251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1962 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2362  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  94.12 
 
 		 797 aa  1470    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.836165 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1962  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  100 
 
 		 765 aa  1543    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.120798 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1446  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  43.82 
 
 		 789 aa  645    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1793  putative fimbriae-related protein  49.67 
 
 		 810 aa  722    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2108  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.17 
 
 		 782 aa  705    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424267 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1663  fimbrial usher protein  41.7 
 
 		 815 aa  640    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2819  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  44.15 
 
 		 788 aa  645    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  70.54 
 
 		 808 aa  1065    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.218123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1774  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  41.82 
 
 		 815 aa  642    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.613765  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2677  fimbrial usher protein  50.6 
 
 		 766 aa  734    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2671  fimbrial usher protein  41.7 
 
 		 815 aa  641    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0183033 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1802  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  86.67 
 
 		 781 aa  1372    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0548904  normal  0.220264 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61540  hypothetical protein  51.72 
 
 		 790 aa  764    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.675454  normal  0.215257 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1399  fimbrial usher protein  49.74 
 
 		 782 aa  719    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0477  fimbrial usher family protein  49.74 
 
 		 803 aa  719    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.468363  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1614  fimbrial usher protein  49.67 
 
 		 803 aa  713    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1636  fimbrial usher protein  49.54 
 
 		 803 aa  717    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2459  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  45.18 
 
 		 794 aa  669    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3333  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  94.51 
 
 		 797 aa  1475    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5301  hypothetical protein  51.33 
 
 		 790 aa  761    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4602  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  42.1 
 
 		 786 aa  518  1.0000000000000001e-145  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.930496 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001218  CsuD  35.69 
 
 		 804 aa  479  1e-134  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2475  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.86 
 
 		 748 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0865  fimbrial usher protein  35.39 
 
 		 842 aa  392  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0142606  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2341  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.78 
 
 		 816 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194794 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1921  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.39 
 
 		 775 aa  389  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4395  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.88 
 
 		 794 aa  383  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.621063  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03043  signal peptide protein  34.56 
 
 		 786 aa  376  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.117793  normal  0.374685 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5759  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.93 
 
 		 785 aa  379  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.337468 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1831  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.94 
 
 		 834 aa  377  1e-103  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1220  fimbrial usher protein  35.26 
 
 		 803 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.348737  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1062  P pilus assembly protein, porin PapC  35.26 
 
 		 766 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819207  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1069  fimbrial usher protein  35.26 
 
 		 766 aa  375  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2992  fimbrial usher protein  35 
 
 		 984 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1607  fimbrial usher protein  35 
 
 		 766 aa  370  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0719  fimbrial usher protein  34.87 
 
 		 766 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.308044  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1268  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.1 
 
 		 849 aa  369  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0271633  normal  0.105864 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2294  fimbrial usher protein  34.87 
 
 		 766 aa  369  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01136  outer membrane usher protein FasD  35.37 
 
 		 783 aa  365  2e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0354539  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0008  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.8 
 
 		 807 aa  333  7.000000000000001e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.333359  hitchhiker  0.00375796 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0007  outer membrane usher protein, putative  31.8 
 
 		 814 aa  333  8e-90  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1270  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.73 
 
 		 790 aa  313  5.999999999999999e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.465422 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2693  putative outer membrane usher transmembrane protein  29.53 
 
 		 754 aa  260  5.0000000000000005e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.513198 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0144  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  30.1 
 
 		 791 aa  255  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0304  fimbrial biogenesis protein  30.69 
 
 		 788 aa  246  9.999999999999999e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.331529  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0778  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  28.83 
 
 		 778 aa  241  4e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.243314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0610  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.16 
 
 		 798 aa  206  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000874993  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0342  putative outer membrane usher protein fimD  26.26 
 
 		 765 aa  168  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2057  fimbrial biogenesis protein  25.76 
 
 		 834 aa  158  4e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000165922  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0535  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.76 
 
 		 734 aa  152  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3740  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.89 
 
 		 778 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540058  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3599  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.84 
 
 		 778 aa  137  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3665  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  27.84 
 
 		 778 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0574  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.33 
 
 		 852 aa  103  9e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1499  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.3 
 
 		 832 aa  101  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3835  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  25.84 
 
 		 857 aa  98.6  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.322059 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  23.79 
 
 		 878 aa  97.1  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  23.79 
 
 		 878 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  23.79 
 
 		 878 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.61 
 
 		 837 aa  96.3  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.66 
 
 		 878 aa  93.6  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  24.76 
 
 		 856 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  23.51 
 
 		 863 aa  92.8  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  24.52 
 
 		 740 aa  92.4  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1534  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.73 
 
 		 880 aa  92.4  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.155889  normal  0.781332 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.66 
 
 		 1040 aa  90.9  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.94 
 
 		 866 aa  90.1  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.41 
 
 		 833 aa  89.4  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.02 
 
 		 851 aa  88.6  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1365  fimbrial usher protein  22.79 
 
 		 833 aa  88.2  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.347917  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.61 
 
 		 880 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.11 
 
 		 876 aa  85.9  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1477  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.79 
 
 		 890 aa  85.9  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.432789  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  23.72 
 
 		 871 aa  84  0.000000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1889  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.34 
 
 		 831 aa  82  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000716127 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.29 
 
 		 963 aa  81.6  0.00000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  21.92 
 
 		 838 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  21.92 
 
 		 838 aa  81.3  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1455  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.93 
 
 		 841 aa  80.9  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0886847 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.78 
 
 		 838 aa  80.9  0.00000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0764  hypothetical protein  25.27 
 
 		 840 aa  80.9  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  24.57 
 
 		 840 aa  80.9  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.92 
 
 		 877 aa  80.9  0.00000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  22.38 
 
 		 863 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  21.86 
 
 		 838 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.88 
 
 		 901 aa  80.5  0.0000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  23.65 
 
 		 867 aa  80.1  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  22.55 
 
 		 838 aa  80.5  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  21.57 
 
 		 838 aa  79.7  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  23.1 
 
 		 833 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  23.1 
 
 		 833 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  23.1 
 
 		 850 aa  79.3  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  22.46 
 
 		 809 aa  79  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  22.46 
 
 		 809 aa  78.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  22.46 
 
 		 809 aa  78.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  21.78 
 
 		 901 aa  78.6  0.0000000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  23.1 
 
 		 833 aa  78.2  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  22.46 
 
 		 809 aa  78.2  0.0000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  22.78 
 
 		 859 aa  77.4  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37030  usher  24.96 
 
 		 872 aa  76.6  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.302573  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>