More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2711 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4911  L-serine dehydratase 1  75.11 
 
 		 458 aa  687    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0049698 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0322  L-serine dehydratase 1  75.55 
 
 		 458 aa  693    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0297  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  74.67 
 
 		 458 aa  687    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000246036 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  95.85 
 
 		 458 aa  897    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  91.27 
 
 		 458 aa  853    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0317  L-serine dehydratase 1  74.67 
 
 		 458 aa  687    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0491818 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1886  L-serine dehydratase 1  70.96 
 
 		 458 aa  650    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0732731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3522  Iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase single chain form  70.74 
 
 		 458 aa  647    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0920  L-serine ammonia-lyase  78.74 
 
 		 458 aa  710    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5237  L-serine ammonia-lyase  73.86 
 
 		 458 aa  676    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0233321 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  95.41 
 
 		 458 aa  896    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71060  L-serine dehydratase  75.76 
 
 		 458 aa  687    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  100 
 
 		 458 aa  934    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6165  L-serine dehydratase  76.42 
 
 		 485 aa  694    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0982  L-serine ammonia-lyase  66.45 
 
 		 459 aa  602  1.0000000000000001e-171  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0527  L-serine dehydratase 1  64.92 
 
 		 459 aa  571  1e-161  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  61.3 
 
 		 458 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  61.22 
 
 		 458 aa  560  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  60.87 
 
 		 458 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  60.87 
 
 		 458 aa  553  1e-156  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  59.91 
 
 		 458 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  61.42 
 
 		 458 aa  542  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  59.61 
 
 		 457 aa  543  1e-153  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  60.78 
 
 		 469 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3280  L-serine dehydratase 1  60.43 
 
 		 460 aa  540  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.984034 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  60.81 
 
 		 463 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  58.35 
 
 		 458 aa  535  1e-151  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  59.91 
 
 		 457 aa  536  1e-151  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  59.91 
 
 		 458 aa  535  1e-151  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  59.13 
 
 		 455 aa  532  1e-150  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  57.68 
 
 		 475 aa  531  1e-150  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  60.17 
 
 		 462 aa  532  1e-150  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  59.23 
 
 		 463 aa  532  1e-150  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  61.42 
 
 		 462 aa  533  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3251  L-serine ammonia-lyase  60.17 
 
 		 462 aa  528  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  59.74 
 
 		 462 aa  530  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  61.42 
 
 		 462 aa  530  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  59.1 
 
 		 462 aa  528  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4002  L-serine ammonia-lyase  59.96 
 
 		 462 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2991  L-serine ammonia-lyase  59.96 
 
 		 462 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0131  L-serine ammonia-lyase  59.96 
 
 		 462 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3056  L-serine ammonia-lyase  59.96 
 
 		 462 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.541658  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  59.66 
 
 		 465 aa  526  1e-148  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3314  L-serine ammonia-lyase  59.96 
 
 		 462 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.544154  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1546  L-serine ammonia-lyase  59.96 
 
 		 462 aa  525  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3931  L-serine ammonia-lyase  59.96 
 
 		 462 aa  525  1e-148  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.706313  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  59.53 
 
 		 462 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  58.8 
 
 		 465 aa  524  1e-147  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  58.51 
 
 		 470 aa  523  1e-147  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  59.1 
 
 		 462 aa  522  1e-147  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  57.61 
 
 		 458 aa  521  1e-147  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  59.53 
 
 		 462 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  58.92 
 
 		 460 aa  523  1e-147  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  59.53 
 
 		 462 aa  524  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  59.96 
 
 		 458 aa  518  1e-146  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  55.41 
 
 		 499 aa  518  1e-146  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  58.19 
 
 		 464 aa  520  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0129  L-serine dehydratase 1  59.1 
 
 		 462 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  57.6 
 
 		 462 aa  518  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0141  L-serine dehydratase 1  59.1 
 
 		 462 aa  521  1e-146  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  59.52 
 
 		 458 aa  519  1e-146  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0139  L-serine dehydratase 1  59.53 
 
 		 462 aa  520  1e-146  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  59.37 
 
 		 475 aa  519  1e-146  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  57.58 
 
 		 468 aa  515  1.0000000000000001e-145  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  58.06 
 
 		 462 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  58.26 
 
 		 473 aa  515  1.0000000000000001e-145  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  58.41 
 
 		 459 aa  517  1.0000000000000001e-145  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3164  L-serine dehydratase 1  59.52 
 
 		 458 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  58.32 
 
 		 461 aa  514  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  58.75 
 
 		 461 aa  514  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  56.9 
 
 		 464 aa  511  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  57.91 
 
 		 461 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  57.36 
 
 		 460 aa  514  1e-144  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  58.19 
 
 		 462 aa  512  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  57.27 
 
 		 467 aa  511  1e-144  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  57.91 
 
 		 461 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  58.32 
 
 		 461 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  58.32 
 
 		 472 aa  509  1e-143  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  59.09 
 
 		 458 aa  511  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  56.25 
 
 		 472 aa  511  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0082  L-serine ammonia-lyase  57.69 
 
 		 489 aa  508  1e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  58.32 
 
 		 529 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  58.32 
 
 		 461 aa  511  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  57.32 
 
 		 464 aa  511  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  57.45 
 
 		 461 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  57.02 
 
 		 504 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  57.02 
 
 		 545 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  57.67 
 
 		 490 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3483  L-serine ammonia-lyase  58.66 
 
 		 458 aa  507  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  58.04 
 
 		 457 aa  506  9.999999999999999e-143  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  57.02 
 
 		 504 aa  504  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  55.43 
 
 		 458 aa  500  1e-140  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  55.43 
 
 		 458 aa  499  1e-140  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1196  L-serine ammonia-lyase  57.99 
 
 		 477 aa  499  1e-140  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.741628  normal  0.114508 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  57.7 
 
 		 458 aa  498  1e-140  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1304  L-serine dehydratase 1  55.96 
 
 		 476 aa  498  1e-140  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00039374  normal  0.309635 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1195  L-serine dehydratase 1  57.55 
 
 		 477 aa  494  9.999999999999999e-139  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.197277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  55.84 
 
 		 458 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  55.84 
 
 		 458 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  55.84 
 
 		 458 aa  493  9.999999999999999e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>