50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2854 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2854  hypothetical protein  100 
 
 
85 aa  173  8e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.561027  normal  0.0963885 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3238  PAAR repeat-containing protein  61.18 
 
 
85 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198697  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3115  PAAR repeat-containing protein  61.18 
 
 
85 aa  113  9e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2610  hypothetical protein  62.35 
 
 
85 aa  113  1e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.408788  normal  0.0150385 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3019  hypothetical protein  63.53 
 
 
84 aa  107  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.746993 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6127  PAAR repeat-containing protein  58.82 
 
 
84 aa  106  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0581987  normal  0.43186 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6138  PAAR repeat-containing protein  57.65 
 
 
94 aa  104  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.617294 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4045  hypothetical protein  56.47 
 
 
88 aa  96.7  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0685  PAAR  40.79 
 
 
379 aa  59.7  1e-08  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3826  PAAR repeat-containing protein  38.95 
 
 
99 aa  57  9e-08  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3756  hypothetical protein  40.54 
 
 
386 aa  56.6  1e-07  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.136459  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  40 
 
 
113 aa  50.8  6e-06  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4969  PAAR  39.24 
 
 
102 aa  49.7  1e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05511  paar motif family  39.24 
 
 
86 aa  47  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0211513  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00394  hypothetical protein  40.3 
 
 
88 aa  45.8  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33074  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2301  PAAR repeat-containing protein  46 
 
 
87 aa  45.8  0.0002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.360683  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1664  PAAR repeat-containing protein  35.23 
 
 
96 aa  45.1  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.121011 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3806  PAAR  32.94 
 
 
165 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.159045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13390  hypothetical protein  37.65 
 
 
131 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.694836  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1650  hypothetical protein  35.16 
 
 
94 aa  43.9  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1612  PAAR motif-containing protein  49.21 
 
 
87 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0130  PAAR motif-containing protein  49.21 
 
 
87 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3827  PAAR repeat-containing protein  39.29 
 
 
87 aa  43.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.86819  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2816  PAAR repeat-containing protein  35.23 
 
 
96 aa  43.1  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1878  hypothetical protein  39.29 
 
 
87 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0199793  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0943  hypothetical protein  39.29 
 
 
87 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00127142  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7616  hypothetical protein  50 
 
 
86 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4114  PAAR repeat-containing protein  32.63 
 
 
96 aa  43.5  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.916002  hitchhiker  0.00152888 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0103  PAAR motif-containing protein  49.21 
 
 
87 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4633  hypothetical protein  29.41 
 
 
177 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.53967  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1586  PAAR motif-containing protein  49.21 
 
 
87 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.160727  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0203  PAAR motif-containing protein  49.21 
 
 
87 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00559285  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  32.97 
 
 
96 aa  42.4  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4551  PAAR repeat-containing protein  34.67 
 
 
185 aa  42.4  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03898  paar motif family  44.44 
 
 
137 aa  42  0.003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.356089  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05224  hypothetical protein  34.25 
 
 
88 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1693  PAAR motif-containing protein  47.62 
 
 
87 aa  42  0.003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0479  hypothetical protein  38.18 
 
 
188 aa  42  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000400722  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2332  PAAR  37.93 
 
 
87 aa  41.6  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.311814 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5205  PAAR repeat-containing protein  38.27 
 
 
85 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  4.29039e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3189  PAAR  31.76 
 
 
179 aa  41.6  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  5.63624e-08  normal  0.0101045 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5430  hypothetical protein  33.75 
 
 
174 aa  41.2  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0093  hypothetical protein  31.65 
 
 
481 aa  41.2  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2190  PAAR  35.8 
 
 
88 aa  40.8  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53640  hypothetical protein  31.76 
 
 
172 aa  40.8  0.006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0232155  hitchhiker  0.000303708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5592  PAAR  35.44 
 
 
469 aa  40.4  0.007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  36.92 
 
 
118 aa  40.8  0.007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3217  hypothetical protein  41.38 
 
 
90 aa  40.8  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0242808 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0961  hypothetical protein  32.84 
 
 
88 aa  40.8  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.915695 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3817  PAAR  32.91 
 
 
181 aa  40.4  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.153298  normal  0.545183 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>