215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2054 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  90.79 
 
 
445 aa  807    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  100 
 
 
445 aa  905    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1367  outer membrane porin  53.35 
 
 
468 aa  467  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.321453  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  46.76 
 
 
446 aa  382  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00000158939  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  44.47 
 
 
441 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  43.44 
 
 
431 aa  353  4e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  44.37 
 
 
443 aa  352  1e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  44.37 
 
 
420 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  43.93 
 
 
420 aa  329  6e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  43.69 
 
 
420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  42.13 
 
 
435 aa  325  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  42.35 
 
 
435 aa  318  9e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  40.78 
 
 
448 aa  316  6e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  38.96 
 
 
425 aa  296  5e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.0000749415  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  39.64 
 
 
449 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  39.64 
 
 
479 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0268  putative porin  40.94 
 
 
452 aa  289  6e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.7753  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  38.65 
 
 
448 aa  289  8e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  38.73 
 
 
427 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  37.23 
 
 
440 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  38.94 
 
 
447 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  39.13 
 
 
421 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  39.13 
 
 
421 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  36.97 
 
 
441 aa  280  3e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  36.89 
 
 
441 aa  280  3e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  41.98 
 
 
414 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02370  putative porin  40.14 
 
 
452 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000471352  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  36.75 
 
 
441 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  38.05 
 
 
422 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43830  OprD family outer membrane porin  37.56 
 
 
444 aa  277  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  37.58 
 
 
441 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  38.05 
 
 
447 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  38.95 
 
 
448 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  38.02 
 
 
447 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  37.82 
 
 
447 aa  269  7e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  34.58 
 
 
447 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000582651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  34.58 
 
 
447 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  34.58 
 
 
447 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  34.58 
 
 
447 aa  268  1e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40060  OprD family outer membrane porin  37.5 
 
 
454 aa  266  5.999999999999999e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  37.67 
 
 
455 aa  264  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40000  OprD family outer membrane porin  38.38 
 
 
452 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0644019  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  36.79 
 
 
421 aa  256  8e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  35.04 
 
 
446 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  37 
 
 
444 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0242  porin  37.2 
 
 
444 aa  247  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0833  outer membrane porin  35.68 
 
 
444 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.78414  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4394  outer membrane porin  35.78 
 
 
444 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.461784  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4665  outer membrane porin  36.34 
 
 
438 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109112  normal  0.472139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0799  outer membrane porin  35.24 
 
 
444 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.230822  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  37.17 
 
 
417 aa  238  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0822  outer membrane porin  35.24 
 
 
444 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.43059  normal  0.142629 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  34.16 
 
 
429 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  36.6 
 
 
418 aa  232  8.000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  34.22 
 
 
433 aa  232  9e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  34.57 
 
 
429 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5115  putative porin  36.44 
 
 
478 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.470464  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58410  putative porin  37.64 
 
 
484 aa  231  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  33.72 
 
 
433 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  33.41 
 
 
433 aa  226  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  32.57 
 
 
429 aa  226  8e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  32.8 
 
 
429 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  32.57 
 
 
429 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  34.11 
 
 
433 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  0.0000330448 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  34.25 
 
 
411 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4560  outer membrane porin, OprD family  34.56 
 
 
459 aa  222  9e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2839  porin  36.23 
 
 
467 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  33.57 
 
 
421 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  33.64 
 
 
427 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0883  outer membrane porin  36.73 
 
 
459 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.269158  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  33.57 
 
 
421 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  34.83 
 
 
439 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  34.91 
 
 
425 aa  221  3e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  34.83 
 
 
439 aa  221  3e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  35.39 
 
 
439 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  0.000000184372 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  34.83 
 
 
439 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4295  outer membrane porin  36.04 
 
 
459 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0341226  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0922  outer membrane porin  36.73 
 
 
459 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.535028  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  33.84 
 
 
428 aa  220  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  34.7 
 
 
425 aa  219  7e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  34.01 
 
 
416 aa  219  7e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000811517 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33410  porin  37.53 
 
 
472 aa  218  2e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0650483  normal  0.0333404 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0926  outer membrane porin  35.21 
 
 
459 aa  217  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  33.97 
 
 
427 aa  217  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  35.24 
 
 
424 aa  216  7e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  35.24 
 
 
424 aa  216  9e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  34.32 
 
 
431 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4237  outer membrane porin  33.68 
 
 
471 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0537439  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  34.94 
 
 
418 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  33.85 
 
 
422 aa  212  1e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  34.38 
 
 
418 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  33.41 
 
 
431 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  33.79 
 
 
416 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  34.38 
 
 
417 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  34.16 
 
 
417 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  33.26 
 
 
418 aa  204  3e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0814  outer membrane porin  31.71 
 
 
471 aa  204  4e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00657196  normal  0.61306 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  32.14 
 
 
424 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  33.79 
 
 
413 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  34.69 
 
 
417 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>