131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2926 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2926  peptidase C39 bacteriocin processing  100 
 
 		 226 aa  463  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2834  peptidase C39, bacteriocin processing  96.02 
 
 		 226 aa  454  1e-127  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.222444  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2855  hypothetical protein  95.58 
 
 		 226 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2765  peptidase C39 bacteriocin processing  88.05 
 
 		 226 aa  426  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2595  peptidase C39, bacteriocin processing  70.8 
 
 		 226 aa  354  5.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.369961 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39250  putative double-glycine peptidase  62.83 
 
 		 226 aa  310  9e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050482  normal  0.369017 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2091  peptidase C39 bacteriocin processing  50.49 
 
 		 234 aa  217  1e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0732241 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2967  peptidase C39, bacteriocin processing  46.46 
 
 		 227 aa  215  5.9999999999999996e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4127  peptidase C39 bacteriocin processing  46.26 
 
 		 235 aa  202  3e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000936066 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0933  C39 family peptidase  39.56 
 
 		 236 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.212685  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2960  peptidase C39 bacteriocin processing  37.61 
 
 		 237 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0402092  normal  0.773236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1024  putative peptidase  37.61 
 
 		 237 aa  171  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0531887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2446  peptidase C39 bacteriocin processing  43.02 
 
 		 235 aa  158  7e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3089  peptidase C39 bacteriocin processing  38.32 
 
 		 238 aa  156  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3435  peptidase C39 bacteriocin processing  38.32 
 
 		 238 aa  155  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.254055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2175  peptidase C39, bacteriocin processing  37.97 
 
 		 237 aa  142  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.811326  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3462  peptidase C39, bacteriocin processing  42.22 
 
 		 261 aa  132  3.9999999999999996e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1020  peptidase C39 bacteriocin processing  39.34 
 
 		 235 aa  131  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0738  peptidase C39, bacteriocin processing  42.22 
 
 		 234 aa  131  9e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.772162  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1155  peptidase C39, bacteriocin processing  39.39 
 
 		 203 aa  131  9e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0445  putative signal peptide protein  37.57 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.248925 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2584  peptidase C39, bacteriocin processing  34.69 
 
 		 251 aa  125  4.0000000000000003e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0321  peptidase C39 bacteriocin processing  39.61 
 
 		 227 aa  125  6e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.337286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0336  peptidase C39 bacteriocin processing  39.61 
 
 		 227 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.752621 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5873  peptidase (C39-family, bacteriocin processing)  39.87 
 
 		 232 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3210  C39 family peptidase  36.42 
 
 		 231 aa  122  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5392  peptidase C39, bacteriocin processing  40 
 
 		 209 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0260975  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2316  peptidase C39, bacteriocin processing  35.85 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.543976  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1801  peptidase C39, bacteriocin processing  34.64 
 
 		 266 aa  108  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41780  hypothetical protein  33.54 
 
 		 253 aa  106  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0785  peptidase C39 bacteriocin processing  40.65 
 
 		 427 aa  107  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.297572  normal  0.031231 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2422  peptidase C39 bacteriocin processing  33.97 
 
 		 251 aa  106  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000506928  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3545  hypothetical protein  32.91 
 
 		 253 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.101815  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2536  peptidase C39, bacteriocin processing  32.95 
 
 		 253 aa  105  6e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.160882  hitchhiker  0.00642935 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03496  hypothetical protein  34.15 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3887  peptidase C39, bacteriocin processing  33.56 
 
 		 244 aa  82.8  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000193962  decreased coverage  0.00447347 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0475  bacteriocin-processing peptidase  36.17 
 
 		 1018 aa  78.2  0.00000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.977404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0929  bacteriocin-processing peptidase  35.82 
 
 		 1040 aa  75.9  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.247839  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4002  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  34.75 
 
 		 1018 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3834  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporter  35.82 
 
 		 1018 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.823997 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4701  ABC transporter related protein  35.71 
 
 		 728 aa  67.4  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0115772  normal  0.281049 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3038  peptidase C39 bacteriocin processing  31.08 
 
 		 209 aa  65.1  0.0000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.227483  normal  0.191518 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6118  ABC transporter related  28.67 
 
 		 731 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0406  ABC transporter related  25.9 
 
 		 725 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.330383  n/a   
 
 
-
 
NC_009796  CCC13826_1371  peptidase family protein  28.82 
 
 		 197 aa  58.9  0.00000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2431  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  27.92 
 
 		 759 aa  58.2  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00637775  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0112  ABC transporter related  28.15 
 
 		 727 aa  57  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0939  ABC transporter related  29.63 
 
 		 721 aa  56.6  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000202507  normal  0.210316 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0075  ABC transporter-like protein protein  26.49 
 
 		 722 aa  56.2  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.254201  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4383  bacteriocin-processing peptidase  28.79 
 
 		 1011 aa  55.8  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.443877  normal  0.0633498 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3040  ABC transporter related  26.11 
 
 		 734 aa  55.8  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.638019 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1082  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease protein, putative  31.11 
 
 		 738 aa  55.5  0.0000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.706831  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2230  hypothetical protein  26.87 
 
 		 715 aa  55.5  0.0000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0092  ABC transporter related  24.63 
 
 		 727 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.353929  normal  0.0328949 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0728  cyclic nucleotide-regulated ABC bacteriocin/lantibiotic exporters  28.35 
 
 		 1013 aa  55.1  0.0000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.637206  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2265  ABC-type bacteriocin transporter  33.1 
 
 		 727 aa  55.1  0.0000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0622  bacteriocin-processing peptidase  26.95 
 
 		 722 aa  54.7  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.44571  normal  0.575885 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0534  bacteriocin-processing peptidase  30.82 
 
 		 727 aa  53.9  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0782715  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2167  ABC transporter related  27.08 
 
 		 696 aa  52.4  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0837291  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1129  ABC transporter, transmembrane region  26.92 
 
 		 748 aa  52.4  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00231099  normal  0.125208 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0904  ABC transporter related  25.58 
 
 		 1717 aa  52  0.000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.971104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0225  bacteriocin-processing peptidase  27.91 
 
 		 908 aa  50.8  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2398  bacteriocin-processing peptidase  27.07 
 
 		 716 aa  50.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0391365  hitchhiker  0.0000309205 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0474  ABC transporter related  24.44 
 
 		 695 aa  50.8  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2150  peptidase C39, bacteriocin processing  28.89 
 
 		 186 aa  50.4  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  normal  0.0669823 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2857  cyclic nucleotide-binding protein  27.13 
 
 		 1038 aa  50.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.590453  hitchhiker  0.00593059 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0582  hypothetical protein  27.92 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0873  ATPase  24.54 
 
 		 724 aa  50.1  0.00003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.536702 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2503  ATPase  26.32 
 
 		 715 aa  50.1  0.00003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.479102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2331  ABC transporter-related protein  24.54 
 
 		 724 aa  50.1  0.00003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3264  cyclic nucleotide-binding protein  27.13 
 
 		 1038 aa  49.7  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0425  bacteriocin ABC transporter, ATP-binding/permease, putative  29.5 
 
 		 721 aa  49.7  0.00004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0055  peptidase family protein  27.66 
 
 		 198 aa  49.3  0.00004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1271  ABC transporter related  29.37 
 
 		 737 aa  49.7  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3347  ABC-type bacteriocin transporter  30 
 
 		 721 aa  49.7  0.00004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0880292 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3424  cyclic nucleotide-binding protein  27.13 
 
 		 906 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1000  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  27.48 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0293  peptidase  27.48 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1138  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  27.48 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.121272  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0274  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  27.48 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0259681  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1818  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  27.48 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.263264  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1734  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  27.48 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.304793  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1322  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  27.48 
 
 		 707 aa  49.3  0.00005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0655788  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4795  ABC transporter related  28.4 
 
 		 741 aa  49.3  0.00005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.112132  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3454  ABC transporter related  25.56 
 
 		 706 aa  49.3  0.00005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2680  cyclic nucleotide-binding protein  27.13 
 
 		 906 aa  49.3  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4179  ABC transporter related  27.78 
 
 		 706 aa  48.9  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.631711  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4187  ABC transporter related  27.78 
 
 		 706 aa  48.9  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.238139 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3330  ABC transporter related  27.78 
 
 		 706 aa  48.9  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.480846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1296  ABC transporter related  29.21 
 
 		 730 aa  48.5  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3122  ABC transporter related  26.23 
 
 		 721 aa  48.5  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.742255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1133  bacteriocin-processing peptidase  25.97 
 
 		 714 aa  48.5  0.00009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.156219  normal  0.573302 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0167  ABC-type bacteriocin transporter family protein  27.97 
 
 		 739 aa  47.8  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4229  ABC transporter related protein  26.49 
 
 		 726 aa  48.1  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04477  colicin V secretion/processing ATP-binding protein CvaB/putative ABC transporter protein required for AvrXa21 activity B (raxB)  25.97 
 
 		 719 aa  47.8  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265194  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8163  ABC transporter related  26.72 
 
 		 767 aa  47  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1838  antibiotic ABC transporter permease  27.08 
 
 		 706 aa  47.4  0.0002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.804625  normal  0.506284 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4346  ABC transporter related  27.42 
 
 		 726 aa  47.4  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.345165  normal  0.461929 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0068  peptidase family protein  25.52 
 
 		 199 aa  47.8  0.0002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0558  ABC transporter related  26.51 
 
 		 725 aa  47.4  0.0002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.463125 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>