46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2464 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2464  curli production assembly/transport component CsgF precursor  100 
 
 		 137 aa  280  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3473  curli fiber protein CsgF, putative  98.54 
 
 		 137 aa  275  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.910163  normal  0.86735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2298  hypothetical protein  98.54 
 
 		 137 aa  275  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2473  curli production assembly/transport component CsgF precursor  91.97 
 
 		 137 aa  258  2e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.947001  normal  0.308509 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1992  curli fiber protein CsgF, putative  75.81 
 
 		 143 aa  197  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0290148  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2856  assembly/transport component in curli production, CsgF precursor  50.36 
 
 		 133 aa  130  6e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.618254  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1728  curli production assembly/transport component CsgF precursor  47.66 
 
 		 139 aa  117  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.6125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1819  curli production assembly/transport component CsgF precursor  44.7 
 
 		 135 aa  117  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0321037  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1519  curli production assembly/transport component CsgF precursor  46.96 
 
 		 133 aa  110  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.817654  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0642  curli production assembly/transport component CsgF, putative  39.26 
 
 		 130 aa  92  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00175392  unclonable  0.0000000139477 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2858  curli production assembly/transport component CsgF, putative  38.41 
 
 		 129 aa  90.5  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2985  curli production assembly/transport component CsgF, putative  38.06 
 
 		 131 aa  89.4  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0869  curli production assembly/transport component CsgF, putative  39.55 
 
 		 131 aa  89  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3686  curli production assembly/transport component CsgF, putative  38.81 
 
 		 131 aa  89  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3254  curli production assembly/transport component CsgF, putative  38.81 
 
 		 131 aa  88.2  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3153  curli production assembly/transport component CsgF, putative  38.81 
 
 		 131 aa  88.2  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3335  curli production assembly/transport component CsgF, putative  38.06 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1004  curli production assembly/transport component CsgF, putative  38.06 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1025  curli production assembly/transport component CsgF, putative  38.06 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1037  curli production assembly/transport component CsgF, putative  38.06 
 
 		 131 aa  85.1  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.730845 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0970  curli production assembly/transport component CsgF, putative  36.57 
 
 		 135 aa  83.6  8e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1554  curli assembly protein CsgF  45.16 
 
 		 138 aa  82.4  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.381005  normal  0.199683 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1236  curli assembly protein CsgF  45.74 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.788328  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1251  curli assembly protein CsgF  45.74 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.583171 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2607  curli assembly protein CsgF  44.09 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1206  curli assembly protein CsgF  45.74 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.388292  normal  0.563866 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2050  curli assembly protein CsgF  45.74 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.360052  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2233  curli assembly protein CsgF  45.74 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.697441 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1417  curli assembly protein CsgF  44.09 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0483844 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01042  hypothetical protein  44.09 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.821026  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2291  curli assembly protein CsgF  44.09 
 
 		 138 aa  79.3  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2095  curli assembly protein CsgF  44.09 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.771182 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2561  curli assembly protein CsgF  44.09 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.368345 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1157  curli assembly protein CsgF  44.09 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01035  predicted transport protein  44.09 
 
 		 138 aa  79  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.868652  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1156  curli assembly protein CsgF  43.01 
 
 		 138 aa  77.4  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.572292  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2350  hypothetical protein  36.64 
 
 		 134 aa  72  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01505  putative curli production assembly/transport component  30.37 
 
 		 151 aa  68.6  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2587  hypothetical protein  34.88 
 
 		 145 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6062  Curli production assembly/transport component CsgF  30.66 
 
 		 140 aa  66.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2731  hypothetical protein  33.9 
 
 		 136 aa  62.8  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.297491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4729  Curli production assembly/transport component CsgF  33.58 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1275  hypothetical protein  38.3 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0031  hypothetical protein  36.46 
 
 		 148 aa  59.7  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0754943 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2414  hypothetical protein  37.37 
 
 		 152 aa  52  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3753  hypothetical protein  48.08 
 
 		 94 aa  48.9  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>