More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2584 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  603  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  98.98 
 
 		 293 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  98.98 
 
 		 293 aa  599  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  33.45 
 
 		 289 aa  195  9e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  33.8 
 
 		 289 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 300 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.23 
 
 		 290 aa  185  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 295 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  181  1e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 297 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  30.88 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 289 aa  176  6e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 295 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 289 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 296 aa  172  9e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 293 aa  167  2e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.93 
 
 		 294 aa  165  8e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 307 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 293 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.51 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 311 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  28.17 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  27.82 
 
 		 296 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  27.46 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 293 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.63 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.19 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.54 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 294 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.07 
 
 		 299 aa  132  9e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.71 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.71 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.7 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.7 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.86 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.7 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.7 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.7 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.71 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.71 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.7 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 295 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 293 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  31.33 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.35 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.35 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.7 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4603  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 298 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  30.74 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 295 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.52 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.52 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.82 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.97 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.72 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 292 aa  122  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 293 aa  122  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.21 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  29.21 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  29.21 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  29.8 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  29.21 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  29.21 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  29.21 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>