More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2345 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
246 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  92.28 
 
 
246 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.34353  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.24 
 
 
246 aa  460  1e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0784  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.66 
 
 
246 aa  275  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.582214  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3960  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.91 
 
 
248 aa  245  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0411  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
247 aa  237  1e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.16 
 
 
250 aa  235  6e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117153  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2895  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.48 
 
 
248 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3549  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  50 
 
 
248 aa  222  4e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.71 
 
 
250 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.72 
 
 
249 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.81 
 
 
250 aa  218  5e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.31 
 
 
250 aa  218  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.95 
 
 
249 aa  217  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.999176  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.33 
 
 
265 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
252 aa  216  4e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.54 
 
 
248 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.689066  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2093  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.13 
 
 
249 aa  215  7e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0144582 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.91 
 
 
248 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.883232 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.19 
 
 
249 aa  208  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0118382  normal  0.366144 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0789  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.21 
 
 
248 aa  207  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.925789  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.86 
 
 
248 aa  206  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0672798  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2467  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.96 
 
 
247 aa  205  6e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00674966  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1028  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  44.49 
 
 
250 aa  204  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.242243  normal  0.177071 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
250 aa  204  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.649424  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5691  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.67 
 
 
250 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.345481 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4913  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.16 
 
 
248 aa  201  7e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.109153 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0638  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.94 
 
 
253 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.973641  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0296  putative short-chain dehydrogenase/reductase  44.94 
 
 
250 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523489  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0122  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.44 
 
 
224 aa  185  7e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3040  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.0850209 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
252 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.927467  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
252 aa  183  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
247 aa  176  3e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000108862  hitchhiker  0.000102827 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2313  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
252 aa  170  2e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.196327  normal  0.109042 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.34 
 
 
247 aa  169  3e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0708885  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2441  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.1 
 
 
226 aa  169  3e-41  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  42.91 
 
 
246 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
257 aa  162  3e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.53 
 
 
224 aa  162  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.36301  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
250 aa  161  9e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2719  putative 3-oxoacyl-(Acyl-carrier protein)reductase  38.46 
 
 
248 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114569  normal  0.0868503 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1954  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  38.68 
 
 
250 aa  158  8e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
259 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
251 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.549634  normal  0.5275 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 
250 aa  156  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.663428  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.52 
 
 
245 aa  156  3e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.84 
 
 
247 aa  156  3e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4011  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
244 aa  156  3e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.43 
 
 
251 aa  155  4e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
251 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2561  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.42 
 
 
241 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00191799  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23650  Acetoacetl-CoA reductase in PHB biosynthesis  38.08 
 
 
247 aa  155  8e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.64 
 
 
246 aa  154  9e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.13 
 
 
250 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.13 
 
 
250 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.93 
 
 
250 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2985  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.02 
 
 
248 aa  153  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0207781  normal  0.0184598 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1857  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 
245 aa  154  2e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.678216  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0943  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.34 
 
 
246 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000752112  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.91 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1975  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.16 
 
 
252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.636697  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4062  short chain dehydrogenase  38.71 
 
 
257 aa  152  4e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.171649  normal  0.787909 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8088  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  39.53 
 
 
277 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1060  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  38.43 
 
 
250 aa  152  5e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000409861  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1757  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.51 
 
 
264 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1804  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.51 
 
 
264 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.390803 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1738  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.51 
 
 
264 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11380  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
247 aa  151  8e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.833794 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
251 aa  151  8.999999999999999e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000195486  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1277  3-oxoacyl-acyl carrier protein reductase  38.02 
 
 
247 aa  151  1e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.038158  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.58 
 
 
251 aa  151  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1531  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.35 
 
 
249 aa  150  1e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.356437 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
253 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
253 aa  150  1e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.78 
 
 
267 aa  151  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.755357  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2043  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 
257 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1221  ketoacyl reductase  38.37 
 
 
261 aa  150  2e-35  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.432142  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.5 
 
 
250 aa  150  2e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4369  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.09 
 
 
246 aa  150  2e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2060  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 
257 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.32 
 
 
244 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
249 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2106  short chain dehydrogenase  37.1 
 
 
257 aa  150  2e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.077628 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.29 
 
 
251 aa  149  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.780011 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  37.5 
 
 
250 aa  149  3e-35  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1509  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
253 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
264 aa  149  3e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4887  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.33 
 
 
264 aa  150  3e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.845571  normal  0.46236 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4514  acetoacetyl-CoA reductase  38.27 
 
 
241 aa  149  4e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1088  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  37.86 
 
 
250 aa  149  4e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.885603  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.78 
 
 
247 aa  149  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2585  short chain dehydrogenase  37.6 
 
 
259 aa  149  5e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.25122  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3704  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.08 
 
 
247 aa  149  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
254 aa  148  6e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0287  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
253 aa  148  7e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.129193  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2225  glucose 1-dehydrogenase, putative  37.05 
 
 
261 aa  148  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1879  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.05 
 
 
261 aa  148  7e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.828765 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.34 
 
 
252 aa  148  8e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>