More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2047 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3330  TonB-dependent siderophore receptor  54.01 
 
 		 728 aa  785    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.417694  normal  0.580446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3002  TonB-dependent siderophore receptor  54.63 
 
 		 717 aa  789    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.527618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2853  TonB-dependent receptor, putative  54.07 
 
 		 784 aa  778    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0123555  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2047  TonB-dependent siderophore receptor  100 
 
 		 716 aa  1461    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.977961 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3318  TonB-dependent siderophore receptor  56.17 
 
 		 710 aa  814    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0535  hypothetical protein  59.83 
 
 		 730 aa  857    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0537  TonB-dependent siderophore receptor  53.88 
 
 		 749 aa  730    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0190971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05640  hypothetical protein  60.11 
 
 		 730 aa  860    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2412  TonB-dependent siderophore receptor  54.01 
 
 		 717 aa  782    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3657  TonB-dependent receptor  45.71 
 
 		 735 aa  579  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.558128  normal  0.251953 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1526  TonB-dependent siderophore receptor  44.72 
 
 		 724 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.970314  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4740  TonB-dependent siderophore receptor  43.68 
 
 		 726 aa  542  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.58513  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0594  TonB-dependent siderophore receptor  36.05 
 
 		 708 aa  379  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0102  TonB-dependent siderophore receptor  36.39 
 
 		 755 aa  378  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.058066  normal  0.995779 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0700  TonB-dependent siderophore receptor  36.36 
 
 		 776 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0376627  normal  0.580851 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2952  TonB-dependent receptor  50.53 
 
 		 399 aa  372  1e-101  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4489  TonB-dependent siderophore receptor  35.18 
 
 		 696 aa  359  8e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.515859  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2899  TonB-dependent siderophore receptor  34.69 
 
 		 689 aa  359  9.999999999999999e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.27988  normal  0.214281 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0411  TonB-dependent siderophore receptor  35.41 
 
 		 758 aa  356  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0866  TonB-dependent siderophore receptor  34.6 
 
 		 696 aa  355  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.86038  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1347  TonB-dependent siderophore receptor  34.6 
 
 		 696 aa  355  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.122487  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5560  TonB-dependent receptor  34.48 
 
 		 739 aa  349  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1329  TonB-dependent siderophore receptor  33.97 
 
 		 701 aa  348  2e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.267924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2705  TonB-dependent siderophore receptor  33.76 
 
 		 705 aa  343  5.999999999999999e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2118  TonB-dependent siderophore receptor  33.33 
 
 		 704 aa  342  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1931  TonB-dependent siderophore receptor  35.27 
 
 		 723 aa  342  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2420  TonB-dependent siderophore receptor  34.6 
 
 		 728 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3275  TonB-dependent siderophore receptor  34.14 
 
 		 742 aa  339  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4064  TonB-dependent siderophore receptor  33.57 
 
 		 707 aa  338  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3457  TonB-dependent siderophore receptor  33.24 
 
 		 707 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.343998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0227  TonB-dependent siderophore receptor  33.96 
 
 		 738 aa  336  9e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.373801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2060  TonB-dependent siderophore receptor  33.38 
 
 		 708 aa  332  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.267326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1407  TonB-dependent siderophore receptor  33.43 
 
 		 705 aa  330  4e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2054  TonB-dependent siderophore receptor  33.84 
 
 		 703 aa  330  4e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.314681  normal  0.98162 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2243  putative TonB-dependent receptor  33.61 
 
 		 720 aa  324  4e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26420  putative TonB-dependent receptor  33.7 
 
 		 718 aa  324  4e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0316508  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4827  TonB-dependent siderophore receptor  32.49 
 
 		 690 aa  320  7e-86  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497518 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0109  TonB-dependent siderophore receptor  32.36 
 
 		 703 aa  319  1e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0831  TonB-dependent receptor plug  33.1 
 
 		 721 aa  317  4e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.519524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4567  TonB-dependent siderophore receptor  33.47 
 
 		 746 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.436524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0907  TonB-dependent siderophore receptor  34.33 
 
 		 712 aa  313  6.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.892024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4232  TonB-dependent siderophore receptor  33.53 
 
 		 747 aa  309  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2711  TonB-dependent siderophore receptor  31.62 
 
 		 756 aa  308  3e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192964  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3193  Outer membrane receptor protein, mostly Fe transport  31.62 
 
 		 756 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1412  TonB-dependent siderophore receptor family protein  31.34 
 
 		 822 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3209  TonB-dependent siderophore receptor family protein  31.48 
 
 		 820 aa  306  6e-82  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2036  TonB-dependent siderophore receptor family protein  31.48 
 
 		 756 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1899  TonB-dependent siderophore receptor  31.48 
 
 		 756 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2754  TonB-dependent siderophore receptor  33.53 
 
 		 747 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0877  TonB-dependent siderophore receptor  31.48 
 
 		 756 aa  306  1.0000000000000001e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0596191  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3154  TonB-dependent siderophore receptor  31.34 
 
 		 756 aa  305  2.0000000000000002e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0859  TonB-dependent siderophore receptor  32.43 
 
 		 727 aa  302  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00225734 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2631  TonB-dependent siderophore receptor  32.41 
 
 		 770 aa  298  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2855  TonB-dependent siderophore receptor  32.8 
 
 		 747 aa  296  8e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2318  TonB-dependent siderophore receptor  29.69 
 
 		 779 aa  287  4e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.375964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3793  TonB-dependent siderophore receptor  32.46 
 
 		 720 aa  279  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.16695  normal  0.789951 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1297  TonB-dependent siderophore receptor  32.12 
 
 		 721 aa  274  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3326  TonB-dependent receptor, plug  31.09 
 
 		 737 aa  273  6e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.686308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3462  hypothetical protein  30.91 
 
 		 797 aa  273  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.385249 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3362  tonB-dependent receptor family protein  30.67 
 
 		 813 aa  267  5e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0573796  normal  0.429192 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00020  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.94 
 
 		 601 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00000882452  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2953  TonB-dependent siderophore receptor  25.69 
 
 		 792 aa  176  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2303  TonB-dependent siderophore receptor  27.81 
 
 		 710 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.470584  normal  0.447365 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3109  TonB-dependent siderophore receptor  27.74 
 
 		 710 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3612  TonB-dependent siderophore receptor  27.74 
 
 		 770 aa  174  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.565753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2878  TonB-dependent siderophore receptor  26.27 
 
 		 707 aa  171  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3716  TonB-dependent receptor, plug  27.59 
 
 		 527 aa  162  2e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0878035  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1491  TonB-dependent siderophore receptor  27.36 
 
 		 717 aa  161  4e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000036194  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47140  putative TonB-dependent receptor  28.21 
 
 		 732 aa  158  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63960  putative uter membrane protein precursor  25.54 
 
 		 708 aa  158  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0861  TonB-dependent siderophore receptor  26.18 
 
 		 780 aa  156  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4068  putative TonB-dependent receptor  26.81 
 
 		 733 aa  156  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1319  TonB-dependent siderophore receptor  27.14 
 
 		 740 aa  156  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000200525  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0805  TonB-dependent siderophore receptor  26.59 
 
 		 731 aa  155  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4266  TonB-dependent siderophore receptor  25.21 
 
 		 706 aa  154  4e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.569556  normal  0.280378 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4376  TonB-dependent siderophore receptor  25.21 
 
 		 706 aa  154  4e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0886158 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4317  TonB-dependent siderophore receptor  27.04 
 
 		 760 aa  154  5e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00531839 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0293  TonB-dependent siderophore receptor  26.75 
 
 		 700 aa  154  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5556  outer membrane protein  25.07 
 
 		 703 aa  154  7e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.459514  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4056  TonB-dependent siderophore receptor  26.84 
 
 		 709 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0891  TonB-dependent siderophore receptor  26.01 
 
 		 763 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.31218 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51930  TonB-dependent siderophore receptor  24.49 
 
 		 709 aa  153  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.179519  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3465  TonB-dependent siderophore receptor  26.99 
 
 		 757 aa  153  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5128  TonB-dependent receptor  24.9 
 
 		 766 aa  152  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.497755  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0162  ferrichrome outer membrane transporter  25.03 
 
 		 752 aa  152  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2891  TonB-dependent siderophore receptor  25.4 
 
 		 711 aa  150  6e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0740  TonB-dependent siderophore receptor  24.97 
 
 		 730 aa  148  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000168203  hitchhiker  0.000000023146 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3635  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 730 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000376942  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2232  TonB-dependent siderophore receptor  25.56 
 
 		 708 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0904  TonB-dependent siderophore receptor  26.53 
 
 		 768 aa  147  6e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0551593 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3736  TonB-dependent siderophore receptor  25.59 
 
 		 735 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0720  TonB-dependent siderophore receptor  25.07 
 
 		 730 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000599666  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2779  TonB-dependent siderophore receptor  25.76 
 
 		 863 aa  146  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0697  TonB-dependent siderophore receptor  24.86 
 
 		 731 aa  146  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000103778  hitchhiker  0.00047729 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0716  TonB-dependent siderophore receptor  24.68 
 
 		 731 aa  146  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000695687  hitchhiker  0.000361428 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0749  TonB-dependent siderophore receptor  24.93 
 
 		 730 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000266639  hitchhiker  0.000229655 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3245  TonB-dependent siderophore receptor  24.86 
 
 		 731 aa  144  4e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000124115  hitchhiker  0.00000616268 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3577  hydroxamate-type ferrisiderophore receptor  24.27 
 
 		 718 aa  144  6e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.601026  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02469  ferrisiderophore receptor protein  25.36 
 
 		 695 aa  144  7e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1826  TonB-dependent siderophore receptor  25 
 
 		 784 aa  144  7e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>