More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3260 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  57.04 
 
 		 294 aa  352  5.9999999999999994e-96  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 291 aa  178  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 288 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 289 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 289 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 289 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 311 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 293 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  37.46 
 
 		 293 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  30.91 
 
 		 295 aa  152  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 283 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 295 aa  149  5e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 289 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 286 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 287 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 302 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 287 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 287 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 274 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  34.3 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 311 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 287 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 288 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 286 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 293 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  32.34 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 293 aa  122  9e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  30.24 
 
 		 318 aa  120  3e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  29.96 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 303 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 325 aa  110  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.94 
 
 		 319 aa  109  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  32.24 
 
 		 317 aa  109  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.89 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  31.56 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 289 aa  106  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 298 aa  105  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 302 aa  104  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1561  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.314715  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  29.75 
 
 		 314 aa  103  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  31.43 
 
 		 322 aa  103  3e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 309 aa  103  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  29.55 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  31.18 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 310 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 304 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>