53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3238 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3238  PAAR repeat-containing protein  100 
 
 
85 aa  171  4e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198697  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3115  PAAR repeat-containing protein  92.94 
 
 
85 aa  162  1e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2610  hypothetical protein  92.94 
 
 
85 aa  162  2e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408788  normal  0.0150385 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6127  PAAR repeat-containing protein  68.24 
 
 
84 aa  115  1e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0581987  normal  0.43186 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2854  hypothetical protein  61.18 
 
 
85 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.561027  normal  0.0963885 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6138  PAAR repeat-containing protein  63.53 
 
 
94 aa  110  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3019  hypothetical protein  63.53 
 
 
84 aa  108  2e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.746993 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4045  hypothetical protein  57.65 
 
 
88 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  40.54 
 
 
379 aa  59.3  2e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  43.75 
 
 
86 aa  58.5  3e-08  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4969  PAAR  39.76 
 
 
102 aa  58.2  4e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3756  hypothetical protein  39.47 
 
 
386 aa  57.8  5e-08  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136459  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3826  PAAR repeat-containing protein  34.02 
 
 
99 aa  54.7  4e-07  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03898  paar motif family  45.12 
 
 
137 aa  54.3  6e-07  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.356089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  40.24 
 
 
113 aa  53.5  1e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  36.96 
 
 
96 aa  52.4  2e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3217  hypothetical protein  46.99 
 
 
90 aa  50.8  6e-06  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0242808 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2190  PAAR  37.8 
 
 
88 aa  48.9  2e-05  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  34.74 
 
 
96 aa  49.3  2e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  37.5 
 
 
469 aa  48.5  3e-05  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4633  hypothetical protein  34.83 
 
 
177 aa  47.8  5e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.53967  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  38.27 
 
 
174 aa  47.8  6e-05  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1664  PAAR repeat-containing protein  34.09 
 
 
96 aa  47.4  7e-05  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.121011 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5249  PAAR repeat-containing protein  34.04 
 
 
96 aa  47.4  7e-05  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  5.30651e-05 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5205  PAAR repeat-containing protein  45.68 
 
 
85 aa  47.4  7e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  4.29039e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  34.72 
 
 
96 aa  46.2  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  33.72 
 
 
179 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  5.63624e-08  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0056  PAAR repeat-containing protein  38.96 
 
 
88 aa  45.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  33.72 
 
 
131 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  34.88 
 
 
185 aa  45.8  0.0002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  32.61 
 
 
96 aa  45.4  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  35 
 
 
181 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0368  PAAR repeat-containing protein  34.69 
 
 
100 aa  44.7  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2816  PAAR repeat-containing protein  32.95 
 
 
96 aa  44.7  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  36.25 
 
 
481 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2301  PAAR repeat-containing protein  40.79 
 
 
87 aa  43.5  0.0009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360683  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3928  PAAR repeat-containing protein  34.48 
 
 
100 aa  43.5  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00719724  normal  0.0225395 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3367  PAAR repeat-containing protein  43.21 
 
 
85 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  35.71 
 
 
118 aa  42.7  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0943  hypothetical protein  42.86 
 
 
87 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00127142  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1878  hypothetical protein  42.86 
 
 
87 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0199793  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3002  PAAR  28.87 
 
 
99 aa  42.4  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2590  PAAR repeat-containing protein  43.08 
 
 
83 aa  42.7  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3827  PAAR repeat-containing protein  42.86 
 
 
87 aa  42.4  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86819  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0675  PAAR repeat-containing protein  31.96 
 
 
99 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01943  hypothetical protein  35.37 
 
 
89 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.309937 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1650  hypothetical protein  33.72 
 
 
94 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2227  PAAR repeat-containing protein  40.91 
 
 
83 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0798766  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  32.56 
 
 
172 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  39.39 
 
 
1447 aa  41.6  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5509  hypothetical protein  39.76 
 
 
87 aa  41.6  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03514  paar motif family  44.78 
 
 
133 aa  41.6  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2461  hypothetical protein  27.84 
 
 
99 aa  40  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>