48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2643 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3250  major facilitator transporter  92.04 
 
 		 427 aa  738    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.840395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2643  major facilitator transporter  100 
 
 		 427 aa  832    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.268366  normal  0.417045 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2661  major facilitator transporter  88.42 
 
 		 439 aa  671    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2512  major facilitator transporter  92.74 
 
 		 427 aa  746    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26360  Major facilitator family protein  70.66 
 
 		 435 aa  575  1.0000000000000001e-163  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1799  major facilitator transporter  71.05 
 
 		 429 aa  556  1e-157  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0377  ATP/ADP translocase-like protein  56.18 
 
 		 430 aa  437  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1530  major facilitator transporter  55.45 
 
 		 438 aa  429  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.749699  normal  0.343883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2784  transporter, putative  58.06 
 
 		 436 aa  425  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1331  major facilitator superfamily MFS_1  56.07 
 
 		 439 aa  402  1e-111  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.865021  normal  0.03557 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4783  putative MFS superfamily transport protein  53.35 
 
 		 453 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.127813  normal  0.486857 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4002  major facilitator transporter  54.74 
 
 		 463 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0029  major facilitator transporter  48.55 
 
 		 448 aa  352  8e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0641866  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4316  hypothetical protein  43.33 
 
 		 445 aa  311  1e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4166  hypothetical protein  43.75 
 
 		 458 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.221707 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3857  hypothetical protein  43.75 
 
 		 458 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0862287 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0448  hypothetical protein  41.75 
 
 		 457 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1229  hypothetical protein  46.21 
 
 		 450 aa  296  4e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1369  hypothetical protein  43.78 
 
 		 442 aa  289  6e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1896  major facilitator transporter  40.66 
 
 		 449 aa  276  4e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.183614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3067  hypothetical protein  35.07 
 
 		 441 aa  223  4.9999999999999996e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.179764 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01661  hypothetical protein  33.7 
 
 		 385 aa  170  4e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.450943  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3730  ATP/ADP translocase-like protein  29.12 
 
 		 400 aa  79.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.374188  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09318  hypothetical protein  26.49 
 
 		 939 aa  78.2  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1797  major facilitator transporter  57.63 
 
 		 73 aa  70.9  0.00000000004  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000398276  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0335  ADP, ATP carrier protein  25.55 
 
 		 529 aa  63.9  0.000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00666368  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1256  ATP/ADP translocase-like  25.06 
 
 		 450 aa  63.2  0.000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5025  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.43 
 
 		 1056 aa  51.6  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00524189  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0782  ADP, ATP carrier protein  22.15 
 
 		 543 aa  50.8  0.00004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00645947  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0237  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  30.4 
 
 		 621 aa  49.7  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0098  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.73 
 
 		 508 aa  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.700736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1488  ATP/ADP translocase-like protein  26.69 
 
 		 803 aa  47.8  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011695  PHATRDRAFT_50189  nucleotide transporter 3  30.17 
 
 		 666 aa  47.8  0.0004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.384013  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3792  EmrB/QacA family drug resistance transporter  29.17 
 
 		 509 aa  46.6  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1194  major facilitator transporter  28.17 
 
 		 416 aa  45.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3226  major facilitator superfamily MFS_1  24.33 
 
 		 392 aa  45.1  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000524014  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0062  major facilitator transporter  29.51 
 
 		 482 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000690762 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3045  major facilitator transporter  26.64 
 
 		 410 aa  45.1  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2535  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  23.83 
 
 		 575 aa  44.7  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0929  HEAT repeat-containing PBS lyase  20.98 
 
 		 1010 aa  44.3  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23370  arabinose efflux permease family protein  28.92 
 
 		 535 aa  43.9  0.006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.517259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1099  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  24.19 
 
 		 519 aa  43.5  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6232  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  27.87 
 
 		 535 aa  43.5  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2286  EmrB/QacA family drug resistance transporter  25.93 
 
 		 495 aa  43.5  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.349328  normal  0.456862 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1041  major facilitator superfamily MFS_1  28 
 
 		 487 aa  43.1  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000138776 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0922  drug resistance transporter, EmrB/QacA family  28 
 
 		 487 aa  43.1  0.009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0054  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.05 
 
 		 539 aa  43.1  0.009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2046  drug resistance transporter, EmrB/QacA subfamily  25.58 
 
 		 495 aa  43.1  0.009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>