More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2243 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  95.25 
 
 		 295 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  94.92 
 
 		 295 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  88.24 
 
 		 289 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1978  LysR family transcriptional regulator  74.06 
 
 		 296 aa  418  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.224272  normal  0.0418865 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2280  transcriptional regulator, LysR family  72.09 
 
 		 305 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2158  LysR family transcriptional regulator  70.75 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0300496  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2291  LysR family transcriptional regulator  70.75 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2099  LysR family transcriptional regulator  70.75 
 
 		 300 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5031  LysR family transcriptional regulator  69.52 
 
 		 297 aa  392  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.361143 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1255  LysR family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 304 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.515451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1524  LysR family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 297 aa  392  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1656  LysR family transcriptional regulator  69.52 
 
 		 297 aa  388  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.191617  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0958  LysR family transcriptional regulator  70.41 
 
 		 297 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1748  LysR family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 297 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.8769 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1656  LysR family transcriptional regulator  69.52 
 
 		 297 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1735  LysR family transcriptional regulator  69.52 
 
 		 297 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6344  LysR family transcriptional regulator  69.52 
 
 		 297 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.552099  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2293  LysR family transcriptional regulator  68.47 
 
 		 301 aa  384  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 299 aa  212  7e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0866  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0658558  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0989  transcriptional regulator, LysR family  41.86 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000179593 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 297 aa  178  9e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0351  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.363543  normal  0.665208 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0172  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 297 aa  175  8e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 290 aa  171  2e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 329 aa  170  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  38.44 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 297 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 297 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 297 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  38.15 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 316 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3716  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  162  6e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.99 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1993  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.223319  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1662  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.550162 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  35.86 
 
 		 316 aa  159  5e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 302 aa  159  8e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0817  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0958  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.181705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 316 aa  155  7e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0448  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 297 aa  154  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 293 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 298 aa  152  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 326 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4870  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 329 aa  149  6e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1245  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 313 aa  149  8e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000547224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 297 aa  148  8e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 294 aa  148  9e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0637  transcriptional regulator, LysR family  36.23 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000713061  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 327 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 327 aa  147  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1597  putative transcriptional regulator LysR-type  35.22 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 304 aa  145  6e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 323 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 336 aa  145  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 317 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 337 aa  144  2e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 342 aa  144  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4699  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.67 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 326 aa  142  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 310 aa  142  7e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  35.07 
 
 		 302 aa  142  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 322 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0434  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 310 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 322 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>