More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3043 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



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Replicon accession
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% identity
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Alignment on homolog gene
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Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00536  copper/silver efflux system, membrane component  66.99 
 
 		 1047 aa  1437    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.756563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3054  heavy metal efflux pump, CzcA family  67.08 
 
 		 1047 aa  1439    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0149  CzcA family heavy metal efflux protein  57.77 
 
 		 1049 aa  1257    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1332  CzcA family heavy metal efflux protein  47.6 
 
 		 1045 aa  989    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1627  putative cation efflux system transmembrane protein  70.63 
 
 		 1063 aa  1506    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.152152 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4591  CzcA family heavy metal efflux protein  56.04 
 
 		 1055 aa  1132    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.256511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0266  heavy metal efflux pump, CzcA family protein  55.57 
 
 		 1047 aa  1225    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.792977  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5387  CzcA family heavy metal RND efflux protein  90.77 
 
 		 1052 aa  1880    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.134582 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2926  CzcA family heavy metal efflux protein  47.36 
 
 		 1046 aa  963    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.377794  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2212  CzcA family heavy metal efflux protein  74.81 
 
 		 1049 aa  1578    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589008  normal  0.652924 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0622  cation efflux system protein cusA  67.08 
 
 		 1047 aa  1439    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00104736  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2264  CzcA family heavy metal efflux protein  55.63 
 
 		 1066 aa  1150    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3046  CzcA family heavy metal RND efflux protein  66.16 
 
 		 1070 aa  1409    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05405  cation efflux system transmembrane protein  72.33 
 
 		 1047 aa  1519    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4300  CzcA family heavy metal efflux protein  65.84 
 
 		 1048 aa  1432    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1390  CzcA family heavy metal efflux protein  57.79 
 
 		 1039 aa  1218    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.245764  normal  0.515313 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0282  CzcA family heavy metal efflux protein  57.77 
 
 		 1049 aa  1256    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4858  cation efflux system protein CusA  60.82 
 
 		 1052 aa  1267    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4173  CzcA family heavy metal efflux protein  57.61 
 
 		 1049 aa  1251    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4598  CzcA family heavy metal efflux protein  57.42 
 
 		 1045 aa  1246    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0153  CzcA family heavy metal efflux protein  57.52 
 
 		 1045 aa  1229    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2046  CzcA family heavy metal RND efflux protein  66.16 
 
 		 1070 aa  1409    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.594297  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3376  CzcA family heavy metal efflux protein  66.16 
 
 		 1070 aa  1409    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0061  RND family outer membrane copper/silver/drug transport protein  54.8 
 
 		 1069 aa  1136    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2361  chemiosmotic efflux system B protein A  47.13 
 
 		 1047 aa  986    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2371  HelA protein  35.63 
 
 		 1049 aa  638    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3989  CzcA family heavy metal efflux protein  55.66 
 
 		 1045 aa  1214    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3426  cation efflux system protein cusA  54.77 
 
 		 1057 aa  1133    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.140148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1232  CzcA family heavy metal efflux protein  74.76 
 
 		 1039 aa  1582    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.99301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3856  CzcA family heavy metal efflux protein  57.74 
 
 		 1045 aa  1251    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0178  putative cation efflux system transmembrane protein  60.75 
 
 		 1056 aa  1270    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2265  heavy metal efflux pump CzcA  54.3 
 
 		 1051 aa  1127    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.312771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2480  heavy metal efflux pump CzcA  55.51 
 
 		 1044 aa  1145    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.578305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0210  CzcA family heavy metal efflux protein  56.5 
 
 		 1045 aa  1244    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4015  CzcA family heavy metal efflux protein  83.54 
 
 		 1050 aa  1754    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.310699  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2246  CzcA family heavy metal efflux protein  45.87 
 
 		 1100 aa  905    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3650  CzcA family heavy metal efflux protein  47.6 
 
 		 1045 aa  993    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1333  heavy metal efflux pump CzcA  76.97 
 
 		 1060 aa  1624    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3131  heavy metal efflux pump CzcA  55.18 
 
 		 1058 aa  1104    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0514  CzcA family heavy metal efflux protein  66.25 
 
 		 1070 aa  1402    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.564268  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06366  hypothetical protein  59.23 
 
 		 1059 aa  1265    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0162  CzcA family heavy metal efflux protein  57.61 
 
 		 1049 aa  1252    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2238  CzcA family heavy metal RND efflux protein  66.16 
 
 		 1070 aa  1409    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3475  CzcA family heavy metal efflux protein  58.43 
 
 		 1048 aa  1248    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1530  heavy metal efflux pump  55.46 
 
 		 1067 aa  1145    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1535  heavy metal efflux pump  49 
 
 		 1074 aa  1003    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2396  heavy metal efflux pump CzcA  80.1 
 
 		 1056 aa  1697    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.592906  normal  0.0141595 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4833  CzcA family heavy metal efflux protein  56.45 
 
 		 1056 aa  1147    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0831528 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1714  putative inner membrane component for iron transport  53.13 
 
 		 1074 aa  1142    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0452812  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1583  heavy metal efflux pump, CzcA family  35.14 
 
 		 1049 aa  643    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.840242  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1547  heavy metal efflux pump CzcA  47.02 
 
 		 1045 aa  1002    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00394954  normal  0.706432 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3534  CzcA family heavy metal efflux protein  56.56 
 
 		 1047 aa  1235    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1157  CzcA family heavy metal efflux protein  64.16 
 
 		 1038 aa  1355    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0355  CzcA family heavy metal efflux protein  54.8 
 
 		 1044 aa  1078    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1778  heavy metal efflux pump CzcA  56.13 
 
 		 1054 aa  1163    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1856  heavy metal efflux pump CzcA  34.24 
 
 		 1064 aa  640    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0883  heavy metal efflux pump CzcA  41.48 
 
 		 1015 aa  839    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3972  CzcA family heavy metal efflux protein  55.28 
 
 		 1057 aa  1125    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.287099 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1406  heavy metal efflux pump CzcA  51.53 
 
 		 1059 aa  1082    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2437  CzcA family heavy metal efflux protein  45.37 
 
 		 1091 aa  937    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3385  CzcA family heavy metal efflux protein  52.68 
 
 		 1061 aa  1056    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0089  CzcA family heavy metal efflux protein  47.65 
 
 		 1048 aa  1012    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0262  CzcA family heavy metal efflux protein  65.84 
 
 		 1048 aa  1433    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4104  heavy metal efflux pump CzcA  45.36 
 
 		 1094 aa  931    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1103  heavy metal efflux pump CzcA  54.68 
 
 		 1051 aa  1101    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.953555 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0411  heavy metal efflux pump CzcA  53.6 
 
 		 1043 aa  1130    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1931  Co/Zn/Cd efflux system membrane component  59.37 
 
 		 1039 aa  1275    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.412028  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2703  CzcA family heavy metal efflux protein  54.53 
 
 		 1059 aa  1130    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1483  CzcA family heavy metal efflux protein  54.17 
 
 		 1043 aa  1127    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3935  ATP synthase F1, alpha subunit  58.94 
 
 		 1042 aa  1228    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4657  heavy metal efflux pump CzcA  55.57 
 
 		 1052 aa  1131    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.306321 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0504  heavy metal efflux pump CzcA  36.31 
 
 		 1031 aa  638    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3362  CzcA family heavy metal efflux protein  65.59 
 
 		 1039 aa  1330    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3983  CzcA family heavy metal efflux protein  57.55 
 
 		 1045 aa  1241    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3491  heavy metal efflux pump CzcA  71.87 
 
 		 1056 aa  1520    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0022  CzcA family heavy metal efflux protein  89.98 
 
 		 1052 aa  1877    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365409 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3643  cation efflux system protein  54.6 
 
 		 1063 aa  1124    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3509  heavy metal efflux pump CzcA  56.81 
 
 		 1042 aa  1229    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3402  CzcA family heavy metal efflux protein  67.5 
 
 		 1068 aa  1413    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2741  heavy metal efflux pump CzcA  55.74 
 
 		 1043 aa  1115    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0319  CzcA family heavy metal RND efflux protein  66.16 
 
 		 1070 aa  1409    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4513  CzcA family heavy metal efflux protein  73 
 
 		 1055 aa  1529    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4359  heavy metal efflux pump CzcA  54.56 
 
 		 1060 aa  1116    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4404  heavy metal efflux pump CzcA  54.21 
 
 		 1065 aa  1113    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0136  CzcA family heavy metal efflux protein  60.31 
 
 		 1040 aa  1269    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1370  heavy metal efflux pump, CzcA family protein  59.58 
 
 		 1042 aa  1292    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.775676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1854  heavy metal efflux pump CzcA  54.88 
 
 		 1060 aa  1106    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.871861  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5182  CzcA family heavy metal efflux protein  66.76 
 
 		 1068 aa  1416    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.669903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6136  proton antiporter cation efflux protein SilA  72.58 
 
 		 1056 aa  1531    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0754089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0593  cation efflux system protein cusA  67.43 
 
 		 1047 aa  1442    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0550143  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0332  CzcA family heavy metal RND efflux protein  66.25 
 
 		 1070 aa  1410    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.744474  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5033  copper and silver tricomponent efflux pump cusA  71.9 
 
 		 1055 aa  1520    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.252663 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2393  heavy metal efflux pump CzcA  68.47 
 
 		 1044 aa  1431    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.73106  normal  0.0219915 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2441  heavy metal efflux pump CzcA  69.75 
 
 		 1044 aa  1451    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2550  heavy metal efflux pump CzcA  72.67 
 
 		 1047 aa  1527    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.750026  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_4264  CzcA family heavy metal efflux protein  44.9 
 
 		 1092 aa  931    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0061881 
 
 
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NC_008061  Bcen_4765  heavy metal efflux pump CzcA  67.5 
 
 		 1068 aa  1413    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008228  Patl_2392  CzcA family heavy metal efflux protein  58.74 
 
 		 1045 aa  1224    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008242  Meso_4386  CzcA family heavy metal efflux protein  55.46 
 
 		 1058 aa  1124    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_3783  CzcA family heavy metal efflux protein  57.65 
 
 		 1045 aa  1249    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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