More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2670 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2681  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  79.09 
 
 
574 aa  950    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2670  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  100 
 
 
574 aa  1186    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.142476  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2536  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  88.57 
 
 
346 aa  641    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3180  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain protein  88 
 
 
346 aa  634  1e-180  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1528  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  66.9 
 
 
290 aa  397  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.238888 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1529  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  58.16 
 
 
292 aa  348  1e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1274  Smp-30/Cgr1 family protein  61.6 
 
 
126 aa  168  2e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.79 
 
 
304 aa  164  6e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.707593  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.93 
 
 
301 aa  162  1e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0063  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.99 
 
 
292 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1813  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.6 
 
 
293 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.869871 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3277  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.68 
 
 
303 aa  157  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362955  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6028  transcriptional regulator, IclR family  33.22 
 
 
546 aa  156  1e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0187184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1699  short-chain dehydrogenase  33.1 
 
 
303 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.650982  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19730  oxidoreductase  33.1 
 
 
303 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2143  hypothetical protein  35.52 
 
 
291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1727  gluconolactonase  34.97 
 
 
296 aa  152  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.392106  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
300 aa  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6939  gluconolactonase  34.93 
 
 
308 aa  149  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000441161  normal  0.601759 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1187  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.5 
 
 
306 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.49232  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
302 aa  149  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.662956  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.86 
 
 
306 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.93 
 
 
303 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3696  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.61 
 
 
296 aa  147  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2099  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.56 
 
 
291 aa  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.83958 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
305 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
305 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.143825 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 
303 aa  145  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000170855 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1338  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.64 
 
 
303 aa  144  3e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.935758  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2314  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.69 
 
 
295 aa  144  4e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.122885  normal  0.0745328 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1025  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
303 aa  143  7e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3584  putative 3-oxo-(acyl) acyl carrier protein reductase  34.23 
 
 
305 aa  143  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.185975 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.21 
 
 
302 aa  143  7e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.928177  normal  0.402686 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2259  gluconolactonase  35.25 
 
 
315 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0162749  unclonable  0.0000000178231 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.74 
 
 
710 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.84 
 
 
913 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2064  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.46 
 
 
306 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07111  peroxisomal multifunctional beta-oxidation protein (MFP), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G03900)  31.93 
 
 
903 aa  141  3e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.928702 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2337  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.25 
 
 
289 aa  141  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.992536  normal  0.0209348 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2611  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.23 
 
 
309 aa  141  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.170386 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3088  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.71 
 
 
304 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.119324 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3534  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.9 
 
 
299 aa  141  3e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0305763 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2759  regucalcin family protein  29.21 
 
 
300 aa  141  3.9999999999999997e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000386621 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5252  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.62 
 
 
281 aa  140  6e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2480  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.82 
 
 
305 aa  140  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.145523  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2373  regucalcin-like protein  28.92 
 
 
303 aa  140  8.999999999999999e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2611  regucalcin family protein  28.77 
 
 
300 aa  139  1e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00251849  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2649  regucalcin family protein  28.92 
 
 
300 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00899995  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.72 
 
 
326 aa  139  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.130256  normal  0.744191 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1052  senescence marker protein-30 family protein  31.96 
 
 
294 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2339  regucalcin-like protein  29.31 
 
 
300 aa  137  4e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0568  regucalcin family protein  30.45 
 
 
291 aa  137  4e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  36.72 
 
 
291 aa  137  4e-31  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3586  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.09 
 
 
569 aa  137  5e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63579  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.9 
 
 
287 aa  137  5e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.553198 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3300  gluconolactonase  31.03 
 
 
291 aa  136  8e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_003296  RS05363  hypothetical protein  33.96 
 
 
296 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00449707 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.21 
 
 
288 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.320087 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10149  short-chain type dehydrogenase/reductase  29.37 
 
 
286 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2812  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.82 
 
 
302 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2862  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.82 
 
 
302 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0267306 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2881  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  30.47 
 
 
302 aa  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.204717  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.39 
 
 
287 aa  134  3e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2995  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.82 
 
 
302 aa  135  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4591  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.93 
 
 
300 aa  134  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00253275 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0048  L-arabinonolactonase  31.93 
 
 
300 aa  134  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21615  normal 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54590  predicted protein  32.86 
 
 
901 aa  133  6.999999999999999e-30  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.900491  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2566  regucalcin family protein  28.67 
 
 
300 aa  133  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1040  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.04 
 
 
312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.367735  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4867  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  34.68 
 
 
309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0126426  normal  0.175747 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0015  gluconolactonase  29.45 
 
 
288 aa  132  2.0000000000000002e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0901  senescence marker protein-30 (SMP-30)  30.07 
 
 
294 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.936604  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3214  gluconolactonase  30.58 
 
 
290 aa  132  2.0000000000000002e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1188  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.97 
 
 
292 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.227591  normal  0.0804871 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0091  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
287 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.51 
 
 
287 aa  132  2.0000000000000002e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0938298 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2883  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain-containing protein  30.47 
 
 
302 aa  131  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.300083 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3078  gluconolactonase  30.11 
 
 
290 aa  131  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.118457  normal  0.0313509 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1799  gluconolactonase  33.11 
 
 
309 aa  130  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328228  hitchhiker  0.000281102 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5221  SMP-30/gluconolaconase/LRE-like region  31.93 
 
 
300 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5638  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.93 
 
 
300 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700082  normal  0.0168857 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1987  SMP-30/CGR1 family protein  29.45 
 
 
288 aa  130  8.000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4404  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
306 aa  130  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0264564  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
306 aa  130  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.227424  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4785  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
306 aa  130  8.000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.583445  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH00470  conserved hypothetical protein  29.69 
 
 
315 aa  130  1.0000000000000001e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2046  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.14 
 
 
302 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00681526  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1725  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  31.6 
 
 
296 aa  128  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0000166829  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3407  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  32.1 
 
 
300 aa  128  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.13947  normal  0.0742686 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1592  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.06 
 
 
300 aa  128  3e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1625  senescence marker protein-30 family protein  31.71 
 
 
310 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.89 
 
 
298 aa  127  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0473963 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3664  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  33.45 
 
 
304 aa  127  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000466286  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4241  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  28.77 
 
 
293 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.557262  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0747  senescence marker protein-30 (SMP-30)  30.96 
 
 
284 aa  127  8.000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0550  L-arabinonolactonase  31.45 
 
 
304 aa  125  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621286  normal  0.431982 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3672  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.46 
 
 
299 aa  125  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.382013  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2591  gluconolactonase  31.65 
 
 
312 aa  125  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.000189317  normal  0.0284024 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2571  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  31.85 
 
 
299 aa  124  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.233694  normal  0.0110739 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3209  SMP-30/gluconolaconase/LRE domain-containing protein  32.08 
 
 
301 aa  123  9e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0193044 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>