219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2625 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  96.83 
 
 		 417 aa  821    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  96.59 
 
 		 410 aa  818    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  100 
 
 		 410 aa  837    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  94.39 
 
 		 410 aa  801    Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  54.82 
 
 		 418 aa  430  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  54.57 
 
 		 418 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  50.48 
 
 		 421 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  50.48 
 
 		 421 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  49.63 
 
 		 427 aa  390  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  49.75 
 
 		 429 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  49.13 
 
 		 427 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  49 
 
 		 429 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  48.2 
 
 		 429 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  48.76 
 
 		 429 aa  380  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  48.71 
 
 		 421 aa  377  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  47.85 
 
 		 422 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  48.78 
 
 		 412 aa  371  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  48.03 
 
 		 416 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  48.56 
 
 		 421 aa  368  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  48.44 
 
 		 409 aa  363  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  48.53 
 
 		 409 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  46.75 
 
 		 433 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  46.28 
 
 		 415 aa  347  3e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  45.43 
 
 		 433 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  44.69 
 
 		 433 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  44.2 
 
 		 433 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  44.44 
 
 		 429 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  45.99 
 
 		 411 aa  334  2e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  45.28 
 
 		 416 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  45.27 
 
 		 416 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  44.31 
 
 		 416 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  44.42 
 
 		 416 aa  319  5e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  42.86 
 
 		 417 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  41.52 
 
 		 423 aa  314  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  43 
 
 		 431 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  42.51 
 
 		 418 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  40.78 
 
 		 422 aa  310  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  42.01 
 
 		 418 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  42.26 
 
 		 431 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  42.18 
 
 		 418 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  41.91 
 
 		 418 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  42.32 
 
 		 430 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  41.37 
 
 		 424 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  41.14 
 
 		 460 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  40.43 
 
 		 463 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  41.2 
 
 		 412 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  41.81 
 
 		 412 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  40.44 
 
 		 420 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  40.96 
 
 		 412 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  40.48 
 
 		 420 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  44.42 
 
 		 416 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  44.42 
 
 		 416 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  44.42 
 
 		 416 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1190  outer membrane porin  41.56 
 
 		 412 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.569611  normal  0.287254 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  42.09 
 
 		 418 aa  300  4e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  40.51 
 
 		 428 aa  299  5e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  40.86 
 
 		 423 aa  299  6e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  41.85 
 
 		 408 aa  299  7e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  40.05 
 
 		 427 aa  296  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  39.51 
 
 		 417 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  39.51 
 
 		 417 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  40.35 
 
 		 405 aa  296  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  39.31 
 
 		 422 aa  296  5e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  42.12 
 
 		 408 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  39.24 
 
 		 418 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  39.31 
 
 		 422 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  40.77 
 
 		 395 aa  295  1e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  39.49 
 
 		 426 aa  293  4e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  38.15 
 
 		 417 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  41.5 
 
 		 415 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  38.98 
 
 		 447 aa  289  7e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  42.45 
 
 		 439 aa  288  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  40.34 
 
 		 416 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  42.04 
 
 		 416 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  40.63 
 
 		 443 aa  286  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  40.25 
 
 		 423 aa  287  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  39.85 
 
 		 419 aa  286  5e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  40.91 
 
 		 437 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  40 
 
 		 423 aa  285  8e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  40.1 
 
 		 417 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  39.28 
 
 		 426 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38140  outer membrane porin, OprD family  38.08 
 
 		 420 aa  280  4e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35855  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  37.91 
 
 		 413 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  40.52 
 
 		 442 aa  278  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  38.85 
 
 		 427 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  40.8 
 
 		 430 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000146891  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  40.33 
 
 		 445 aa  276  5e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  40 
 
 		 410 aa  276  7e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  41.04 
 
 		 430 aa  275  8e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  40.59 
 
 		 431 aa  275  8e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  37.65 
 
 		 422 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  40.3 
 
 		 430 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  37.95 
 
 		 440 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  41.31 
 
 		 422 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  37.91 
 
 		 424 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  37.99 
 
 		 443 aa  272  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  38.08 
 
 		 441 aa  271  2e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  39.9 
 
 		 421 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  39.34 
 
 		 429 aa  270  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  38.57 
 
 		 417 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>