More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2799 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 269 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  84.39 
 
 		 269 aa  443  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  85.87 
 
 		 269 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 273 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  52.61 
 
 		 308 aa  279  4e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  56.46 
 
 		 271 aa  277  1e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 271 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 266 aa  225  7e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  36.68 
 
 		 280 aa  177  2e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 280 aa  175  9e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 285 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 272 aa  160  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 260 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 273 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  40.61 
 
 		 261 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 282 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  35.82 
 
 		 277 aa  153  2e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 277 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 281 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2911  transcriptional regulator, AraC family  35.25 
 
 		 277 aa  152  8e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 282 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1551  transcriptional regulator, AraC family  35.34 
 
 		 281 aa  149  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 281 aa  146  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 281 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 282 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 272 aa  143  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 279 aa  143  3e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 282 aa  142  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 281 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  36.12 
 
 		 271 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  35.74 
 
 		 271 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 273 aa  122  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2399  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 277 aa  118  7.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  33.61 
 
 		 281 aa  116  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 285 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 278 aa  115  7.999999999999999e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4141  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 278 aa  109  4.0000000000000004e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000207295  hitchhiker  0.0000292463 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 283 aa  108  7.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 266 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 276 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 276 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 276 aa  107  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1472  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 269 aa  107  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.462639  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 279 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 278 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 280 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 280 aa  103  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 281 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 275 aa  103  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 273 aa  100  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  31.6 
 
 		 268 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_003296  RS01763  transcription regulator protein  32.84 
 
 		 274 aa  98.6  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.246898 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 278 aa  98.6  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  27.1 
 
 		 278 aa  98.2  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  30.07 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  28.35 
 
 		 257 aa  98.2  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 277 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 277 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 278 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 268 aa  97.1  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 276 aa  96.7  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 276 aa  95.9  6e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 312 aa  95.5  8e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  32.81 
 
 		 264 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 275 aa  95.1  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 279 aa  94.7  1e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  30.24 
 
 		 278 aa  94.7  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 264 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3066  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 275 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.324544  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1549  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 		 311 aa  94  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00923391  normal  0.0459445 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 269 aa  94  2e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 272 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  29.28 
 
 		 275 aa  93.6  3e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 300 aa  93.2  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 277 aa  92.8  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  31.58 
 
 		 264 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 278 aa  92.4  8e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 276 aa  92  9e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 300 aa  91.3  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 284 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 274 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 280 aa  91.3  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  27.69 
 
 		 275 aa  90.9  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  31.46 
 
 		 284 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 258 aa  90.9  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0007  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 272 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 278 aa  90.5  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 264 aa  90.1  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  30.53 
 
 		 271 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 278 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  26.55 
 
 		 283 aa  89.7  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 278 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3564  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 264 aa  89.7  5e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 275 aa  89.7  5e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>