127 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2406 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2406  hypothetical protein  100 
 
 		 290 aa  545  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.268881  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3521  hypothetical protein  92.41 
 
 		 290 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.801415 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2254  hypothetical protein  94.48 
 
 		 290 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.290541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2087  LysR family transcriptional regulator  54.31 
 
 		 283 aa  258  1e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.632032  hitchhiker  0.0000000953173 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4266  hypothetical protein  47.92 
 
 		 295 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2000  hypothetical protein  55.21 
 
 		 283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00389336  decreased coverage  0.00000000377823 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1975  hypothetical protein  55.21 
 
 		 283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0979714  hitchhiker  0.00214562 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3109  hypothetical protein  52.99 
 
 		 289 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0895719 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0746  DMT family permease  47.32 
 
 		 297 aa  236  4e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2935  hypothetical protein  51.12 
 
 		 286 aa  232  5e-60  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4790  membrane protein  45.42 
 
 		 285 aa  223  4e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.278325  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1850  sensor protein GLPS  49.64 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.829384 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0781  protein of unknown function DUF6 transmembrane  49.63 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4102  hypothetical protein  48.48 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.576037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5364  hypothetical protein  49.07 
 
 		 285 aa  212  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278081  normal  0.929346 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1774  hypothetical protein  46.07 
 
 		 297 aa  211  7.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01739  hypothetical protein  48.53 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3816  hypothetical protein  50.37 
 
 		 307 aa  204  2e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1346  hypothetical protein  45.7 
 
 		 314 aa  203  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001148  permease  45.79 
 
 		 289 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.270511  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0646  hypothetical protein  43.64 
 
 		 288 aa  199  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00955347  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1416  hypothetical protein  40.89 
 
 		 304 aa  196  3e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.732037  normal  0.239593 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38950  hypothetical protein  57.41 
 
 		 287 aa  192  5e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1068  hypothetical protein  39.93 
 
 		 311 aa  185  7e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06636  hypothetical protein  42.45 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1446  hypothetical protein  39.73 
 
 		 314 aa  183  3e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1891  hypothetical protein  42.75 
 
 		 300 aa  179  7e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1656  hypothetical protein  44.78 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0479067  normal  0.122332 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0600  hypothetical protein  45.02 
 
 		 297 aa  172  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.172684 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3318  hypothetical protein  58.52 
 
 		 286 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46360  hypothetical protein  56.32 
 
 		 285 aa  172  7.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.206778  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1087  hypothetical protein  57.09 
 
 		 281 aa  169  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.647653 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0856  hypothetical protein  46.36 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0559005  normal  0.228089 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2916  hypothetical protein  48.16 
 
 		 282 aa  162  5.0000000000000005e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.264108  normal  0.862431 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1433  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.29 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02132  permease of the drug/metabolite transporter superfamily protein  48.96 
 
 		 194 aa  159  5e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259073  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1051  DMT superfamily efflux pump  38.43 
 
 		 254 aa  152  4e-36  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.226473  normal  0.464817 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6439  hypothetical protein  40.52 
 
 		 275 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.719443 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6146  hypothetical protein  40.37 
 
 		 302 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3356  hypothetical protein  39.7 
 
 		 287 aa  146  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1613  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.1 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.76207  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2262  hypothetical protein  47.53 
 
 		 319 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.099345  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1689  protein of unknown function DUF6 transmembrane  46.84 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.112167  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1448  hypothetical protein  31.17 
 
 		 310 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.802769 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2545  hypothetical protein  26.94 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2401  hypothetical protein  26.94 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1146  hypothetical protein  33.33 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00200161  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1636  hypothetical protein  29.19 
 
 		 335 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1272  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.44 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.162759  normal  0.535938 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4527  hypothetical protein  27.04 
 
 		 308 aa  58.9  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3877  hypothetical protein  28.15 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.421169  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4020  DMT family permease  29.26 
 
 		 330 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000861601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4034  hypothetical protein  26.67 
 
 		 308 aa  58.5  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411001 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1383  hypothetical protein  27.41 
 
 		 308 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.22021  normal  0.350213 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06582  hypothetical protein  27.93 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3002  hypothetical protein  29.29 
 
 		 298 aa  54.7  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0519  hypothetical protein  30.4 
 
 		 301 aa  53.9  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0144274 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0523  hypothetical protein  25.91 
 
 		 305 aa  53.9  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.599851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2528  hypothetical protein  28.7 
 
 		 289 aa  52.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00740472  normal  0.181025 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1953  hypothetical protein  27.54 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0201428  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2564  hypothetical protein  27.54 
 
 		 292 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2588  hypothetical protein  27.54 
 
 		 293 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0344975  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1843  hypothetical protein  30.55 
 
 		 294 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3820  hypothetical protein  27.06 
 
 		 308 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0151109  normal  0.339393 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5896  hypothetical protein  28.97 
 
 		 321 aa  50.8  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46200  hypothetical protein  27.22 
 
 		 303 aa  50.4  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0349407  normal  0.0243238 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3927  hypothetical protein  27.22 
 
 		 303 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2775  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.77 
 
 		 310 aa  49.7  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0441  hypothetical protein  25.75 
 
 		 301 aa  49.7  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0679  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.45 
 
 		 311 aa  50.1  0.00005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2371  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.46 
 
 		 310 aa  49.7  0.00006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.599012 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2143  putative transmembrane protein  27.97 
 
 		 302 aa  49.7  0.00006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0410  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.02 
 
 		 301 aa  48.5  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.200837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1099  hypothetical protein  28.48 
 
 		 310 aa  48.5  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.230747  normal  0.557471 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0967  hypothetical protein  27.68 
 
 		 286 aa  48.5  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0732  hypothetical protein  28.04 
 
 		 343 aa  48.5  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0642  RhaT family protein  29.97 
 
 		 314 aa  48.1  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1236  hypothetical protein  27.37 
 
 		 301 aa  48.1  0.0002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000572189  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0395  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.65 
 
 		 301 aa  47.8  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0925  hypothetical protein  24.91 
 
 		 304 aa  48.1  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.986628  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2295  hypothetical protein  29.97 
 
 		 314 aa  47.8  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.364933 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3198  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.38 
 
 		 307 aa  48.1  0.0002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0328  hypothetical protein  32.03 
 
 		 151 aa  48.1  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0316  hypothetical protein  29.6 
 
 		 281 aa  48.1  0.0002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.238675  normal  0.667988 
 
 
-
 
NC_004310  BR1001  hypothetical protein  28.09 
 
 		 307 aa  47.4  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2084  hypothetical protein  27.53 
 
 		 307 aa  47.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3396  hypothetical protein  26.74 
 
 		 307 aa  47.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.321335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2255  hypothetical protein  32.66 
 
 		 291 aa  46.6  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0337  hypothetical protein  30.95 
 
 		 279 aa  46.6  0.0004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.595745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0367  hypothetical protein  27.17 
 
 		 310 aa  46.6  0.0005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.198495  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4075  hypothetical protein  34.17 
 
 		 294 aa  46.2  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1695  hypothetical protein  28.82 
 
 		 311 aa  46.2  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2552  hypothetical protein  27.34 
 
 		 293 aa  45.8  0.0007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5563  hypothetical protein  24.43 
 
 		 311 aa  45.8  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.136862  hitchhiker  0.00720302 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1085  DMT superfamliy efflux pump  26.52 
 
 		 312 aa  45.4  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.164203 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0739  hypothetical protein  26.99 
 
 		 308 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1220  hypothetical protein  26.99 
 
 		 308 aa  45.4  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.10196  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1192  hypothetical protein  26.99 
 
 		 308 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.164294  normal  0.262505 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4193  hypothetical protein  25.72 
 
 		 274 aa  45.4  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.582815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1524  DMT family permease  26.57 
 
 		 310 aa  44.3  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>