90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1961 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1961  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  100 
 
 
258 aa  509  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.156981 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2361  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  94.19 
 
 
264 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.200412  normal  0.497633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3334  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  93.8 
 
 
258 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1801  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  87.98 
 
 
258 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.109168  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3670  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  65.16 
 
 
260 aa  313  9.999999999999999e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.295639  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0680  putative fimbrial assembly chaperone  49.57 
 
 
279 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.902912  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0875  fimbrial assembly chaperone, putative  49.57 
 
 
279 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0478  putative fimbrial assembly chaperone  49.57 
 
 
280 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1398  putative fimbrial assembly chaperone  49.57 
 
 
279 aa  218  7e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1635  fimbrial chaperone protein  49.57 
 
 
279 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1613  type I pilus usher pathway chaperone CsuC  49.57 
 
 
279 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1792  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  49.57 
 
 
279 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2678  fimbrial assembly chaperone, putative  49.12 
 
 
279 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1447  putative fimbrial chaperone  44.07 
 
 
260 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2109  putative chaperone protein  49.34 
 
 
254 aa  210  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0024073 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5300  putative pili assembly chaperone  49.53 
 
 
262 aa  209  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61530  putative pili assembly chaperone  49.77 
 
 
262 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.118155  normal  0.223638 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2818  putative fimbrial chaperone  45 
 
 
257 aa  199  3e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2460  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  43.67 
 
 
253 aa  197  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1775  chaperone protein  43.59 
 
 
250 aa  192  4e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.241363  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2670  pilus assembly chaperone  43.59 
 
 
250 aa  192  4e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0194825 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1664  pilus assembly chaperone  43.59 
 
 
250 aa  191  8e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.74351  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4601  type 1 pili usher pathway chaperone CsuC  41.22 
 
 
288 aa  169  3e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001217  pilus assembly protein chaperone PapD  33.86 
 
 
252 aa  156  3e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1922  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  36.44 
 
 
242 aa  145  7.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1271  pili assembly chaperone  36.67 
 
 
244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01137  pili assembly chaperone  36.96 
 
 
235 aa  138  7.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0327551  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1269  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  35.16 
 
 
243 aa  113  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0558339  normal  0.0398715 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4396  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  33.78 
 
 
239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.809922  normal 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4689  putataive fimbrial chaperone protein  31.72 
 
 
238 aa  112  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03042  putative pili assembly chaperone transmembrane protein  36.95 
 
 
241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.168941  normal  0.259112 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1070  putative pilus assembly chaperone  32.74 
 
 
236 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1606  hypothetical protein  32.74 
 
 
236 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0722  hypothetical protein  32.74 
 
 
236 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278946  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1830  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  31.17 
 
 
254 aa  100  2e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2993  hypothetical protein  32.74 
 
 
236 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.810791  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2293  hypothetical protein  32.74 
 
 
236 aa  100  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1222  hypothetical protein  32.74 
 
 
236 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0849986  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1063  P pilus assembly protein, chaperone PapD  32.74 
 
 
236 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0006  pilus chaperone protein, putative  29.71 
 
 
247 aa  96.7  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0451749  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0007  chaperone protein EcpD  29.71 
 
 
247 aa  96.7  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0410847  hitchhiker  0.00437464 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0866  hypothetical protein  32.55 
 
 
236 aa  95.5  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391209  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5758  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  30.53 
 
 
236 aa  88.2  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.465618 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2474  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  30.58 
 
 
237 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.631121  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5510  putative fimbrial chaperone protein  29.63 
 
 
252 aa  85.5  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0343  putative pilus assembly protein chaperone PapD  25.93 
 
 
241 aa  85.5  9e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2340  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  30.09 
 
 
237 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.200473 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0779  putative pili assembly chaperone transmembrane protein  28.85 
 
 
250 aa  75.1  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.765293  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1267  pili assembly chaperone  29.91 
 
 
237 aa  72  0.000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.475835 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2058  putative P pilus assembly protein, chaperone PapD  28.18 
 
 
263 aa  65.9  0.0000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.62462e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2694  putative pili assembly chaperone transmembrane protein  26.88 
 
 
253 aa  65.5  0.0000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.25409 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01133  pili assembly chaperone  24.77 
 
 
241 aa  65.1  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0694484  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0839  pili assembly chaperone: pili assembly chaperone  28.32 
 
 
251 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0611  chaperone protein PmfD, putative  24.62 
 
 
245 aa  61.6  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000224808  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3666  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  29.63 
 
 
250 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.486976  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3975  putative chaperone protein EcpD  25 
 
 
247 aa  54.3  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0536  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  31.18 
 
 
251 aa  52.8  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3519  putative chaperone protein EcpD  24.3 
 
 
241 aa  52.8  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0338964  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0149  putative chaperone protein EcpD  23.79 
 
 
241 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0213386  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1818  pili assembly chaperone  26.7 
 
 
249 aa  50.8  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000389193 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3600  P pilus assembly protein chaperone PapD-like  27.78 
 
 
250 aa  50.4  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.173529  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0305  chaperone protein pmfD, putative  23.79 
 
 
243 aa  50.4  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.235097  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4477  pili assembly chaperone  25 
 
 
282 aa  49.7  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.287547  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3741  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  28.57 
 
 
250 aa  49.3  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0151  putative chaperone protein EcpD  26.4 
 
 
246 aa  49.3  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00134354  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4023  pili assembly chaperone  27.37 
 
 
246 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1535  Pili assembly chaperone, N-terminal  29.48 
 
 
266 aa  49.3  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0256445  normal  0.556062 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0145  P pilus assembly protein chaperone PapD-like protein  24.62 
 
 
262 aa  48.5  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.195396  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0562  Pili assembly chaperone, N-terminal  22.66 
 
 
243 aa  48.5  0.0001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.333601 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1695  twin-arginine translocation pathway signal  26.67 
 
 
257 aa  48.5  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.734718  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3043  pili assembly chaperone  21.57 
 
 
249 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000936481  normal  0.260101 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4251  periplasmic pilus chaperone  26.67 
 
 
250 aa  46.6  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.253121 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6637  Pili assembly chaperone, N-terminal  25.76 
 
 
250 aa  46.2  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000480181  hitchhiker  0.00000000170705 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0762  Pili assembly chaperone, N-terminal  25.5 
 
 
248 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.907916  normal  0.0172596 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1676  fimbrial assembly chaperone protein  28.95 
 
 
245 aa  45.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.315033  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2659  fimbrial assembly chaperone protein  28.95 
 
 
245 aa  44.3  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0270298  normal  0.0110591 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4242  pili assembly chaperone protein  22.11 
 
 
243 aa  43.9  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0210  putative chaperone protein EcpD  25.11 
 
 
250 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.304462  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0208  putative chaperone protein EcpD  22.92 
 
 
245 aa  44.3  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4960  pili assembly chaperone  26.76 
 
 
234 aa  44.3  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0268456  normal  0.337439 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00138  hypothetical protein  24.22 
 
 
246 aa  43.5  0.003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0326342  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1787  pili assembly chaperone  27.2 
 
 
259 aa  43.9  0.003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0172451  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00139  predicted periplasmic pilin chaperone  24.22 
 
 
246 aa  43.5  0.003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0365328  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51460  chaperone CupC  23.35 
 
 
237 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0145666  hitchhiker  0.000165686 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0143  putative chaperone protein EcpD  24.22 
 
 
246 aa  43.1  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000867572  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0143  putative chaperone protein EcpD  24.22 
 
 
246 aa  43.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000190021  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4194  long polar fimbrial operon protein LpfB  22.11 
 
 
243 aa  43.5  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1152  putative pili assembly chaperone protein  26.46 
 
 
282 aa  43.1  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3754  pili assembly chaperone  25.37 
 
 
248 aa  42.7  0.006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3462  Pili assembly chaperone, N-terminal  24.53 
 
 
246 aa  42.7  0.006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000279745  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>