More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3069 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3069  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  647    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00244653  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2717  transcriptional regulator  85.3 
 
 		 325 aa  556  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4522  AraC family transcriptional regulator  72.52 
 
 		 313 aa  464  9.999999999999999e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0983647  decreased coverage  0.00465183 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4299  AraC family transcriptional regulator  68.59 
 
 		 323 aa  434  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1705  transcriptional regulator  67.95 
 
 		 319 aa  434  1e-121  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3724  AraC family transcriptional regulator  68.27 
 
 		 330 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.135775  normal  0.890756 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4200  AraC family transcriptional regulator  67.95 
 
 		 319 aa  433  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.90323  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1900  transcriptional regulator  67.95 
 
 		 320 aa  431  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3211  AraC family transcriptional regulator  66.99 
 
 		 321 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.119122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4060  AraC family transcriptional regulator  66.35 
 
 		 321 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.380555  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4306  AraC family transcriptional regulator  66.35 
 
 		 321 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.730191 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5075  AraC family transcriptional regulator  58.47 
 
 		 326 aa  383  1e-105  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1034  transcriptional regulator, AraC family  59.81 
 
 		 316 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0108866  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3583  transcriptional regulator, AraC family  58.97 
 
 		 314 aa  361  9e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.612075  normal  0.105088 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3166  AraC family transcriptional regulator  57.86 
 
 		 312 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5202  AraC family transcriptional regulator  57.86 
 
 		 312 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0605893 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3567  AraC family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 311 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0128  transcriptional regulator, AraC family  56.91 
 
 		 314 aa  351  1e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3263  transcriptional regulator  53.82 
 
 		 322 aa  350  1e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4475  transcriptional regulator  55.63 
 
 		 311 aa  349  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00072916 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3969  transcriptional regulator, AraC family  54.66 
 
 		 313 aa  345  8e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0152  transcriptional regulator, AraC family  54.63 
 
 		 318 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.143566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1295  AraC family transcriptional regulator  54.84 
 
 		 317 aa  340  2e-92  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0719  transcriptional regulator, AraC family  54.46 
 
 		 318 aa  338  5e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0208  ThiJ/PfpI domain-containing protein  54.6 
 
 		 318 aa  338  7e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0903161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6096  AraC family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 342 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4201  AraC family transcriptional regulator  54.29 
 
 		 312 aa  326  3e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4719  AraC family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 317 aa  324  1e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2955  AraC family transcriptional regulator  50.8 
 
 		 321 aa  322  5e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.743835 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4728  transcriptional regulator, AraC family  53.5 
 
 		 318 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.900949 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6170  AraC family transcriptional regulator  53 
 
 		 318 aa  317  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396266 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5069  AraC family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 316 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3160  AraC family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 316 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5208  AraC family transcriptional regulator  53.38 
 
 		 316 aa  309  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0566116 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4441  AraC family transcriptional regulator  51.45 
 
 		 318 aa  301  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1650  AraC family transcriptional regulator  50.49 
 
 		 339 aa  277  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 317 aa  264  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7238  transcriptional regulator  43.59 
 
 		 315 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402407  normal  0.120552 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3749  transcriptional regulator, AraC family  47.65 
 
 		 320 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0790195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4826  transcriptional regulator, AraC family  47.65 
 
 		 320 aa  256  4e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.478935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4319  AraC family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 324 aa  252  6e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5953  AraC family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 315 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.884955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3880  AraC family transcriptional regulator  41.99 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.511713 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4722  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 315 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3641  AraC family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 315 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0500606  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6258  AraC family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 315 aa  248  8e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4229  transcriptional regulator  43.55 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0493  AraC family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 315 aa  237  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2701  transcriptional regulator, AraC family  42.41 
 
 		 312 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0248694  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1070  transcriptional regulator  41.03 
 
 		 331 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2886  AraC family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 322 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0162981  normal  0.0527553 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6950  transcriptional regulator  41.46 
 
 		 310 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591911  normal  0.520078 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4002  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474244  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3889  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 311 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.363483 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3030  AraC family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.331387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5819  transcriptional regulator  40.2 
 
 		 338 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321081  normal  0.280114 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1088  transcriptional regulator, AraC family  38.91 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 344 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1023  AraC family transcription regulator  40.58 
 
 		 345 aa  200  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.243872  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.58 
 
 		 344 aa  200  3e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  40.58 
 
 		 344 aa  200  3e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 344 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  50.24 
 
 		 344 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2375  AraC family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 351 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.229949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1581  transcriptional regulator  39.18 
 
 		 335 aa  199  3.9999999999999996e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  50.24 
 
 		 344 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0621  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  50.24 
 
 		 344 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.627949  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1836  transcriptional regulator  40.21 
 
 		 327 aa  199  7e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2453  transcriptional regulator  39.2 
 
 		 339 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  40.21 
 
 		 338 aa  195  1e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3129  transcriptional regulator, AraC family  39.62 
 
 		 328 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.554919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2196  transcriptional regulator  38.01 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 324 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 324 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 324 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  39.23 
 
 		 321 aa  190  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0468  AraC family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 357 aa  189  4e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 322 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  36.39 
 
 		 319 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2518  transcriptional regulator, AraC family  46.48 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.179818 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2415  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 345 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 322 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1704  transcriptional regulator, AraC family  46.48 
 
 		 362 aa  186  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  41.95 
 
 		 330 aa  186  6e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0113  transcriptional regulator, AraC family  36.39 
 
 		 354 aa  185  9e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 338 aa  185  1.0000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  39.93 
 
 		 338 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3370  AraC family transcriptional regulator  67.67 
 
 		 208 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.316672 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  37.11 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2949  transcriptional regulator, AraC family  40.34 
 
 		 437 aa  184  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0874  AraC family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 334 aa  183  4.0000000000000006e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5330  AraC family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0697804 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4827  transcriptional regulator, AraC family  39.24 
 
 		 319 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 334 aa  182  6e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1036  transcriptional regulator  38.87 
 
 		 375 aa  182  7e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5246  transcriptional regulator, AraC family  41.99 
 
 		 331 aa  179  5.999999999999999e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.893549 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0573  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 342 aa  178  8e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0972711  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  35.76 
 
 		 330 aa  179  8e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 331 aa  178  1e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>