More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2518 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2518  lytic transglycosylase catalytic  100 
 
 
224 aa  455  1e-127  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116955 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2340  lytic transglycosylase, catalytic  93.55 
 
 
218 aa  418  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3422  lytic transglycosylase  93.4 
 
 
197 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2791  lytic transglycosylase catalytic  84.77 
 
 
197 aa  342  2e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.504732  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1974  lytic transglycosylase, catalytic  63.96 
 
 
203 aa  249  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.677118  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28610  lytic transglycosylase  52.13 
 
 
201 aa  166  3e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1321  lytic murein transglycosylase, putative  46.89 
 
 
188 aa  152  3e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0517  lytic transglycosylase, catalytic  51.59 
 
 
208 aa  139  3e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2291  putative transglycosylase protein  43.55 
 
 
198 aa  139  3e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.128594  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0772  Lytic transglycosylase catalytic  53.85 
 
 
196 aa  137  9e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2511  lytic transglycosylase, catalytic  51.56 
 
 
217 aa  137  1e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2410  lytic transglycosylase, catalytic  55.12 
 
 
208 aa  137  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0370  Lytic transglycosylase catalytic  45.05 
 
 
216 aa  136  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.149841 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3220  lytic transglycosylase, catalytic  43.92 
 
 
212 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.301759 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2404  Lytic transglycosylase catalytic  51.91 
 
 
216 aa  135  6e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0159  lytic transglycosylase, catalytic  52.76 
 
 
245 aa  133  2e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0096  lytic transglycosylase, catalytic  40.88 
 
 
249 aa  132  3e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0192  transglycosylase, putative  45.45 
 
 
221 aa  133  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0931975  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4693  putative lytic transglycosylase, catalytic  40.43 
 
 
215 aa  132  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  7.7507e-05  normal  0.120796 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1627  Lytic transglycosylase catalytic  54.24 
 
 
207 aa  132  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3923  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
239 aa  132  4e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4039  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
239 aa  132  4e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3830  lytic transglycosylase, catalytic  40 
 
 
239 aa  132  4e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.582426 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4660  transglycosylase SLT domain-containing protein  40.54 
 
 
239 aa  132  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4378  lytic transglycosylase catalytic  48.84 
 
 
251 aa  131  9e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4205  Lytic transglycosylase catalytic  48.84 
 
 
251 aa  131  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4054  lytic transglycosylase catalytic  39.5 
 
 
247 aa  131  1e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0046  Lytic transglycosylase catalytic  53.12 
 
 
244 aa  131  1e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.616891  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4244  lytic transglycosylase catalytic  48.84 
 
 
251 aa  131  1e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1294  Lytic transglycosylase catalytic  49.28 
 
 
199 aa  130  1e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3562  transglycosylase SLT domain-containing protein  39.23 
 
 
226 aa  130  2e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1608  lytic transglycosylase, catalytic  49.64 
 
 
206 aa  130  2e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2008  transglycosylase SLT domain-containing protein  42.58 
 
 
214 aa  129  3e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3650  lytic transglycosylase, catalytic  51.59 
 
 
243 aa  129  5e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2105  Lytic transglycosylase catalytic  52.07 
 
 
212 aa  129  5e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0670803  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0975  Lytic transglycosylase catalytic  50.39 
 
 
261 aa  128  6e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.615186 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0393  lytic transglycosylase, catalytic  38.14 
 
 
305 aa  126  2e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.168274  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3607  lytic transglycosylase, catalytic  41.76 
 
 
326 aa  127  2e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1100  soluble lytic murein transglycosylase and related regulatory protein  45.83 
 
 
174 aa  127  2e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1300  Lytic transglycosylase catalytic  41.76 
 
 
218 aa  125  6e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0023245  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1769  lytic transglycosylase, catalytic  49.19 
 
 
189 aa  124  8e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0352  lytic transglycosylase  36.1 
 
 
273 aa  124  1e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2905  lytic transglycosylase, catalytic  54.7 
 
 
237 aa  123  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.739036  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0827  lytic transglycosylase, catalytic  38.66 
 
 
206 aa  123  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2464  lytic transglycosylase, catalytic  57.01 
 
 
442 aa  123  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.329237 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2342  lytic transglycosylase, catalytic  50.83 
 
 
272 aa  122  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0139  lytic transglycosylase catalytic  41.24 
 
 
299 aa  122  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3860  lytic transglycosylase, catalytic  49.6 
 
 
329 aa  120  1e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0754  lytic transglycosylase, catalytic  53.33 
 
 
291 aa  120  2e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.970703  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2827  Lytic transglycosylase catalytic  49.18 
 
 
263 aa  120  2e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1173  lytic transglycosylase catalytic  40.22 
 
 
195 aa  120  2e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.79573  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2611  lytic transglycosylase catalytic  56.52 
 
 
251 aa  119  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.59616 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1380  Lytic transglycosylase catalytic  49.59 
 
 
234 aa  119  3e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00033505 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00442  soluble lytic murein transglycosylase  51.72 
 
 
328 aa  119  4e-26  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.129314  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0748  lytic transglycosylase, catalytic  55.34 
 
 
146 aa  118  6e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00376609  normal  0.892869 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2149  lytic transglycosylase, catalytic  47.11 
 
 
191 aa  118  8e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.213234  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1605  lytic murein transglycosylase  52.54 
 
 
202 aa  118  9e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.914455  normal  0.613396 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1154  lytic transglycosylase, catalytic  44.03 
 
 
283 aa  118  9e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.40288  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1826  lytic murein transglycosylase, putative  46.03 
 
 
202 aa  118  9e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0287682  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1886  lytic transglycosylase, catalytic  55.08 
 
 
189 aa  117  2e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158781  normal  0.249624 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0050  lytic transglycosylase, catalytic  37.24 
 
 
211 aa  116  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2981  lytic transglycosylase, catalytic  52.63 
 
 
438 aa  116  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1946  soluble lytic murein transglycosylase precursor  50.81 
 
 
297 aa  116  3e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.378225  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1881  lytic transglycosylase catalytic  50.81 
 
 
297 aa  116  3e-25  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.520099  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0815  Lytic transglycosylase catalytic  46.28 
 
 
235 aa  115  4e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.328303  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1873  lytic transglycosylase catalytic protein  47.11 
 
 
204 aa  115  4e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.249488  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2486  lytic transglycosylase, catalytic  39.25 
 
 
198 aa  115  4e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  4.27479e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0348  lytic transglycosylase, catalytic  38.8 
 
 
204 aa  114  1e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6404  lytic transglycosylase catalytic  42.58 
 
 
362 aa  114  1e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0649822  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1953  lytic transglycosylase, catalytic  48.36 
 
 
203 aa  113  2e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  5.18233e-15  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2337  Lytic transglycosylase catalytic  47.11 
 
 
204 aa  113  2e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1632  Lytic transglycosylase catalytic  48.36 
 
 
222 aa  114  2e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0239259  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4119  Lytic transglycosylase catalytic  42.15 
 
 
280 aa  113  3e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.67564e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4758  transglycosylase SLT domain-containing protein  45.76 
 
 
217 aa  112  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2744  lytic transglycosylase, catalytic  45.9 
 
 
228 aa  113  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2210  lytic transglycosylase, catalytic  49.64 
 
 
218 aa  112  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.270311  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1360  Lytic transglycosylase catalytic  52.68 
 
 
304 aa  113  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2926  putative transglycolase  51.26 
 
 
278 aa  110  1e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1655  Lytic transglycosylase catalytic  47.01 
 
 
368 aa  110  2e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.055455  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1727  transglycosylase, SLT family  41.03 
 
 
261 aa  110  2e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  2.65036e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1758  transglycosylase, SLT family  40.17 
 
 
261 aa  110  2e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1836  transglycosylase, SLT family  40.17 
 
 
259 aa  110  2e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  5.72163e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0306  lytic transglycosylase, catalytic  50.85 
 
 
293 aa  110  2e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3617  transglycosylase, SLT family  41.03 
 
 
261 aa  110  2e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  2.81259e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1919  Lytic transglycosylase catalytic  43.8 
 
 
199 aa  110  2e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1424  lytic transglycosylase, catalytic  51.28 
 
 
191 aa  110  2e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0284128  normal  0.0259883 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9819  type IV system transglycosylase  45.45 
 
 
362 aa  109  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1800  lytic transglycosylase, catalytic  48.67 
 
 
242 aa  109  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.272775  normal  0.55672 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1781  Slt family transglycosylase  40.17 
 
 
261 aa  109  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0369322  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0977  putative transglycosylase signal peptide protein  46.88 
 
 
285 aa  109  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  0.131274 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0973  Lytic transglycosylase catalytic  48.82 
 
 
318 aa  109  3e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1584  lytic transglycosylase catalytic  40.17 
 
 
261 aa  109  4e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.166498  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1376  lytic transglycosylase catalytic  41.03 
 
 
238 aa  108  5e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  4.77614e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2959  lytic transglycosylase catalytic  49.59 
 
 
280 aa  108  5e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2003  Lytic transglycosylase catalytic  48.28 
 
 
217 aa  108  5e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1002  lytic transglycosylase, catalytic  49.58 
 
 
271 aa  108  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.578014  normal  0.810596 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0830  Lytic transglycosylase catalytic  43.7 
 
 
296 aa  108  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0921738  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0901  Lytic transglycosylase catalytic  43.7 
 
 
296 aa  108  9e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.408914  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1036  Lytic transglycosylase catalytic  47.79 
 
 
202 aa  107  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.962851 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2486  lytic murein transglycosylase, putative  48.25 
 
 
241 aa  107  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>