More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3134 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  95.14 
 
 		 329 aa  641    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  95.14 
 
 		 329 aa  641    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  100 
 
 		 329 aa  671    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  79.94 
 
 		 321 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  61.25 
 
 		 334 aa  411  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  63.64 
 
 		 362 aa  408  1e-113  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  61.29 
 
 		 324 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  61.84 
 
 		 362 aa  404  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2665  hypothetical protein  60.94 
 
 		 325 aa  402  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.320211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5316  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  59.27 
 
 		 330 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.131426  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1859  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  58.72 
 
 		 329 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.981734  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  59.34 
 
 		 335 aa  392  1e-108  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  58.47 
 
 		 324 aa  390  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1847  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  58.88 
 
 		 328 aa  387  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2182  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  58.57 
 
 		 328 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.960919  normal  0.361947 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  60.19 
 
 		 326 aa  384  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1798  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  58.26 
 
 		 328 aa  383  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.178604 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  59.29 
 
 		 327 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  59.87 
 
 		 328 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  60.47 
 
 		 328 aa  376  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  56.92 
 
 		 328 aa  371  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  56.51 
 
 		 329 aa  367  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  55.84 
 
 		 323 aa  367  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3937  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  54.8 
 
 		 334 aa  362  5.0000000000000005e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.328417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1241  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  54.43 
 
 		 320 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0330167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1940  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  54.17 
 
 		 320 aa  351  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.960235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2583  hypothetical protein  53.85 
 
 		 312 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  53.18 
 
 		 335 aa  332  6e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0484  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  49.68 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.558778 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  50.8 
 
 		 318 aa  311  6.999999999999999e-84  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3145  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  47.81 
 
 		 327 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  43.44 
 
 		 329 aa  268  8.999999999999999e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  42.57 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4977  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  45.37 
 
 		 336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370165  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3038  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  41.28 
 
 		 332 aa  253  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.355652  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  41.47 
 
 		 338 aa  248  9e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2611  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  41.31 
 
 		 328 aa  245  9e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0721  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  37.3 
 
 		 344 aa  220  3e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.285892 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.24 
 
 		 345 aa  184  1.0000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.05 
 
 		 317 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.8 
 
 		 689 aa  169  7e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  34.38 
 
 		 312 aa  166  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  32.88 
 
 		 391 aa  165  8e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  35.29 
 
 		 387 aa  159  7e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  31.71 
 
 		 580 aa  155  7e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  31.53 
 
 		 1667 aa  150  3e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.83 
 
 		 354 aa  149  8e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.27 
 
 		 354 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.07 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30.58 
 
 		 354 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  30.7 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.21 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.84 
 
 		 752 aa  129  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1302  hypothetical protein  30.3 
 
 		 364 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.127226  normal  0.259109 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  29.43 
 
 		 1094 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  29.69 
 
 		 335 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  30.9 
 
 		 819 aa  127  3e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2474  hypothetical protein  29.14 
 
 		 364 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.686605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.06 
 
 		 366 aa  125  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  30.69 
 
 		 556 aa  125  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  32.94 
 
 		 810 aa  120  3e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2496  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.31 
 
 		 357 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.431237  normal  0.565249 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.42 
 
 		 365 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2102  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.25 
 
 		 357 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0107  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  31.76 
 
 		 272 aa  119  7e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.08 
 
 		 406 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5421  WD-40 repeat-containing protein  27.22 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.58 
 
 		 348 aa  116  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.37 
 
 		 417 aa  116  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.38 
 
 		 348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  28.57 
 
 		 1189 aa  115  1.0000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  29.33 
 
 		 776 aa  112  8.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  30.54 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.87 
 
 		 1170 aa  110  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6515  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.25 
 
 		 385 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.761865  normal  0.0861969 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  27.12 
 
 		 332 aa  109  5e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  28.67 
 
 		 479 aa  108  9.000000000000001e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.6 
 
 		 383 aa  108  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.46 
 
 		 415 aa  107  3e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.59 
 
 		 347 aa  107  3e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  30.83 
 
 		 971 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.11 
 
 		 348 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2124  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.51 
 
 		 320 aa  104  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0490929  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 377 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3832  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.43 
 
 		 607 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000619199  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 340 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 340 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.34 
 
 		 340 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  28.79 
 
 		 487 aa  100  4e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0196  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.14 
 
 		 325 aa  99.8  5e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.367878 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1990  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.35 
 
 		 470 aa  99  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.91 
 
 		 345 aa  97.4  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.84 
 
 		 451 aa  97.1  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.28 
 
 		 328 aa  95.9  8e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0690  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.72 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.408931 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0031  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.76 
 
 		 328 aa  94.4  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  0.96246 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8029  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28 
 
 		 314 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.882346  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1252  putative signal peptide protein  26.3 
 
 		 330 aa  94.4  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.989203 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0577  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25 
 
 		 652 aa  93.2  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1080  cytochrome d1 heme region  27.12 
 
 		 331 aa  92.8  6e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.952849  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>