aa  114  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  24.44 
 
 
535 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0112  extracellular solute-binding protein family 5  25.12 
 
 
524 aa  113  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.214652  normal  0.175509 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  22.69 
 
 
533 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 
520 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>