More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2694 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2694  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  678    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3061  transcriptional regulator, LysR family  66.01 
 
 		 307 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.638597  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5755  LysR family transcriptional regulator  43.87 
 
 		 333 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.112022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6862  LysR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 333 aa  264  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0273347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  33.23 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.64 
 
 		 316 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 302 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 299 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 341 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.19 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 299 aa  153  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 299 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.98 
 
 		 303 aa  152  8e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 303 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  36.77 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.63 
 
 		 303 aa  149  5e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.01 
 
 		 303 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.3 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.3 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.3 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.3 
 
 		 303 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.3 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.98 
 
 		 303 aa  145  6e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 327 aa  145  6e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 303 aa  146  6e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.77 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  31.02 
 
 		 303 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.23 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.66 
 
 		 303 aa  145  1e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 312 aa  142  7e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1512  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 343 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.410593  normal  0.21533 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.79 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02566  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.21 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.169781  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3605  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 312 aa  139  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.245309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 308 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 310 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 316 aa  136  5e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 317 aa  136  6.0000000000000005e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004252  glycine cleavage system transcriptional activator GcvA  30.79 
 
 		 306 aa  136  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000016906  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.17 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2385  transcriptional regulator, LysR family  32.25 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297689  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2761  transcription regulator protein  31.48 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.21868  normal  0.56038 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.92 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2058  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 301 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3246  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 300 aa  133  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0769279  normal  0.647025 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2670  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 303 aa  132  6e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.38872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 343 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  31.41 
 
 		 339 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5146  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.981039 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2568  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 294 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.87 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.07 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3000  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6692  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363849  normal  0.247449 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1019  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2251  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 317 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.149084  normal  0.781815 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1038  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.143731 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1672  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 331 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.324341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2531  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 295 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4750  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 326 aa  129  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0818  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0786272  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1546  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0468693  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.13 
 
 		 306 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3325  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 298 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.642488  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0247  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 289 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2590  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 308 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0295  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6148  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>