93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2758 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2758  PAAR repeat-containing protein  100 
 
 		 406 aa  813    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.011226  normal  0.594441 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3426  hypothetical protein  50.92 
 
 		 386 aa  176  8e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.967185  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3017  PAAR repeat-containing protein  47.47 
 
 		 444 aa  139  7.999999999999999e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.501568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  44.6 
 
 		 1229 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  43.79 
 
 		 1410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  43.27 
 
 		 1421 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  41.21 
 
 		 1411 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  39.13 
 
 		 1359 aa  125  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  41.43 
 
 		 1446 aa  124  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  37.07 
 
 		 1385 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  39.9 
 
 		 1400 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0373  Rhs family protein  44.44 
 
 		 855 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  40.83 
 
 		 1409 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4081  Rhs family protein  41.98 
 
 		 1140 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.451767  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  37.74 
 
 		 1419 aa  107  3e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  40.85 
 
 		 1379 aa  105  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  39.74 
 
 		 1494 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  39.74 
 
 		 1487 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  39.74 
 
 		 1494 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0650  YD repeat protein  32.91 
 
 		 1422 aa  100  6e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.614814  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  39.74 
 
 		 1495 aa  99.8  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  47.85 
 
 		 1386 aa  99.4  1e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0499  YD repeat-containing protein  39.88 
 
 		 1604 aa  97.8  3e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  36.1 
 
 		 1390 aa  96.7  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  36.1 
 
 		 1402 aa  96.7  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  36.1 
 
 		 1418 aa  95.9  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  37.76 
 
 		 1437 aa  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  38.62 
 
 		 1475 aa  91.3  3e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  32.83 
 
 		 1447 aa  90.9  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2694  YD repeat protein  33.33 
 
 		 1428 aa  90.5  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00194911  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  40.38 
 
 		 1517 aa  90.5  5e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  38.62 
 
 		 1457 aa  89.4  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  43.75 
 
 		 1423 aa  83.2  0.000000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  37.5 
 
 		 1583 aa  80.1  0.00000000000006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0483  PAAR repeat-containing protein  37.28 
 
 		 597 aa  79.3  0.0000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01140  hypothetical protein  41.09 
 
 		 439 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.337487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0167  PAAR motif-containing protein  41.09 
 
 		 434 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0585  YD repeat-containing protein  44.9 
 
 		 1600 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3079  YD repeat-containing protein  44.9 
 
 		 1505 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00723203  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0647  RHS Repeat family protein  42.98 
 
 		 1616 aa  74.7  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  57.35 
 
 		 1530 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  34.52 
 
 		 1654 aa  69.7  0.00000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  40 
 
 		 1527 aa  63.2  0.000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  35.57 
 
 		 1381 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3775  helix-turn-helix, AraC type  50.65 
 
 		 540 aa  61.2  0.00000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0699  PAAR repeat-containing protein  48.65 
 
 		 113 aa  58.9  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2512  PAAR repeat-containing protein  46.43 
 
 		 461 aa  58.2  0.0000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1081  hypothetical protein  44 
 
 		 102 aa  57.4  0.0000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.738335 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000030  hypothetical protein  44.68 
 
 		 96 aa  57.8  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3237  PAAR repeat-containing protein  44.05 
 
 		 456 aa  56.6  0.0000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1375  hypothetical protein  42.86 
 
 		 86 aa  55.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1933  hypothetical protein  42.86 
 
 		 86 aa  55.8  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.437676  normal  0.622076 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1487  hypothetical protein  42.86 
 
 		 86 aa  55.8  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0335  phosphomethylpyrimidine kinase  46.38 
 
 		 466 aa  56.2  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1762  S-type Pyocin domain protein  37.98 
 
 		 592 aa  55.1  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.842268  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  34.4 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2358  PAAR repeat-containing protein  50 
 
 		 96 aa  54.3  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  34.4 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2824  PAAR repeat-containing protein  41.67 
 
 		 456 aa  53.9  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  34.4 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  34.4 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  34.4 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  34.4 
 
 		 1541 aa  53.9  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2789  PAAR  39.08 
 
 		 105 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0285082  normal  0.643653 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6683  PAAR repeat-containing protein  45.33 
 
 		 88 aa  51.2  0.00004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2560  PAAR repeat-containing protein  41.89 
 
 		 174 aa  50.8  0.00005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.801514  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2373  PAAR repeat-containing protein  50.75 
 
 		 96 aa  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0352022 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3018  PAAR repeat-containing protein  44 
 
 		 88 aa  49.7  0.00009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.820198  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1832  hypothetical protein  41.03 
 
 		 118 aa  49.7  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.643007 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  33.94 
 
 		 1553 aa  49.3  0.0001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3584  PAAR repeat-containing protein  43.06 
 
 		 84 aa  48.5  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.78186 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0130  Rhs family protein  41.89 
 
 		 89 aa  48.1  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.904339  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3257  phospholipase  42.47 
 
 		 101 aa  48.5  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1614  Rhs family protein  41.89 
 
 		 89 aa  48.1  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0167  Rhs family protein  41.89 
 
 		 91 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.688933  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2373  hypothetical protein  46.43 
 
 		 94 aa  48.1  0.0003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0144  PAAR motif-containing protein  41.89 
 
 		 91 aa  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.352766  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0895  hypothetical protein  36.56 
 
 		 89 aa  47  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.457574 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2557  hypothetical protein  36.51 
 
 		 1200 aa  47.4  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.387316  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1039  PAAR  36.56 
 
 		 89 aa  47  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03898  paar motif family  38.57 
 
 		 137 aa  47.4  0.0005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.356089  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1157  PAAR repeat-containing protein  43.84 
 
 		 100 aa  46.2  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.811725  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1907  PAAR repeat-containing protein  40 
 
 		 93 aa  45.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0142709  hitchhiker  0.000734481 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0240  PAAR repeat-containing protein  41.89 
 
 		 113 aa  45.4  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4258  PAAR repeat-containing protein  39.74 
 
 		 169 aa  43.9  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2823  PAAR  36.62 
 
 		 113 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.248108  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3606  PAAR repeat-containing protein  39.19 
 
 		 96 aa  44.3  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3156  PAAR repeat-containing protein  41.67 
 
 		 96 aa  43.9  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3928  PAAR repeat-containing protein  42.25 
 
 		 100 aa  43.5  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00719724  normal  0.0225395 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1671  hypothetical protein  31.58 
 
 		 1202 aa  43.5  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1867  hypothetical protein  44.83 
 
 		 107 aa  43.5  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5249  PAAR repeat-containing protein  41.43 
 
 		 96 aa  43.1  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000530651 
 
 
-
 
NC_002978  WD0641  hypothetical protein  36.76 
 
 		 84 aa  43.1  0.01  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.73895  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>