More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3254 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 288 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  59.86 
 
 		 283 aa  332  4e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 291 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  39.43 
 
 		 292 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 		 288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 		 288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 295 aa  192  4e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 289 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 289 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  36.59 
 
 		 295 aa  187  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 305 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 311 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 311 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 289 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 311 aa  183  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 274 aa  182  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 304 aa  175  7e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 288 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 289 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 289 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 299 aa  159  7e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 286 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  36.79 
 
 		 286 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 287 aa  152  5e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 287 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  34.41 
 
 		 293 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 293 aa  145  6e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 294 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.41 
 
 		 308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 294 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 314 aa  129  6e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1637  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.841057  normal  0.105618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4080  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  26.98 
 
 		 301 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0133  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273474  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2471  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.643373 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4022  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000162423 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  26.43 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  26.43 
 
 		 309 aa  126  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1184  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.204393 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0178  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 290 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500574  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  31.19 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1239  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  hitchhiker  0.00000000418584 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1732  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470848  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 308 aa  123  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  31.35 
 
 		 308 aa  123  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  26.06 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20130  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.89 
 
 		 286 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  31 
 
 		 286 aa  118  9e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.18 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1292  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.781932 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  24.07 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  28.02 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 301 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1928  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.18 
 
 		 290 aa  116  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0121617  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2419  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.27 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  33.76 
 
 		 302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3147  LysR, substrate-binding  30.54 
 
 		 290 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  29.54 
 
 		 303 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>