72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3140 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3140  hypothetical protein  100 
 
 		 387 aa  793    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2663  hypothetical protein  97.42 
 
 		 387 aa  771    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2171  hypothetical protein  97.16 
 
 		 387 aa  771    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1939  hypothetical protein  78.42 
 
 		 384 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3320  hypothetical protein  75.45 
 
 		 387 aa  566  1e-160  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38990  hypothetical protein  73.9 
 
 		 387 aa  560  1e-158  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.880326  normal  0.566256 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1883  hypothetical protein  51.21 
 
 		 382 aa  382  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1872  hypothetical protein  49.33 
 
 		 381 aa  379  1e-104  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2247  hypothetical protein  49.05 
 
 		 382 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00169518  normal  0.316904 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2538  hypothetical protein  48.79 
 
 		 382 aa  362  7.0000000000000005e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6102  domain of unknown function DUF1745  41.49 
 
 		 386 aa  306  5.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2339  domain of unknown function DUF1745  40.65 
 
 		 383 aa  279  6e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.25177 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0732  hypothetical protein  41.01 
 
 		 386 aa  271  1e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2230  hypothetical protein  40.48 
 
 		 392 aa  269  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0710  hypothetical protein  40.48 
 
 		 384 aa  269  7e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.251408  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0600  hypothetical protein  40.48 
 
 		 392 aa  269  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2313  GfdT protein  40.48 
 
 		 392 aa  269  8e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1924  hypothetical protein  40.48 
 
 		 392 aa  269  8e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1717  hypothetical protein  40.48 
 
 		 392 aa  269  8e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1661  hypothetical protein  40.48 
 
 		 384 aa  269  8e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2201  domain of unknown function DUF1745  38.95 
 
 		 398 aa  256  4e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.290365  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1925  hypothetical protein  40 
 
 		 398 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.795435 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0700  hypothetical protein  39.05 
 
 		 380 aa  252  7e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.155862  normal  0.0832434 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3617  hypothetical protein  40.11 
 
 		 378 aa  251  2e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0308687  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1816  protein of unknown function DUF1745  39.14 
 
 		 389 aa  249  5e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3518  hypothetical protein  39.28 
 
 		 400 aa  249  6e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.49503  normal  0.689004 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2675  hypothetical protein  41.08 
 
 		 399 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0296571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1139  hypothetical protein  39.21 
 
 		 392 aa  246  6e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2881  hypothetical protein  40.29 
 
 		 390 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4193  domain of unknown function DUF1745  42.03 
 
 		 386 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351241  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2724  domain of unknown function DUF1745  37.77 
 
 		 374 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.43445  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1527  hypothetical protein  40 
 
 		 390 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.039182 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2940  hypothetical protein  42.33 
 
 		 402 aa  242  6e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00513133 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3953  hypothetical protein  39.32 
 
 		 389 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4045  hypothetical protein  38.54 
 
 		 378 aa  237  2e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4519  domain of unknown function DUF1745  40.18 
 
 		 387 aa  229  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.317884  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2479  hypothetical protein  39.18 
 
 		 379 aa  226  7e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.492023 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3668  hypothetical protein  40.7 
 
 		 385 aa  225  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.432885  hitchhiker  0.00253652 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0466  domain of unknown function DUF1745  34.57 
 
 		 385 aa  217  2.9999999999999998e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2592  hypothetical protein  38.1 
 
 		 386 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.71341  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1250  hypothetical protein  37.83 
 
 		 386 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.7579 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2353  hypothetical protein  36.76 
 
 		 393 aa  204  3e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.18015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1931  hypothetical protein  38.61 
 
 		 385 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.429127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3141  hypothetical protein  27.76 
 
 		 460 aa  158  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3344  hypothetical protein  29.35 
 
 		 464 aa  154  2e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2474  hypothetical protein  28.65 
 
 		 447 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2993  hypothetical protein  29.71 
 
 		 368 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3551  hypothetical protein  28.38 
 
 		 371 aa  145  9e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2590  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.12 
 
 		 675 aa  72.4  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.182127  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2083  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.59 
 
 		 647 aa  70.5  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0223967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2918  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25 
 
 		 669 aa  70.1  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0982  domain of unknown function DUF1745  25.79 
 
 		 666 aa  70.1  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.505903  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2151  hypothetical protein  25.27 
 
 		 383 aa  68.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.509879 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5004  chemotaxis sensory transducer  22.51 
 
 		 672 aa  67  0.0000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.71371 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1241  hypothetical protein  23.99 
 
 		 381 aa  63.2  0.000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.430619 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0690  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  27.13 
 
 		 1186 aa  59.7  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2665  domain of unknown function DUF1745  28.45 
 
 		 427 aa  58.9  0.0000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.955158 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1866  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  24.71 
 
 		 650 aa  57.4  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1269  hypothetical protein  23.34 
 
 		 387 aa  57  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2954  hypothetical protein  30.04 
 
 		 395 aa  55.1  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1054  hypothetical protein  26.39 
 
 		 405 aa  55.5  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0696  transcriptional regulator, TrmB  22.93 
 
 		 512 aa  51.6  0.00002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0690  hypothetical protein  21.67 
 
 		 376 aa  49.7  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000847515 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1892  hypothetical protein  31.89 
 
 		 382 aa  49.7  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.056146  normal  0.181862 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003465  hypothetical protein  24.01 
 
 		 393 aa  49.3  0.0001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1899  hypothetical protein  26.82 
 
 		 395 aa  48.5  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.598311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1352  domain of unknown function DUF1745  24.55 
 
 		 396 aa  47.8  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3322200000000001e-19 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4141  hypothetical protein  26.17 
 
 		 365 aa  47.8  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3657  domain of unknown function DUF1745  25.07 
 
 		 416 aa  46.2  0.001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2107  domain of unknown function DUF1745  25.9 
 
 		 401 aa  45.1  0.002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.206498 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02305  hypothetical protein  21.34 
 
 		 395 aa  43.5  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2864  domain of unknown function DUF1745  22.53 
 
 		 396 aa  43.1  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.965957  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>