222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2286 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0046  porin, putative  77.63 
 
 		 447 aa  736    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  93.29 
 
 		 447 aa  821    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  72.1 
 
 		 441 aa  666    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  100 
 
 		 447 aa  919    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  72.1 
 
 		 441 aa  663    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  77.63 
 
 		 447 aa  736    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  75.89 
 
 		 441 aa  716    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  77.63 
 
 		 447 aa  736    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  94.18 
 
 		 447 aa  828    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  77.63 
 
 		 447 aa  736    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  68.19 
 
 		 440 aa  630  1e-179  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  67.34 
 
 		 441 aa  624  1e-177  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  66 
 
 		 446 aa  596  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  62.16 
 
 		 455 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  61.94 
 
 		 448 aa  541  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  47.03 
 
 		 446 aa  375  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  43.02 
 
 		 449 aa  335  7e-91  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  43.54 
 
 		 441 aa  333  4e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  42.57 
 
 		 479 aa  332  7.000000000000001e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  41.85 
 
 		 443 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  42.76 
 
 		 444 aa  321  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  42.43 
 
 		 447 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  42.95 
 
 		 454 aa  320  3e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  43.02 
 
 		 448 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  41.47 
 
 		 444 aa  311  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  42.44 
 
 		 421 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  42.22 
 
 		 421 aa  309  8e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  41.69 
 
 		 422 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  40.69 
 
 		 444 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  40.13 
 
 		 444 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  40.35 
 
 		 444 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  40.35 
 
 		 444 aa  299  7e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  39.7 
 
 		 444 aa  299  8e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  38.51 
 
 		 448 aa  296  6e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  41.45 
 
 		 427 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  41.22 
 
 		 425 aa  295  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  40.27 
 
 		 438 aa  293  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  41.43 
 
 		 452 aa  293  5e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  42.76 
 
 		 414 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  38.05 
 
 		 445 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  40.91 
 
 		 417 aa  279  7e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  40 
 
 		 427 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  37.39 
 
 		 431 aa  276  8e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  36.81 
 
 		 445 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  39.71 
 
 		 420 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  38.84 
 
 		 427 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  39.47 
 
 		 420 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  38.6 
 
 		 420 aa  267  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  37.97 
 
 		 435 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  35.88 
 
 		 467 aa  264  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  37.53 
 
 		 435 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  37.03 
 
 		 472 aa  259  8e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  39.12 
 
 		 452 aa  257  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  35.79 
 
 		 421 aa  256  5e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  35.79 
 
 		 421 aa  256  6e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  38.69 
 
 		 452 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  38.83 
 
 		 409 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  36.26 
 
 		 415 aa  254  3e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  36.44 
 
 		 417 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  37.92 
 
 		 409 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  35.35 
 
 		 429 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  35.27 
 
 		 422 aa  247  3e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  38.7 
 
 		 421 aa  247  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  34 
 
 		 423 aa  246  6e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  35.78 
 
 		 417 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  35.92 
 
 		 429 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  35.56 
 
 		 421 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  35.89 
 
 		 433 aa  243  5e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  35.45 
 
 		 429 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  35.68 
 
 		 429 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  36.05 
 
 		 418 aa  240  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  35.87 
 
 		 416 aa  239  9e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  35.35 
 
 		 418 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  34.23 
 
 		 419 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  35.6 
 
 		 418 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  36.7 
 
 		 425 aa  237  3e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  36.48 
 
 		 425 aa  236  8e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  35.17 
 
 		 417 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  36.14 
 
 		 416 aa  233  5e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  34.62 
 
 		 420 aa  233  6e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  34.39 
 
 		 420 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  34.98 
 
 		 417 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  34.76 
 
 		 418 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  35.11 
 
 		 417 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  33.1 
 
 		 413 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  35.4 
 
 		 433 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  36.14 
 
 		 416 aa  231  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000105785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  34.81 
 
 		 433 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  34.53 
 
 		 417 aa  229  7e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  34.69 
 
 		 417 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  33.41 
 
 		 422 aa  228  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  34.16 
 
 		 418 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  33.85 
 
 		 418 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  35.03 
 
 		 439 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  34.89 
 
 		 468 aa  223  4.9999999999999996e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  33.26 
 
 		 439 aa  223  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  33.63 
 
 		 433 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  33.63 
 
 		 429 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  34.74 
 
 		 428 aa  221  9.999999999999999e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  32.6 
 
 		 426 aa  221  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>