More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2197 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
303 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  70.27 
 
 
304 aa  430  1e-119  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  67.11 
 
 
301 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  63.21 
 
 
307 aa  405  1e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  63.21 
 
 
307 aa  405  1e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 
307 aa  405  1e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 
307 aa  404  1e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  63.21 
 
 
307 aa  405  1e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 
307 aa  405  1e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  63.21 
 
 
307 aa  404  1e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.295041 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1844  transcriptional regulator, LysR family  62.88 
 
 
307 aa  389  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1511  LysR family substrate binding transcriptional regulator  61.87 
 
 
313 aa  378  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1757  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  61.87 
 
 
313 aa  378  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  6.1659e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1615  LysR family transcriptional regulator  61.54 
 
 
313 aa  376  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.502684  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  58.53 
 
 
318 aa  357  2e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  58.19 
 
 
313 aa  355  6e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  57.33 
 
 
326 aa  353  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 
305 aa  352  6e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  58.11 
 
 
342 aa  351  1e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  58.13 
 
 
300 aa  344  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  57.77 
 
 
335 aa  342  4e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 
305 aa  336  2e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  57.77 
 
 
335 aa  336  2e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 
305 aa  336  2e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 
305 aa  336  2e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 
305 aa  336  2e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 
305 aa  336  2e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 
305 aa  336  2e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 
307 aa  334  9e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 
330 aa  333  3e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  56.42 
 
 
307 aa  331  7e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  56.08 
 
 
307 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  56.08 
 
 
307 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09480  transcriptional regulator, LysR family  54.42 
 
 
304 aa  330  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.25707  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 
307 aa  329  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2358  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 
321 aa  318  5e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.985354  normal  0.197243 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  51.89 
 
 
318 aa  317  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  52.17 
 
 
319 aa  310  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5815  transcriptional regulator, LysR family  47.8 
 
 
318 aa  289  5e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.416763 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0640  transcriptional regulator, LysR family  43.89 
 
 
310 aa  284  2e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0380371  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4372  transcriptional activator TtdR  43.89 
 
 
310 aa  283  2e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0240245  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0639  transcriptional activator TtdR  43.89 
 
 
310 aa  284  2e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000511538  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3523  transcriptional activator TtdR  43.89 
 
 
310 aa  284  2e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00521564  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02930  predicted DNA-binding transcriptional regulator  43.89 
 
 
310 aa  284  2e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0022529  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02880  hypothetical protein  43.89 
 
 
310 aa  284  2e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00207281  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3353  transcriptional activator TtdR  43.56 
 
 
310 aa  281  7e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.577142  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0367  transcriptional regulator, LysR family  41.64 
 
 
321 aa  242  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0374  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
321 aa  242  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  normal  0.588563 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0426  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
321 aa  241  8e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.144523  hitchhiker  0.000318501 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0365  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 
321 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.916337 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 
308 aa  239  5e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 
301 aa  237  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 
306 aa  234  1e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 
307 aa  232  7e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5391  LysR family transcriptional regulator  41.24 
 
 
347 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 
305 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5439  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 
306 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3031  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
315 aa  226  5e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.230321  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3592  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
306 aa  226  5e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.503754  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3385  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
315 aa  226  5e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
304 aa  225  7e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 
304 aa  223  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5025  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 
302 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  41.61 
 
 
300 aa  223  3e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
313 aa  221  2e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 
311 aa  219  5e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 
314 aa  219  7e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4655  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.315955  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3708  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
306 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.409936  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6955  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 
297 aa  218  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373633  normal  0.871735 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3813  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 
310 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289929  normal  0.303358 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2499  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 
320 aa  216  3e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.374965  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6389  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 
318 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5036  transcriptional regulator, LysR family  39.53 
 
 
303 aa  214  2e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.617167 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3236  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 
311 aa  213  3e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.875851  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5656  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 
306 aa  209  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0722  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 
311 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.378943  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0199  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
308 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1621  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
303 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.466233  normal  0.674895 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3477  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 
304 aa  203  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.281785  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3175  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 
309 aa  203  4e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000303245 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2112  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 
307 aa  202  5e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618524  normal  0.0118464 
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  38.23 
 
 
306 aa  202  5e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 
307 aa  202  6e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
298 aa  202  6e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 
317 aa  201  9e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2774  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
308 aa  201  1e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 
318 aa  201  1e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
301 aa  200  2e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
301 aa  199  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 
313 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3165  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 
304 aa  199  6e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.46622  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1028  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 
309 aa  199  7e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
301 aa  198  7e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
301 aa  198  7e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0254  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 
296 aa  198  1e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.193331  normal  0.129991 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0983  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 
324 aa  198  1e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1780  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.11 
 
 
306 aa  197  2e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
301 aa  197  2e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
313 aa  197  2e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>