More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2178 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3728  multi-sensor hybrid histidine kinase  92.67 
 
 		 750 aa  1325    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5715  putative two-component sensor  60.67 
 
 		 750 aa  748    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.901003  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2035  multi-sensor hybrid histidine kinase  92.7 
 
 		 750 aa  1302    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2178  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 750 aa  1484    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00477296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65860  putative two-component sensor  60.67 
 
 		 770 aa  748    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.407883  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2475  sensor histidine kinase/response regulator  41.03 
 
 		 784 aa  542  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.446979  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0202  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.87 
 
 		 781 aa  457  1e-127  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2687  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.1 
 
 		 784 aa  291  3e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.762737  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2984  PAS sensor protein  37.66 
 
 		 2109 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.591507  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.58 
 
 		 1059 aa  285  2.0000000000000002e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0648  sensor protein TorS  35.62 
 
 		 984 aa  280  6e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2667  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.93 
 
 		 737 aa  277  6e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.149434  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6237  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.39 
 
 		 721 aa  274  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.703753 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0144  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.87 
 
 		 1009 aa  273  1e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.162275  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000984  signal transduction histidine kinase  30.38 
 
 		 631 aa  271  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000317  sensor protein TorS  33.63 
 
 		 987 aa  270  7e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.598131  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2033  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.65 
 
 		 866 aa  270  8e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1767  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.47 
 
 		 1157 aa  268  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2131  response regulator, histidine kinase  35.97 
 
 		 958 aa  268  2e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.739788  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6560  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.13 
 
 		 720 aa  267  5e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.441976  normal  0.646619 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07038  histidine kinase  30.67 
 
 		 641 aa  266  8.999999999999999e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  35.65 
 
 		 1560 aa  265  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0811  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.11 
 
 		 724 aa  265  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  37.06 
 
 		 982 aa  264  6e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.8 
 
 		 896 aa  263  6.999999999999999e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3683  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.46 
 
 		 1124 aa  263  8.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.781779 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.08 
 
 		 984 aa  262  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.279424  normal  0.452061 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5292  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.86 
 
 		 524 aa  261  3e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3786  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 		 606 aa  261  3e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2682  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.84 
 
 		 827 aa  261  4e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.616307  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0566  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  39.31 
 
 		 1193 aa  261  5.0000000000000005e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4585  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.8 
 
 		 1350 aa  260  6e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.20208  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0658  histidine kinase  31.99 
 
 		 627 aa  259  9e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.89 
 
 		 846 aa  259  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1697  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 		 907 aa  258  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3450  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 		 718 aa  258  3e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000325842 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3044  DMSO/TMAO-sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 813 aa  258  4e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06119  histidine kinase  32.4 
 
 		 985 aa  257  5e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1782  PAS sensor protein  40.11 
 
 		 1125 aa  257  7e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.522243 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4086  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  35.94 
 
 		 631 aa  256  9e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2513  ATP-binding region, ATPase-like  39.06 
 
 		 945 aa  256  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.543755  normal  0.160676 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2118  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.11 
 
 		 1125 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.187673  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4574  histidine kinase  41.56 
 
 		 900 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643273  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1873  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.84 
 
 		 923 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689502  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1874  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.81 
 
 		 575 aa  255  2.0000000000000002e-66  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.807127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.34 
 
 		 965 aa  254  4.0000000000000004e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0332193  normal  0.80092 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  34.97 
 
 		 1120 aa  254  5.000000000000001e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1217  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.64 
 
 		 803 aa  253  7e-66  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.503931  normal  0.0882093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.44 
 
 		 921 aa  253  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.32 
 
 		 781 aa  252  2e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2154  hypothetical protein  39.85 
 
 		 786 aa  251  3e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0411448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.86 
 
 		 1596 aa  250  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4904  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.73 
 
 		 873 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.683005  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  38.64 
 
 		 923 aa  249  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2955  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 		 764 aa  249  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1277  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.9 
 
 		 969 aa  247  4.9999999999999997e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1437  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.4 
 
 		 785 aa  247  4.9999999999999997e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00069  two component sensor-regulator hybrid protein RpfC  33.95 
 
 		 718 aa  246  9e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.397596  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  39.9 
 
 		 794 aa  246  9.999999999999999e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3207  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.61 
 
 		 910 aa  246  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.68 
 
 		 932 aa  245  1.9999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  32.85 
 
 		 763 aa  245  1.9999999999999999e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4471  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.49 
 
 		 627 aa  245  1.9999999999999999e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.611462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1746  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 		 903 aa  246  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1728  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.89 
 
 		 1120 aa  243  7e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.405777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0522  two component sensor kinase/response regulator hybrid  33.53 
 
 		 751 aa  243  7.999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 		 1433 aa  243  7.999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  40.75 
 
 		 1177 aa  243  9e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1850  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.65 
 
 		 946 aa  242  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0866059  normal  0.191772 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0564  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.34 
 
 		 627 aa  243  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.211254  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3181  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.61 
 
 		 817 aa  243  1e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.182241  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0720  multi-sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 		 882 aa  242  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3329  hybrid sensor and regulator fused  37.05 
 
 		 968 aa  242  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3041  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41 
 
 		 873 aa  242  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.616698  normal  0.0609988 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2684  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.01 
 
 		 645 aa  242  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.08 
 
 		 982 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4037  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  37.91 
 
 		 659 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0578  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.65 
 
 		 667 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0654  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.22 
 
 		 934 aa  241  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.78924 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0062  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.11 
 
 		 807 aa  241  5e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3821  Cache sensor hybrid histidine kinase  35.34 
 
 		 759 aa  241  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0769557 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0565  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 		 947 aa  241  5e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1928  sensor histidine kinase/response regulator  32.52 
 
 		 793 aa  240  5.999999999999999e-62  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1497  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.76 
 
 		 880 aa  240  5.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2547  histidine kinase  41.73 
 
 		 698 aa  240  5.999999999999999e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.795977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0560  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 		 940 aa  240  6.999999999999999e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4029  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.96 
 
 		 835 aa  240  6.999999999999999e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.15703 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3798  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 		 864 aa  240  6.999999999999999e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3965  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.85 
 
 		 1158 aa  239  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.342093 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.84 
 
 		 1029 aa  239  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.25 
 
 		 1075 aa  238  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1896  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.32 
 
 		 865 aa  239  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.74 
 
 		 874 aa  238  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.48 
 
 		 1132 aa  238  2e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0973  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.29 
 
 		 1064 aa  238  3e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3783  histidine kinase  36.96 
 
 		 737 aa  238  3e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18481  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1360  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.15 
 
 		 974 aa  238  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2222  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.25 
 
 		 1120 aa  238  3e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201183 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.56 
 
 		 827 aa  238  4e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  30.87 
 
 		 662 aa  238  4e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>