124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2904 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2904  bile acid:sodium symporter  100 
 
 		 334 aa  659    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.731183  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2877  bile acid/Na+ symporter family protein  97.59 
 
 		 333 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2812  bile acid:sodium symporter  96.95 
 
 		 333 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.885659  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2382  bile acid:sodium symporter  94.53 
 
 		 330 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3262  hypothetical protein  71.83 
 
 		 333 aa  442  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38320  bile acid/Na+ symporter family transporter  71.97 
 
 		 333 aa  429  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0277216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3255  bile acid:sodium symporter  75.38 
 
 		 332 aa  424  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.50904 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4465  bile acid:sodium symporter  73.93 
 
 		 333 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3390  sodium/bile acid symporter family protein  61.14 
 
 		 346 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0532  sodium/bile acid symporter family protein  61.14 
 
 		 382 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180228  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3064  sodium/bile acid symporter family protein  61.14 
 
 		 346 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2029  sodium/bile acid symporter family protein  61.14 
 
 		 346 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0339  sodium/bile acid symporter family protein  61.14 
 
 		 346 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0352  sodium/bile acid symporter family protein  61.14 
 
 		 346 aa  375  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.446247  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2255  sodium/bile acid symporter family protein  61.14 
 
 		 346 aa  375  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3465  bile acid:sodium symporter  58.86 
 
 		 348 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.440703 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0302  sodium/bile acid symporter family protein  60.73 
 
 		 394 aa  363  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2965  bile acid:sodium symporter  60.9 
 
 		 343 aa  361  1e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2880  bile acid:sodium symporter  60.66 
 
 		 347 aa  358  7e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3177  bile acid:sodium symporter  60.82 
 
 		 347 aa  355  5e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.98524  normal  0.0121029 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3017  bile acid:sodium symporter  60.06 
 
 		 347 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6319  bile acid/sodium symporter  60 
 
 		 343 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0152  bile acid:sodium symporter  60.79 
 
 		 340 aa  352  5e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.20925 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2356  bile acid:sodium symporter  61.04 
 
 		 343 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2970  bile acid:sodium symporter  61.04 
 
 		 343 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2990  bile acid:sodium symporter  60.74 
 
 		 343 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2144  Bile acid:sodium symporter  57.85 
 
 		 333 aa  345  6e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2738  hypothetical protein  60.92 
 
 		 329 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.889143  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3402  hypothetical protein  61.3 
 
 		 329 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.431314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2565  bile acid/Na+ symporter family protein  60.3 
 
 		 332 aa  340  2e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000897855  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2770  sodium:bile acid symporter family protein  60.3 
 
 		 332 aa  340  2e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264758  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2697  bile acid/Na+ symporter family protein  60.3 
 
 		 332 aa  339  4e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000209356  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3641  sodium:bile acid symporter family protein  60.3 
 
 		 332 aa  339  4e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000261961  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02270  hypothetical protein  60 
 
 		 332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000838069  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02309  predicted inner membrane protein  60 
 
 		 332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000832535  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1252  Bile acid:sodium symporter  60 
 
 		 332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000190028  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2544  bile acid/Na+ symporter family protein  60 
 
 		 332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000983747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1269  bile acid:sodium symporter  60 
 
 		 332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000908139  hitchhiker  0.000128844 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1906  Bile acid:sodium symporter  55.69 
 
 		 331 aa  335  9e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5029  hypothetical protein  55.94 
 
 		 330 aa  334  1e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3619  Bile acid:sodium symporter  56.74 
 
 		 344 aa  331  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4282  putative sodium/bile acid symporter family protein  61.33 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.175014 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2501  bile acid:sodium symporter  57.45 
 
 		 324 aa  330  2e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0112  hypothetical protein  53.12 
 
 		 328 aa  330  2e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0657186 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3320  Bile acid:sodium symporter  55.39 
 
 		 334 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0427  Bile acid:sodium symporter  62.27 
 
 		 342 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.866752 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04030  bile acid/sodium symporter  54.63 
 
 		 334 aa  329  5.0000000000000004e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2334  Bile acid:sodium symporter  55.73 
 
 		 329 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.87771  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2937  bile acid:sodium symporter  57.27 
 
 		 331 aa  320  1.9999999999999998e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00230251  normal  0.120648 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0321  Bile acid:sodium symporter  56.65 
 
 		 323 aa  320  1.9999999999999998e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.15131 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2660  transporter bile acid/Na+ symporter family  58.13 
 
 		 332 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2569  transporter, bile acid/Na+ symporter family  58.13 
 
 		 332 aa  320  1.9999999999999998e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000515206  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2618  bile acid/Na+ symporter family protein  57.83 
 
 		 332 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2034  Bile acid:sodium symporter  56.7 
 
 		 330 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.639895  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2684  bile acid/Na+ symporter family transporter  57.83 
 
 		 332 aa  318  6e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.68374  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2790  bile acid/Na+ symporter family transporter  57.83 
 
 		 332 aa  317  3e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1064  sodium/bile acid symporter family protein  56.25 
 
 		 321 aa  316  4e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.763791  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1029  sodium/bile acid symporter family protein  56.25 
 
 		 321 aa  316  4e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2250  hypothetical protein  57.28 
 
 		 332 aa  313  1.9999999999999998e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002288 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2714  bile acid:sodium symporter  53.01 
 
 		 331 aa  311  1e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.476045  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2148  bile acid:sodium symporter  53.89 
 
 		 344 aa  311  1e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1880  putative sodium/bile acid symporter family protein  55.62 
 
 		 342 aa  305  6e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1994  hypothetical protein  55.62 
 
 		 342 aa  305  7e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2266  putative sodium/bile acid symporter family protein  55.32 
 
 		 342 aa  305  1.0000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3442  bile acid:sodium symporter  57.59 
 
 		 330 aa  303  4.0000000000000003e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.176045  hitchhiker  0.000533491 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0247  bile acid:sodium symporter  55.35 
 
 		 324 aa  297  2e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0527  hypothetical protein  44.98 
 
 		 363 aa  284  1.0000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000523356 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1098  bile acid:sodium symporter  50.48 
 
 		 336 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.981697  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0139  hypothetical protein  50.97 
 
 		 326 aa  281  8.000000000000001e-75  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2484  bile acid:sodium symporter  50.8 
 
 		 331 aa  281  9e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.846841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4831  putative symporter family protein  53.28 
 
 		 332 aa  277  2e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.900242  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1364  hypothetical protein  46.57 
 
 		 340 aa  275  1.0000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.953103  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0326  Bile acid:sodium symporter  45.17 
 
 		 325 aa  271  8.000000000000001e-72  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0453748 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0585  lipoprotein transmembrane  44.35 
 
 		 341 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2484  bile acid:sodium symporter  46.44 
 
 		 328 aa  268  8e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.284228  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2813  Bile acid:sodium symporter  45.23 
 
 		 343 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2407  Bile acid:sodium symporter  45.23 
 
 		 343 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.195437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4937  Bile acid:sodium symporter  49.53 
 
 		 335 aa  265  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3716  Bile acid:sodium symporter  47.84 
 
 		 343 aa  264  1e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0440669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0525  bile acid:sodium symporter  48.61 
 
 		 336 aa  261  1e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0866  bile acid:sodium symporter  49.51 
 
 		 339 aa  260  3e-68  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.964069  normal  0.299881 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2538  lipoprotein transmembrane  46.49 
 
 		 358 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.405057 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4216  Bile acid:sodium symporter  50 
 
 		 329 aa  258  1e-67  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4379  bile acid:sodium symporter  46.69 
 
 		 322 aa  255  7e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.603742 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0807  Bile acid:sodium symporter  44 
 
 		 357 aa  245  8e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.308554 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3613  bile acid:sodium symporter  43.16 
 
 		 338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.423949  hitchhiker  0.00964207 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17200  predicted Na+-dependent transporter  47.59 
 
 		 328 aa  243  3e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4204  bile acid:sodium symporter  49.24 
 
 		 330 aa  242  6e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.360906 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3572  hypothetical protein  51.62 
 
 		 328 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2427  bile acid:sodium symporter  38.01 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0574524  normal  0.0414588 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2649  bile acid:sodium symporter  52.46 
 
 		 335 aa  222  8e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.19525 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1125  Bile acid:sodium symporter  44.67 
 
 		 341 aa  217  2e-55  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2181  bile acid:sodium symporter  41.93 
 
 		 323 aa  217  2.9999999999999998e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3205  Bile acid:sodium symporter  44.65 
 
 		 328 aa  214  9.999999999999999e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000245995 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4668  Na+-dependent transporter-like protein  40.12 
 
 		 337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0909  transporter, sodium/bile acid symporter family  47.9 
 
 		 326 aa  209  5e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.582064  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3818  bile acid:sodium symporter  40.85 
 
 		 332 aa  207  2e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.530909  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0648  transporter, putative  38.3 
 
 		 342 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1899  Bile acid:sodium symporter  39.27 
 
 		 338 aa  205  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0747  transporter, putative  38.99 
 
 		 342 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>