More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3118 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_1160  UvrD/REP helicase  40.85 
 
 		 1064 aa  733    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.87087  normal  0.737588 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1560  UvrD/REP helicase  39.81 
 
 		 1054 aa  733    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.538348  normal  0.490234 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3118  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1061 aa  2143    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674969 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4011  UvrD/REP helicase  33.42 
 
 		 1083 aa  416  1e-114  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05980  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  32.69 
 
 		 1104 aa  352  2e-95  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.061722  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5440  UvrD/REP helicase  27.66 
 
 		 1051 aa  224  7e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.202358 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1248  Exodeoxyribonuclease V  29.78 
 
 		 833 aa  169  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.637879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1157  hypothetical protein  26.65 
 
 		 1061 aa  165  5.0000000000000005e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1855  recombination helicase AddA  23.06 
 
 		 1282 aa  162  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0546193 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0555  exonuclease RexA  24.15 
 
 		 1218 aa  158  5.0000000000000005e-37  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2794  UvrD-like DNA helicase domain-containing protein  27.96 
 
 		 1124 aa  153  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.370193 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1041  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.78 
 
 		 1241 aa  150  1.0000000000000001e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4148  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.48 
 
 		 1241 aa  150  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1498  UvrD/REP helicase  25.27 
 
 		 1080 aa  150  2.0000000000000003e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1193  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.35 
 
 		 1241 aa  149  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1481  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.16 
 
 		 1230 aa  148  7.0000000000000006e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1245  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.57 
 
 		 1241 aa  147  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1039  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.6 
 
 		 1241 aa  147  8.000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2124  UvrD/REP helicase  26.51 
 
 		 1147 aa  147  8.000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1297  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.57 
 
 		 1241 aa  147  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1220  ATP-dependent nuclease, subunit A  23.32 
 
 		 1240 aa  147  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1061  ATP-dependent nuclease subunit A  23.28 
 
 		 1241 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1142  ATP-dependent nuclease subunit A  23.28 
 
 		 1241 aa  143  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1041  recombination helicase AddA  23.14 
 
 		 1241 aa  143  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.552246  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2039  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  22.17 
 
 		 1251 aa  143  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0860  recombination helicase AddA  22.82 
 
 		 1242 aa  142  3e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2846  UvrD/REP helicase  25.64 
 
 		 1121 aa  142  3.9999999999999997e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.347056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3438  double-strand break repair helicase AddA  25.55 
 
 		 1125 aa  140  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0309  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  25.32 
 
 		 1186 aa  137  9.999999999999999e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2832  recombination helicase AddA  23.5 
 
 		 1392 aa  136  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5412  UvrD/REP helicase  27 
 
 		 1117 aa  133  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1681  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  23.26 
 
 		 1217 aa  132  3e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0138  double-strand break repair helicase AddA  25.37 
 
 		 1156 aa  132  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.727377 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0085  ATP-dependent DNA helicase UvrD  22.81 
 
 		 1139 aa  131  5.0000000000000004e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0523  UvrD/REP helicase  21.78 
 
 		 1121 aa  131  6e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4408  UvrD/REP helicase  26.85 
 
 		 1123 aa  130  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.471337  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08490  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  24.04 
 
 		 1251 aa  127  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.266931 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0967  recombination helicase AddA  25.23 
 
 		 1217 aa  122  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0986  recombination helicase AddA  25.23 
 
 		 1217 aa  122  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0857621  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1146  ATP-dependent exoDNAse beta subunit  22.58 
 
 		 1236 aa  122  3.9999999999999996e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0551  UvrD/REP helicase  23.27 
 
 		 1149 aa  120  9.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0345301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0769  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.63 
 
 		 1207 aa  117  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00770  ATP-dependent exonuclase V beta subunit, helicase and exonuclease domain-containing  24.41 
 
 		 1262 aa  116  2.0000000000000002e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0671  recombination helicase AddA  23.88 
 
 		 1244 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1295  double-strand break repair helicase AddA  25.43 
 
 		 1185 aa  116  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1031  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) beta subunit  24.18 
 
 		 1204 aa  115  3e-24  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.655323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1416  UvrD-like DNA helicase, C terminal  22.99 
 
 		 1244 aa  116  3e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1486  recombination helicase AddA  25.17 
 
 		 1242 aa  115  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0870  UvrD/REP helicase  22.57 
 
 		 1165 aa  115  5e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.129938 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0841  UvrD/REP helicase  22.11 
 
 		 1161 aa  115  6e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.94071  normal  0.0247795 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1774  recombination helicase AddA  23.47 
 
 		 1248 aa  114  7.000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3105  UvrD/REP helicase  28.65 
 
 		 1047 aa  113  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.224612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4853  double-strand break repair helicase AddA  24.76 
 
 		 1157 aa  112  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.744046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0037  UvrD/REP helicase  25.61 
 
 		 1115 aa  111  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4066  UvrD/REP helicase  28.36 
 
 		 1120 aa  111  7.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.160711 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0025  ATP-dependent nuclease, subunit A  24 
 
 		 1271 aa  110  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1322  hypothetical protein  27.08 
 
 		 1057 aa  109  2e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0203  UvrD-like DNA helicase, C terminal  23.67 
 
 		 1233 aa  108  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0025  recombination helicase AddA  22.98 
 
 		 1270 aa  107  9e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2025  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.86 
 
 		 1224 aa  107  1e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1357  double-strand break repair helicase AddA  24.38 
 
 		 1155 aa  106  3e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1805  UvrD/REP helicase  28.22 
 
 		 1184 aa  105  5e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0874  exonuclease RexA  22.16 
 
 		 1207 aa  105  5e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0782  UvrD/REP helicase  29.14 
 
 		 1107 aa  105  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.685172  normal  0.12668 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2076  UvrD/REP helicase  26.55 
 
 		 1240 aa  104  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.692604  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2951  UvrD-like DNA helicase, C terminal  26.59 
 
 		 1119 aa  103  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0785704  normal  0.12863 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0004  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V, subunit A  23.89 
 
 		 1203 aa  103  2e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0077  double-strand break repair helicase AddA  26.15 
 
 		 1161 aa  102  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.458203  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1693  Exodeoxyribonuclease V  24.03 
 
 		 1125 aa  102  4e-20  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4130  UvrD/REP helicase  26.95 
 
 		 1162 aa  102  4e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.88214 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1286  UvrD/REP helicase  22.25 
 
 		 1074 aa  101  6e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1190  hypothetical protein  26.56 
 
 		 1177 aa  101  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2985  UvrD/REP helicase  27.53 
 
 		 1131 aa  100  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.105436  normal  0.309308 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1624  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.53 
 
 		 1240 aa  100  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.547512  normal  0.545211 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1910  UvrD/REP helicase  24.36 
 
 		 907 aa  100  2e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.73 
 
 		 755 aa  100  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2473  UvrD/REP helicase  28.09 
 
 		 1162 aa  100  2e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.131096  hitchhiker  0.00644747 
 
 
-
 
NC_004310  BR2103  UvrD/Rep family helicase  24.79 
 
 		 1180 aa  99.8  3e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.664576  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1527  UvrD/Rep family helicase  28.08 
 
 		 1106 aa  99.8  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.529663  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0764  UvrD/REP helicase  28.88 
 
 		 1161 aa  98.2  6e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2020  double-strand break repair helicase AddA  24.79 
 
 		 1180 aa  98.2  8e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.411715  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0043  DNA-dependent helicase II  24.11 
 
 		 723 aa  97.4  1e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.779926  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4021  UvrD/REP helicase  26.01 
 
 		 1111 aa  96.7  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1741  UvrD/REP helicase  25.11 
 
 		 1162 aa  96.3  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.616964  hitchhiker  0.00243499 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0035  DNA-dependent helicase II  23.54 
 
 		 723 aa  96.7  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193678  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0178  UvrD-like DNA helicase, C terminal  28 
 
 		 1106 aa  96.7  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.124424  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3947  DNA-dependent helicase II  24.11 
 
 		 730 aa  95.9  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0058  UvrD/REP helicase  25 
 
 		 1162 aa  95.9  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.106754  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2131  DNA helicase/exodeoxyribonuclease V subunit A  27.83 
 
 		 1187 aa  95.5  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.564437  normal  0.516906 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1433  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  25.18 
 
 		 1199 aa  95.5  4e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04140  UvrD/REP helicase  20.76 
 
 		 1036 aa  95.1  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1166  UvrD/REP helicase  28.64 
 
 		 1152 aa  94.4  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.638752 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2967  exonuclease V subunit beta  24.26 
 
 		 1170 aa  93.6  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.483472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3748  UvrD/REP helicase  25.28 
 
 		 1144 aa  93.2  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.355168 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03230  DNA-dependent helicase II  24.28 
 
 		 728 aa  92.8  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4085  exonuclease V subunit beta  23.65 
 
 		 1180 aa  92.4  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1101  UvrD/REP helicase  21.64 
 
 		 1065 aa  92.4  4e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0419  UvrD/REP helicase  22.61 
 
 		 1003 aa  92  6e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1126  UvrD/REP helicase  28.25 
 
 		 1173 aa  91.7  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.443367 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0691  exodeoxyribonuclease V, beta subunit  24.94 
 
 		 1200 aa  91.3  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>